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バイオインフォマティクスを教えてください 3

1 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 11:53
1 名前:みなしごEST 投稿日:2001/05/05(土) 10:47
色々と教えてください。

ってことだそうです。過去スレは・・・誰か案内してください。


2 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 12:43
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/1013441009/

ここで教えてもらってこい

3 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 13:19
ESTって何ですか?


4 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 15:37
Extra Sex Tech.

5 :親切な人:02/03/21 15:43

ヤフーオークションで、凄い人気商品、発見!!!

「高性能ビデオスタビライザー」↓
http://user.auctions.yahoo.co.jp/jp/user/NEO_UURONNTYA

ヤフーオークション内では、現在、このオークション
の話題で、持ちきりです。

6 :もっと親切な人:02/03/21 16:00
expressed sequence tag発現配列タグ:
ゲノム解析手法は、相補的(complementary)DNAを断片化し、
その塩基配列を読み取っていくものである。
ESTは、このcDNAの解析から得られた短い塩基配列のこと。
cDNAは細胞内で発現された遺伝子の塩基配列を表し、
ESTは、遺伝子の塩基配列に到達する迅速な手段だと考えられている。

7 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 18:06
Nat. gen. で2000年5月に騒がれたDGAT、ESTから見つけたってね。

8 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 08:33
>>7
君バリバリの情報屋だな。
遺伝子見つけるときはEST情報はみんな使うもんだ。
そんなことをここで書くから情報屋は能無しだっていわれるんだよ。
Nat.gen.という表記も
ろくにペーパーを読んでいないっていうのがバレバレ。
春休みは必死こいて勉強するように!

9 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 08:37
必死こいて勉強します

10 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 10:47
>8
生理の初日?いらいらしすぎ

11 :Mr.不勉強:02/03/22 15:18
Nat. gen. という書き方でどうして不勉強がバレバレになるの?


12 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 15:23
>>11
それを分からないのがDQN

13 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 16:01
>>11
PubMedでNat. gen.で検索してみろ。
次に振り出しにもどってNat Genetで検索してみろ。

たのむからPubMedってなんですか?って聞くなよ!

14 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 19:19
ウェットはいちいちえばらいと人にモノも教えられないのか?


15 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 19:51
馬鹿が馬鹿にされて当然の世界=ウエット

16 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 22:59
ウェットって何ですか?


17 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 23:30
>>16
軽いジョークの意.

18 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 23:33
>>16
陰湿なバイオ研究者のことだよ(藁

19 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 02:18
研究室でふんぞり返ってるのはいいけど、やれバイオインフォって事で役割分担
始めようとすると全然まとまらないのがウェットの特徴だな。
あまりに決まらないからドライ側で進めると今度は非協力体制で一致するし(w
なんつーか、社会人としてはあまりに幼稚な集団としか思えんよ。いやマジで。

20 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 02:24
社会人としてご立派な割にはたいした業績ありませんね>バイオインフォ屋

21 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 02:45
正直、、この国ではバイオインフォなんて無理だろ。
少なくとも大学レベルじゃ殆ど見込みが無い。
製薬など企業でようやくだろうね。

22 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 10:54
お台場に期待

23 :670:02/03/23 11:39
楢戦端大にバイオインフォ待てぃっくす研究科ができたよ

24 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 13:07
ウェットが動かないのはあまりにあほらしい提案をされたからに違いニア。

25 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 14:06
>>25
そんな事で動かなくなるという意見自体が幼稚。>>24のお前さんの事だ。
人としての話し合いも出来ないのかウェットってのは?

26 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 14:29
具体的にどんな提案ですか?
ドライの人って、どんな実験提案してくるの?

27 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 16:46
>>25
大人の世界ではね、こいつ相手にしたらアカンと思うた時には、
にこにこ笑って何もせんと黙殺するんよ、わかった、坊や(w

28 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 16:49
>19
具体的にどんな提案をしたのか聞きたいんだけど?

