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バイオインフォマティクスを教えてください 3

1 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 11:53
1 名前:みなしごEST 投稿日:2001/05/05(土) 10:47
色々と教えてください。

ってことだそうです。過去スレは・・・誰か案内してください。


2 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 12:43
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/1013441009/

ここで教えてもらってこい

3 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 13:19
ESTって何ですか?


4 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 15:37
Extra Sex Tech.

5 :親切な人:02/03/21 15:43

ヤフーオークションで、凄い人気商品、発見!!!

「高性能ビデオスタビライザー」↓
http://user.auctions.yahoo.co.jp/jp/user/NEO_UURONNTYA

ヤフーオークション内では、現在、このオークション
の話題で、持ちきりです。

6 :もっと親切な人:02/03/21 16:00
expressed sequence tag発現配列タグ:
ゲノム解析手法は、相補的(complementary)DNAを断片化し、
その塩基配列を読み取っていくものである。
ESTは、このcDNAの解析から得られた短い塩基配列のこと。
cDNAは細胞内で発現された遺伝子の塩基配列を表し、
ESTは、遺伝子の塩基配列に到達する迅速な手段だと考えられている。

7 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 18:06
Nat. gen. で2000年5月に騒がれたDGAT、ESTから見つけたってね。

8 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 08:33
>>7
君バリバリの情報屋だな。
遺伝子見つけるときはEST情報はみんな使うもんだ。
そんなことをここで書くから情報屋は能無しだっていわれるんだよ。
Nat.gen.という表記も
ろくにペーパーを読んでいないっていうのがバレバレ。
春休みは必死こいて勉強するように!

9 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 08:37
必死こいて勉強します

10 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 10:47
>8
生理の初日?いらいらしすぎ

11 :Mr.不勉強:02/03/22 15:18
Nat. gen. という書き方でどうして不勉強がバレバレになるの?


12 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 15:23
>>11
それを分からないのがDQN

13 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 16:01
>>11
PubMedでNat. gen.で検索してみろ。
次に振り出しにもどってNat Genetで検索してみろ。

たのむからPubMedってなんですか?って聞くなよ!

14 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 19:19
ウェットはいちいちえばらいと人にモノも教えられないのか?


15 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 19:51
馬鹿が馬鹿にされて当然の世界=ウエット

16 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 22:59
ウェットって何ですか?


17 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 23:30
>>16
軽いジョークの意.

18 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 23:33
>>16
陰湿なバイオ研究者のことだよ(藁

19 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 02:18
研究室でふんぞり返ってるのはいいけど、やれバイオインフォって事で役割分担
始めようとすると全然まとまらないのがウェットの特徴だな。
あまりに決まらないからドライ側で進めると今度は非協力体制で一致するし(w
なんつーか、社会人としてはあまりに幼稚な集団としか思えんよ。いやマジで。

20 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 02:24
社会人としてご立派な割にはたいした業績ありませんね>バイオインフォ屋

21 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 02:45
正直、、この国ではバイオインフォなんて無理だろ。
少なくとも大学レベルじゃ殆ど見込みが無い。
製薬など企業でようやくだろうね。

22 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 10:54
お台場に期待

23 :670:02/03/23 11:39
楢戦端大にバイオインフォ待てぃっくす研究科ができたよ

24 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 13:07
ウェットが動かないのはあまりにあほらしい提案をされたからに違いニア。

25 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 14:06
>>25
そんな事で動かなくなるという意見自体が幼稚。>>24のお前さんの事だ。
人としての話し合いも出来ないのかウェットってのは?

26 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 14:29
具体的にどんな提案ですか?
ドライの人って、どんな実験提案してくるの?

27 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 16:46
>>25
大人の世界ではね、こいつ相手にしたらアカンと思うた時には、
にこにこ笑って何もせんと黙殺するんよ、わかった、坊や(w

28 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 16:49
>19
具体的にどんな提案をしたのか聞きたいんだけど?

