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バイオインフォマティクスを教えてください 3

224 :海外在住情報系院生:02/04/10 15:09
>>216
うーん、ここでもなんか誤解があるようですね。
確率的なエラーが生命の本質だとも思ってませんよ。しかしながら、
「人間の作ったシステム」のように、シンプルな一般性、統一性が無いからこそ
それを理解したうえで確率論的モデルを引っ張り出してきて、それに対応できる
ようなシステムを作っている、というだけです。

バイオインフォで一般性を求めれば、確率論的なモデル+生物学者の知識をモデル化
したハイブリッド・エキスパートシステムみたいな感じを目指せばいいのかな、なんて
漠然と思ってるのですが(AIやってたんでこういうの好きなんです(藁))、知識ベース
の構築がどの辺まで厳密に出来るか、という点でかなり高いハードルがあるかもしれません。

それから、生物学全てが計算機を必要としているなんてノー天気な考えは持ってませんよ。
ただ、そこにどさりと詰まれた大量のデータがあれば、それを処理するシステムを
創りたくなるのは情報屋の性・・・?

>>217
おっしゃるとおりですね。
生物学の人向けに書かれた本は、ツールの使い方に終始し、情報・数学の人向けに
書かれた本はいきなりハードコアなアルゴリズムの解説から始まって、あまり中間
といった本が少ない気がします。

最近翻訳されたオレンジ色の表紙の本は、アラインメント関連の解説が
比較的分かりやすく書かれててお薦めです。あと、それにアルゴリズムの基本
が解説された本が一冊あれば、予備知識なしで何とかなると思います。
アルゴリズム関連では、「Introduction to Algorithms」という分厚い本が
リファレンスとしても役立つと思いますので、お薦めです。確か日本語版も
出てたはずです。原著は第二版が出ています。

上記のオレンジ色の本は確率論的モデルにはあまり言及されていないので、
あわせて

"Biological Sequence Analysis: Probablilistic models of protein and nucleic acids"
"Algorithms on Strings, Trees and Sequences"

辺りを手元において置くと役立ちます。

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