29 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 19:29
>>27
成る程、そうやって停滞したままで居る訳ね。
永遠はあるよ...ってか?(w

30 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 19:48
>>29
停滞するのは変な提案をした方で、
無視した方は自分たちの仕事を続けてるよ。

31 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 19:52
バイオインフォ屋の学生って、こんなに厨房なのか、しらんかった。

32 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 20:06
どうせSFCの富田研の学生だろ。

33 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 20:22
どっちにせよ、研究者ってのはチームが作れない存在ではあるよな。
一人一人がシャーレにコロニー状に散らばっているのと一緒。
プロジェクト参加なんて経験も無いだろうし、土台無理な話だ。

34 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 23:33
私は部外者なので内情を詳しく知りませんが、あなた達が
非生産的な会話をしていることはよくわかります。


35 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 23:44
とにかく、どんな提案がなされているのか教えて下さい。
真面目に非常に興味があります。

36 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 23:55
>>34
部外者部外者うざい。
そう云わなきゃカキコもできんのか。



37 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 13:04
細胞シミュレーションって今後どうなんでしょうか?
できれば、e-cell以外の情報が聞きたいです。

38 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 13:27
細胞しみゅれーしょんの最大の問題点は、
細胞内化学反応系が定常状態にあることを
無意識の上に仮定していることだと思う。
細胞が分裂し、分化していくダイナミックな過程を
どう取り込むのか全くビジョンが見えぬ。

代謝系のパスウェイを描いて満足しているくらいが現在の限界ではないかと思われ。

39 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 13:44
もう一つ付け加えると、

細胞は決して均一な反応層ではない。
つうか液体ですらない。
物質が拡散しない仕組みもある。
能動的に輸送する仕組みもある。

これらを無視してどーやって反応系を再現できるって言うの?

40 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 14:51
>>38, >>39
まあ、長い目みてあげような。
あなたの仕事には支障はないんだし、、、。

あんましいじめると
”ものすごい勢いで情報屋と実験屋が称え合うスレ”
を立てちゃうぞ!!

41 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 14:57
>>39
ふむ、なかなかいい指摘だなあ。
プロセス化学のシミュレーションやってる連中(工業用の固相触媒とかエンジン
設計やってる連中とか)乱流やその他もろもろのシミュレーションやるために
たった2−3成分系でもものすごく手間暇かけてやっているもんな。
まずはe-cellシミュレーションよりも、例えば発酵生産バイオリアクターの
シミュレーションとかをやってあげたほうが、ありがたがられるだろうな。

42 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:00
それで、結局具体的な実験の提案とは何ですか?
知りたいyo

43 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:03
>>38, >>39. >>41
やっとまともなレスがついた。

さあ情報屋!慎重なレスをまずはつけてね。
でなきゃまた荒れるから。

44 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:08
なんか、ここって非生産的だなあ。
某No氏のMLの方がマシ。

45 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:09
だが細胞の中って非常に不思議だよね。
chanelingということばがあるように、拡散律速の限界よりも
早い速度で、基質→(1段階目の酵素の生産物)→(2段階目の
酵素の生産物)というふうに、拡散すら制御しているような
現象も多い反面、actibinみたいな大きな蛋白質分子が、濃度
勾配をつくって分化発生を制御するんだもんね。不思議だ・・・

46 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:11
>情報屋

っていってもT研関係者以外でe-cell評価しているのは聞いたこと無いぞ。

47 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:12
「e-cellや細胞シミュレーションに批判的な意見が出ているスレ」
イコール
「非生産的」

明快な価値観だ。

48 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:18
教祖のたてたお題目には、一般信者は意見を言うことすら許されない、
そういうカリスマ的雰囲気と組織が持ち込まれている生物系ラボは結構
多い。
バイオインフォマティクスは、もっとドライで近代的だと思ってたのだが、
・・・残念だ。

49 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:57
>>46
natureは?

50 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:58
>>49
評価されてたっけ?