29 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 19:29
>>27
成る程、そうやって停滞したままで居る訳ね。
永遠はあるよ...ってか?(w

30 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 19:48
>>29
停滞するのは変な提案をした方で、
無視した方は自分たちの仕事を続けてるよ。

31 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 19:52
バイオインフォ屋の学生って、こんなに厨房なのか、しらんかった。

32 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 20:06
どうせSFCの富田研の学生だろ。

33 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 20:22
どっちにせよ、研究者ってのはチームが作れない存在ではあるよな。
一人一人がシャーレにコロニー状に散らばっているのと一緒。
プロジェクト参加なんて経験も無いだろうし、土台無理な話だ。

34 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 23:33
私は部外者なので内情を詳しく知りませんが、あなた達が
非生産的な会話をしていることはよくわかります。


35 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 23:44
とにかく、どんな提案がなされているのか教えて下さい。
真面目に非常に興味があります。

36 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 23:55
>>34
部外者部外者うざい。
そう云わなきゃカキコもできんのか。



37 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 13:04
細胞シミュレーションって今後どうなんでしょうか?
できれば、e-cell以外の情報が聞きたいです。

38 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 13:27
細胞しみゅれーしょんの最大の問題点は、
細胞内化学反応系が定常状態にあることを
無意識の上に仮定していることだと思う。
細胞が分裂し、分化していくダイナミックな過程を
どう取り込むのか全くビジョンが見えぬ。

代謝系のパスウェイを描いて満足しているくらいが現在の限界ではないかと思われ。

39 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 13:44
もう一つ付け加えると、

細胞は決して均一な反応層ではない。
つうか液体ですらない。
物質が拡散しない仕組みもある。
能動的に輸送する仕組みもある。

これらを無視してどーやって反応系を再現できるって言うの?

40 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 14:51
>>38, >>39
まあ、長い目みてあげような。
あなたの仕事には支障はないんだし、、、。

あんましいじめると
”ものすごい勢いで情報屋と実験屋が称え合うスレ”
を立てちゃうぞ!!

41 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 14:57
>>39
ふむ、なかなかいい指摘だなあ。
プロセス化学のシミュレーションやってる連中(工業用の固相触媒とかエンジン
設計やってる連中とか)乱流やその他もろもろのシミュレーションやるために
たった2−3成分系でもものすごく手間暇かけてやっているもんな。
まずはe-cellシミュレーションよりも、例えば発酵生産バイオリアクターの
シミュレーションとかをやってあげたほうが、ありがたがられるだろうな。

42 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:00
それで、結局具体的な実験の提案とは何ですか?
知りたいyo

43 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:03
>>38, >>39. >>41
やっとまともなレスがついた。

さあ情報屋!慎重なレスをまずはつけてね。
でなきゃまた荒れるから。

44 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:08
なんか、ここって非生産的だなあ。
某No氏のMLの方がマシ。

45 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:09
だが細胞の中って非常に不思議だよね。
chanelingということばがあるように、拡散律速の限界よりも
早い速度で、基質→(1段階目の酵素の生産物)→(2段階目の
酵素の生産物)というふうに、拡散すら制御しているような
現象も多い反面、actibinみたいな大きな蛋白質分子が、濃度
勾配をつくって分化発生を制御するんだもんね。不思議だ・・・

46 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:11
>情報屋

っていってもT研関係者以外でe-cell評価しているのは聞いたこと無いぞ。

47 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:12
「e-cellや細胞シミュレーションに批判的な意見が出ているスレ」
イコール
「非生産的」

明快な価値観だ。

48 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:18
教祖のたてたお題目には、一般信者は意見を言うことすら許されない、
そういうカリスマ的雰囲気と組織が持ち込まれている生物系ラボは結構
多い。
バイオインフォマティクスは、もっとドライで近代的だと思ってたのだが、
・・・残念だ。

49 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:57
>>46
natureは?

50 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 15:58
>>49
評価されてたっけ?

51 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 16:01
おーい情報屋レス付けてくれヨー

52 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 16:58
お〜い情報屋

53 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 19:37
データマイニング関連で最近何か話題ありませんか?
セミナーがあたってるもので(w

54 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 21:40
>49

「こんなのもあるってさ(藁」ってかんじだったYO!

55 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/25 09:00
シミュレーションはあちこちでやっているはず。
エラトとか医科歯科でもやっている人いなかったけ?
みんな細胞周期とかをやっていたと思うけど。
たしか91年のプロナスに出ていたペーバーをベースにしているような気がするが、
どうよ。随分昔のことなので忘れちゃったよ。ごめん。

56 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/25 10:43
やっぱりバイオインフォマティクスが生き残る道はつぎの二つしかないなぁ
(1)ウェットと一緒によい仕事をする、そのときにウェットの邪魔をせず
ウェットをおだてつつ、少しでもウェットの役に立つという視点を崩さない
ようにやる。いわゆる「ウェット絶対主義」
(2)サーバを公開する。こうしてしまえば、ウェットのかすどもとは
直接やり取りする必要がない。HTTPごしにやり取りしてるうちは
とくに喧嘩にならない。いわゆる「サーバ至上主義」

書いていて欝になって来た。

57 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/25 11:55
>>56
真面目な話、へつらう必要も無いし、脅す必要も無いと思う。
ごく当たり前に情報インフラとしての基盤を整備して、徐々にでも
研究者にそれを利用して貰う方向でいいんじゃないか?
というか、オレはそれを某企業で実践してそれなりの成果を出して
いるけどね。

研究者は頑なな人も居るけど、一度くだけると凄く協力してくれて
ありがたいなあと思う点も多々ある。
やっぱり、互いの協力関係の構築を第一に置きたいね。

58 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/25 12:06
>>57
同意。ウェットというだけあって、ウェットの人どうしの人間関係は
よくもわるくもウェット。でも日本人同士ではそれが心地よいことも
あるってことですね。
まあ、ウェットの研究者同士のラボ間の共同研究だって、そんなに
うまくはいかないらしいし(藁)、というよりむしろもっと泥々して
予算や成果の取り合いでつかみ合いになったりするらしいから(藁藁)
せめてウェットとドライでは、いい関係をこころかげて生産性を高めて
いけたらなあ、って思います

59 :55:02/03/25 13:14
最近のシミュレーションってこれ以降どうなってるの
PMID: 1831270

60 :( ´,_ゝ`)プッ :02/03/25 20:25
http://myhome.hananet.net/~crazyghost/goto.htm

61 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/26 01:46
>>55
こうなったみたいだよ。
PMID: 11733770

62 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/26 02:29
http://www.hotwired.co.jp/news/news/culture/story/20020318207.html
たぶんスレ違いだろうけど
オー留守ピーシーズ財団というものをつくるそうだ。
http://www.all-species.org/
アメリカってバカでデブだけどかっこいい。

63 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/26 07:24
>>61
ありがとさんです。
molecular danceとは心地よい表現。

シミュレーションって入門者の授業にはいいのではと思うね。

64 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/26 13:31
SunがServer納入したってネ.>K大
他では勘定系に入れられてるsysytemらしい.


65 :( ´,_ゝ`)プッ :02/03/26 23:55
感情系?

66 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 00:51
>>61
e-cellってペーパーになってないの?引用されてないけど。

67 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 00:53
61です。
e-cellは私はまったく注目も着目もしていないので、どういう論文になったのか知りません、ゴメンナサイ。
どなたかフォローお願いします。

68 :( ´,_ゝ`)プッ :02/03/27 00:57
ペーパーになってないよ

69 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 01:31
>66

論文になっていたとしても引用されていないだろう。

70 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 01:35
e-cellでやってた人いる?(K大の人)

71 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 01:45
E-cellをネタにしてモテたやつがいるかってことか?