51 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 16:01
おーい情報屋レス付けてくれヨー

52 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 16:58
お〜い情報屋

53 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 19:37
データマイニング関連で最近何か話題ありませんか?
セミナーがあたってるもので(w

54 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 21:40
>49

「こんなのもあるってさ(藁」ってかんじだったYO!

55 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/25 09:00
シミュレーションはあちこちでやっているはず。
エラトとか医科歯科でもやっている人いなかったけ?
みんな細胞周期とかをやっていたと思うけど。
たしか91年のプロナスに出ていたペーバーをベースにしているような気がするが、
どうよ。随分昔のことなので忘れちゃったよ。ごめん。

56 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/25 10:43
やっぱりバイオインフォマティクスが生き残る道はつぎの二つしかないなぁ
(1)ウェットと一緒によい仕事をする、そのときにウェットの邪魔をせず
ウェットをおだてつつ、少しでもウェットの役に立つという視点を崩さない
ようにやる。いわゆる「ウェット絶対主義」
(2)サーバを公開する。こうしてしまえば、ウェットのかすどもとは
直接やり取りする必要がない。HTTPごしにやり取りしてるうちは
とくに喧嘩にならない。いわゆる「サーバ至上主義」

書いていて欝になって来た。

57 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/25 11:55
>>56
真面目な話、へつらう必要も無いし、脅す必要も無いと思う。
ごく当たり前に情報インフラとしての基盤を整備して、徐々にでも
研究者にそれを利用して貰う方向でいいんじゃないか?
というか、オレはそれを某企業で実践してそれなりの成果を出して
いるけどね。

研究者は頑なな人も居るけど、一度くだけると凄く協力してくれて
ありがたいなあと思う点も多々ある。
やっぱり、互いの協力関係の構築を第一に置きたいね。

58 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/25 12:06
>>57
同意。ウェットというだけあって、ウェットの人どうしの人間関係は
よくもわるくもウェット。でも日本人同士ではそれが心地よいことも
あるってことですね。
まあ、ウェットの研究者同士のラボ間の共同研究だって、そんなに
うまくはいかないらしいし(藁)、というよりむしろもっと泥々して
予算や成果の取り合いでつかみ合いになったりするらしいから(藁藁)
せめてウェットとドライでは、いい関係をこころかげて生産性を高めて
いけたらなあ、って思います

59 :55:02/03/25 13:14
最近のシミュレーションってこれ以降どうなってるの
PMID: 1831270

60 :( ´,_ゝ`)プッ :02/03/25 20:25
http://myhome.hananet.net/~crazyghost/goto.htm

61 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/26 01:46
>>55
こうなったみたいだよ。
PMID: 11733770

62 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/26 02:29
http://www.hotwired.co.jp/news/news/culture/story/20020318207.html
たぶんスレ違いだろうけど
オー留守ピーシーズ財団というものをつくるそうだ。
http://www.all-species.org/
アメリカってバカでデブだけどかっこいい。

63 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/26 07:24
>>61
ありがとさんです。
molecular danceとは心地よい表現。

シミュレーションって入門者の授業にはいいのではと思うね。

64 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/26 13:31
SunがServer納入したってネ.>K大
他では勘定系に入れられてるsysytemらしい.


65 :( ´,_ゝ`)プッ :02/03/26 23:55
感情系?

66 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 00:51
>>61
e-cellってペーパーになってないの?引用されてないけど。

67 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 00:53
61です。
e-cellは私はまったく注目も着目もしていないので、どういう論文になったのか知りません、ゴメンナサイ。
どなたかフォローお願いします。

68 :( ´,_ゝ`)プッ :02/03/27 00:57
ペーパーになってないよ

69 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 01:31
>66

論文になっていたとしても引用されていないだろう。

70 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 01:35
e-cellでやってた人いる?(K大の人)

71 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 01:45
E-cellをネタにしてモテたやつがいるかってことか?