72 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 01:53
なんだか揚げ足取りばっかだな。
e-cellはもういいだろ。熱核融合炉と同じ扱いで行こう。

じゃあ、ネタ出し。
酵母ツーハイブリッドでなんか面白いこと無い?


73 :( ´,_ゝ`)プッ :02/03/27 02:36
ない

74 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 02:45
Y2Hよりか、BacterioMatchでしょw

75 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 10:44
>>74
BacterioMatchって何?
もっと詳しく説明よろしく。

76 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 11:11
ウエットの初心者質問スレで質問してちょ
そーゆー初心者質問は。
さもないとバイオインフォは生物学しろーと多すぎっていう
さんざん繰り返されたネタのくりかえしになるからさ。
だいたい、まず自分で調べなよって思う。

http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/1012996529/l50

77 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 11:12
ほんとにこのスレ、厨ばっかだな。


78 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 11:54
化学をずっとやってきましたが、1年程するとバイオインフォマティクスをやることになります。
そこでゲノム辺りの勉強をしたいな、と思って教科書を探しています。
まったく生物の初心者というわけではないですが、あんまり詳しくは無いです。
そこでおすすめの教科書てありますか?
現在考えているのは次の2冊です。

ゲノム―新しい生命情報システムへのアプローチ
T.A. Brown (著), 村松 正実 (翻訳)
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4895922375/qid=1017121854/sr=1-15/ref=sr_1_2_15/250-2808358-3901044

ヒトの分子遺伝学
Tom Strachan (著), Andrew P. Read (著), 村松 正実 (翻訳), 笹月 健彦 (翻訳), 木南 凌 (翻訳), 辻 省次 (翻訳)
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4895921743/qid=1017124032/sr=1-57/ref=sr_1_2_57/250-2808358-3901044

読まれた方がおられたら感想等教えて頂けませんか?
よろしくお願いします。

79 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 12:22
ゲノムよいですよ。
実際にどういう実験からそういう結論を導いているのかの
コンセプト図なども豊富なところが気に入っています、内容も新しい。

80 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 12:50
>>78
ゲノムもヒトの分子遺伝学も内容はさほど変わらなかったような気がしたけど。
実験してない人には感じがつかめないような表現があったような気もした。
私はヒトの方を良く引っ張りだして読んでます。

あとなんか使えそうだなぁとか、おもろそうだなぁと思った本は
イパーイ読めばいいんじゃない?

貴殿のご活躍を心待ちにしております。

81 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 12:59
>>79,80
大変参考になりました。ありがとうございました。
まだ時間はあるのでどっちも勉強してみようかな、と思っております。


82 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/27 13:23
>>81
関係無いけど、書籍の紹介ありがとう。参考になりました。

83 :ひでどん:02/03/27 20:40
東北大学でバイオインフォマティクスをやっているところを
知っているかた教えて下さい。

84 :>99:02/03/27 20:56
白河以北の人外魔境では
そのようなことができるところは
ございません。

85 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 00:11
>>83
残念ながら東北大ではやっていません。
実はやっていますが、「ゲノム」です。バイオインフォではありません。
おとなしく白河より下ることをお薦めします。

86 :こりゃこりゃ:02/03/28 03:15
バイオインフォマティックスは、1つの学問分野ではない。技術だと言える。
生物学屋が情報屋に協力を依頼してきたものが、そう呼ばれるようになった
だけだ。昨今は乱用されているようにも感じる。
情報科学的な観点からは未解決のアルゴリズム問題などあって面白いが、
あんな手法だけで生命現象を推論できると考え出すとやばい。
かつて人工生命を名乗る研究が生物学への関与を取り上げて挫折したことが
あったが、今の所はあまり表舞台に立つとおかしなことになるだろう。
「バイオインフォマティックス」と名乗ったオライリーの本を見てごらん。
あれはほとんど単なるユニックスの使い方入門だよ。境界領域でもない。
今は落ち着いて、生物学としての研究を進めるのが堅実なようだ。
1つの学問分野として確立するとしても、まだ先だ。アメリカでも、いわゆる
落ちこぼれの連中がやってるみたいだぜ。


87 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 03:43
落ちこぼれがやる分野じゃないだろ。京大とかばかりじゃないか。

88 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 08:42
>>86
>あれはほとんど単なるユニックスの使い方入門
よく言ってくれた。オレもそう思うぞ。

89 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 09:26
>バイオインフォマティックスは、
>1つの学問分野ではない。技術だと言える。

禿同。
情報科学系の人たちも生命現象の解明よりも
情報科学的な興味でやっている感がありますが
これいかに?>バイオインフォの人々


90 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 10:01
>落ちこぼれの連中がやってるみたいだぜ。

蔑む気持ちしかないなら、ここに来るなよ。
だから生物屋は陰湿だって言われるんだ。

91 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 10:19
いいじゃないか、技術でも。
それをいったら分子生物学だって構造生物学だって技術だ。
ノックアウトだって細胞生物学だってね。
日本の生物学のいけないところは、そういう方法論や技術を
開発しているところを落ちこぼれと揶揄している一方で、
テクニックや試薬を全部輸入品に頼りながら目先だけの
「オリジナリティー」を追求して、何か高級な学問をやってるような
錯覚をおこしているところさ。

だがそもそも生物やってる奴らなんてさ、物理も化学もできない
偏差値ひくくて医者にもなれない、記憶力ゼロ論理力ゼロの落ちこぼれ
のあつまりなんだぜ。だからバイオインフォの皆様、気にするこ
とはない。


92 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 11:12
>>91

>日本の生物学のいけないところは、そういう方法論や技術を
>開発しているところを落ちこぼれと揶揄している

誰が?2chで言われたことが日本の生物学の意見なの?
アホくさ。


93 :91:02/03/28 11:15
あっ、一応何でアホ臭いのか言っとくよ。

現在日本でBioinformaticsというものに従事する人に
与えられている金額を考えると落ちこぼれに対して
ばら撒く額だとは思えんね。



94 :生乾き研究者:02/03/28 12:04
>>92
うーむ。昔分子生物系のラボにいたけど、そんな感じ
CNSや百歩譲ってもJBCに乗らないと研究じゃないという
人ごろごろ・・・(他の分野を自分の価値観でしか評価
できないバカばっか・・・)あ、宮廷の某ラボの話ね。

>>93
禿同。研究予算は少ないけど研究者の層に対する人件費(&ポスト)
は圧倒的に多いと思う。

95 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 12:52
>情報科学的な観点からは未解決のアルゴリズム問題
私の興味はこういった問題だけですが、何か?

96 :マジレススマソ:02/03/28 13:56
僕もバイオインフォマティックスはツールだと考えています。
莫大なデータベース上のデータを如何に効率よく扱うか?というための、
手段として考えるのが、妥当かと思います。
もっとも、だからと言って軽視していいものではなく、今後生物系研究者の
必須の技術になることは間違いないでしょう。
ただスローガンが一人歩きしている現状は危惧すべきと思います。
僕の大学でも、バイオインフォマティックスの授業が開講されていますが、
統計やデータ解析の基礎をとばした、さわりだけの演習が行われているようです。
91は明らかに毒を吐いているとは言え、彼の明示してる、
生物系のフィジカルサイエンスの弱さは、わりと普遍的なものです。
proteomicsなどでもしかりですが、スローガンに惑わされずに、
基礎から学問に取り組む姿勢が今でこそ重要でしょう。



97 :bioinfo初心者:02/03/28 14:01
物理や数学が弱くて、たんぱく質の立体構造とか見つけられるものなのですか?