72 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 01:53
なんだか揚げ足取りばっかだな。
e-cellはもういいだろ。熱核融合炉と同じ扱いで行こう。

じゃあ、ネタ出し。
酵母ツーハイブリッドでなんか面白いこと無い?


73 :( ´,_ゝ`)プッ :02/03/27 02:36
ない

74 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 02:45
Y2Hよりか、BacterioMatchでしょw

75 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 10:44
>>74
BacterioMatchって何?
もっと詳しく説明よろしく。

76 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 11:11
ウエットの初心者質問スレで質問してちょ
そーゆー初心者質問は。
さもないとバイオインフォは生物学しろーと多すぎっていう
さんざん繰り返されたネタのくりかえしになるからさ。
だいたい、まず自分で調べなよって思う。

http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/1012996529/l50

77 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 11:12
ほんとにこのスレ、厨ばっかだな。


78 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 11:54
化学をずっとやってきましたが、1年程するとバイオインフォマティクスをやることになります。
そこでゲノム辺りの勉強をしたいな、と思って教科書を探しています。
まったく生物の初心者というわけではないですが、あんまり詳しくは無いです。
そこでおすすめの教科書てありますか?
現在考えているのは次の2冊です。

ゲノム―新しい生命情報システムへのアプローチ
T.A. Brown (著), 村松 正実 (翻訳)
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4895922375/qid=1017121854/sr=1-15/ref=sr_1_2_15/250-2808358-3901044

ヒトの分子遺伝学
Tom Strachan (著), Andrew P. Read (著), 村松 正実 (翻訳), 笹月 健彦 (翻訳), 木南 凌 (翻訳), 辻 省次 (翻訳)
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4895921743/qid=1017124032/sr=1-57/ref=sr_1_2_57/250-2808358-3901044

読まれた方がおられたら感想等教えて頂けませんか?
よろしくお願いします。

79 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 12:22
ゲノムよいですよ。
実際にどういう実験からそういう結論を導いているのかの
コンセプト図なども豊富なところが気に入っています、内容も新しい。

80 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 12:50
>>78
ゲノムもヒトの分子遺伝学も内容はさほど変わらなかったような気がしたけど。
実験してない人には感じがつかめないような表現があったような気もした。
私はヒトの方を良く引っ張りだして読んでます。

あとなんか使えそうだなぁとか、おもろそうだなぁと思った本は
イパーイ読めばいいんじゃない?

貴殿のご活躍を心待ちにしております。

81 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 12:59
>>79,80
大変参考になりました。ありがとうございました。
まだ時間はあるのでどっちも勉強してみようかな、と思っております。


82 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 13:23
>>81
関係無いけど、書籍の紹介ありがとう。参考になりました。

83 :ひでどん:02/03/27 20:40
東北大学でバイオインフォマティクスをやっているところを
知っているかた教えて下さい。

84 :>99:02/03/27 20:56
白河以北の人外魔境では
そのようなことができるところは
ございません。

85 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 00:11
>>83
残念ながら東北大ではやっていません。
実はやっていますが、「ゲノム」です。バイオインフォではありません。
おとなしく白河より下ることをお薦めします。

86 :こりゃこりゃ:02/03/28 03:15
バイオインフォマティックスは、1つの学問分野ではない。技術だと言える。
生物学屋が情報屋に協力を依頼してきたものが、そう呼ばれるようになった
だけだ。昨今は乱用されているようにも感じる。
情報科学的な観点からは未解決のアルゴリズム問題などあって面白いが、
あんな手法だけで生命現象を推論できると考え出すとやばい。
かつて人工生命を名乗る研究が生物学への関与を取り上げて挫折したことが
あったが、今の所はあまり表舞台に立つとおかしなことになるだろう。
「バイオインフォマティックス」と名乗ったオライリーの本を見てごらん。
あれはほとんど単なるユニックスの使い方入門だよ。境界領域でもない。
今は落ち着いて、生物学としての研究を進めるのが堅実なようだ。
1つの学問分野として確立するとしても、まだ先だ。アメリカでも、いわゆる
落ちこぼれの連中がやってるみたいだぜ。


87 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 03:43
落ちこぼれがやる分野じゃないだろ。京大とかばかりじゃないか。

88 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 08:42
>>86
>あれはほとんど単なるユニックスの使い方入門
よく言ってくれた。オレもそう思うぞ。

89 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 09:26
>バイオインフォマティックスは、
>1つの学問分野ではない。技術だと言える。

禿同。
情報科学系の人たちも生命現象の解明よりも
情報科学的な興味でやっている感がありますが
これいかに?>バイオインフォの人々


90 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 10:01
>落ちこぼれの連中がやってるみたいだぜ。

蔑む気持ちしかないなら、ここに来るなよ。
だから生物屋は陰湿だって言われるんだ。

91 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 10:19
いいじゃないか、技術でも。
それをいったら分子生物学だって構造生物学だって技術だ。
ノックアウトだって細胞生物学だってね。
日本の生物学のいけないところは、そういう方法論や技術を
開発しているところを落ちこぼれと揶揄している一方で、
テクニックや試薬を全部輸入品に頼りながら目先だけの
「オリジナリティー」を追求して、何か高級な学問をやってるような
錯覚をおこしているところさ。

だがそもそも生物やってる奴らなんてさ、物理も化学もできない
偏差値ひくくて医者にもなれない、記憶力ゼロ論理力ゼロの落ちこぼれ
のあつまりなんだぜ。だからバイオインフォの皆様、気にするこ
とはない。


92 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 11:12
>>91

>日本の生物学のいけないところは、そういう方法論や技術を
>開発しているところを落ちこぼれと揶揄している

誰が?2chで言われたことが日本の生物学の意見なの?
アホくさ。


93 :91:02/03/28 11:15
あっ、一応何でアホ臭いのか言っとくよ。

現在日本でBioinformaticsというものに従事する人に
与えられている金額を考えると落ちこぼれに対して
ばら撒く額だとは思えんね。



94 :生乾き研究者:02/03/28 12:04
>>92
うーむ。昔分子生物系のラボにいたけど、そんな感じ
CNSや百歩譲ってもJBCに乗らないと研究じゃないという
人ごろごろ・・・(他の分野を自分の価値観でしか評価
できないバカばっか・・・)あ、宮廷の某ラボの話ね。

>>93
禿同。研究予算は少ないけど研究者の層に対する人件費(&ポスト)
は圧倒的に多いと思う。

95 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 12:52
>情報科学的な観点からは未解決のアルゴリズム問題
私の興味はこういった問題だけですが、何か?

96 :マジレススマソ:02/03/28 13:56
僕もバイオインフォマティックスはツールだと考えています。
莫大なデータベース上のデータを如何に効率よく扱うか?というための、
手段として考えるのが、妥当かと思います。
もっとも、だからと言って軽視していいものではなく、今後生物系研究者の
必須の技術になることは間違いないでしょう。
ただスローガンが一人歩きしている現状は危惧すべきと思います。
僕の大学でも、バイオインフォマティックスの授業が開講されていますが、
統計やデータ解析の基礎をとばした、さわりだけの演習が行われているようです。
91は明らかに毒を吐いているとは言え、彼の明示してる、
生物系のフィジカルサイエンスの弱さは、わりと普遍的なものです。
proteomicsなどでもしかりですが、スローガンに惑わされずに、
基礎から学問に取り組む姿勢が今でこそ重要でしょう。



97 :bioinfo初心者:02/03/28 14:01
物理や数学が弱くて、たんぱく質の立体構造とか見つけられるものなのですか?

98 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 14:31
91 >93
大した額じゃない。あんたの使っている試薬代酵素代のほうがよっぽど
無駄金。いちどボスがどういう作文でどういう科研費から予算取って来
てるか、読んでみたらいいんじゃないか?

99 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 15:00
>>98

それはあんたんところが3流ラボだから金がないだけだろ。

100 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 16:06
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ブタ


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