98 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 14:31
91 >93
大した額じゃない。あんたの使っている試薬代酵素代のほうがよっぽど
無駄金。いちどボスがどういう作文でどういう科研費から予算取って来
てるか、読んでみたらいいんじゃないか?

99 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 15:00
>>98

それはあんたんところが3流ラボだから金がないだけだろ。

100 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 16:06
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百                         百
百                         百
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百                         百
百                         百
百百百百百百百百百百百百百百百百百百百百百百百百百百百

■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■
ブタ


101 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/28 20:17
>>97
ものによる。
ホモロジーモデリングは、ツールさえあれば初心者でもそこそこの立体構造モデルが作成できる。
モデルの精度を吟味したり、そこから機能予測をしようする時に、物理化学や情報理論、生物の知識が必要。
実際は、計算についてあまり分からなくてもなんとかなる場合もある。逆はないけど。

ab initioで予測する場合はかなり統計力学、量子化学を知らないとリソースの無駄になるだけだと思う。

用語の意味は自分で調べてね。


102 :bioinfo初心者:02/03/28 20:55
>>101
言ってることは、わかります。感謝。


103 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/29 00:46
結局、物理や数学などの基礎科学をきっちりと理解しているバイオインフォマティシャン
に対する、生物屋のコンプレックスとやっかみだな。

104 :( ´,_ゝ`)プッ :02/03/29 02:03
「バイオインフォマティシャン」でまっとうに基礎科学をやってきたやつが
そんなにいるとは思えんな。
驚くほど数学や物理の出来ない奴らのなんと多いことか。
誰とは言わないが・・・出来るやつなんて、片手で足りるんじゃないのか?


105 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/29 02:27
>104
低知能の煽りはいい加減にやめて、ウェットで二番煎じの実験でもシテロ。


106 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/29 02:38
>>101
ab initioで予測して、インフォマティシャンの自己満足以上の結果が得られたことがあるのでしょうか。
生物屋が実験を行う上で、試行錯誤の回数を減らすことができなければ結局それは自己満足だと思っています。
上手く行った例があれば、それを教えて下さい。

107 :( ´,_ゝ`)プッ :02/03/29 04:04
>>105

108 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/29 05:10
おまえら、程度が低いな。

109 :( ´,_ゝ`)プッ :02/03/29 09:10
その言葉をそのままキミに返そう

110 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/29 10:40
>>109
その「名前」やめれ。なんかムカツク。

111 :101:02/03/29 22:04
>>106
> ab initioで予測して、インフォマティシャンの自己満足以上の結果が得られたことがあるのでしょうか。

立体構造予測に関しては知らない。
誰か教えてください。

> 生物屋が実験を行う上で、試行錯誤の回数を減らすことができなければ結局それは自己満足だと思っています。

創薬の現場では、ちょっとは貢献してるんじゃないかな。
膨大な候補化合物の中からターゲットのタンパク質と強く結合する可能性のあるものを絞り込んだり、
リガンド−タンパク質の複合体の結合様式を予測したりする。
また、強く結合するリガンドの特徴を見出す方法もある。

そのような予測結果は、次に化合物を合成する際に有用な情報となる。
実験結果が予測と違っていても、それをフィードバックしてより良いモデルを作っていく。

> 上手く行った例があれば、それを教えて下さい。
こんなのはどう?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=8278812&dopt=Abstract

ちょっと話がづれてしまったスマソ


112 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/29 22:07
それにしても106さんの「自己満足以上の結果でなければ認めない」
っていうのは、科学者としての態度として、何かおかしくありませんか?


113 :( ´,_ゝ`)プッ :02/03/29 22:53
日本でバイオインフォマティクスでこれといった成果の上がっている人は
皆無なので、ここに書き込みしている自称「バイオインフォマティシャン」も
カスばかりなのは自明です(藁

114 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/29 23:34
>111
ドラッグデザインってバイオインフォマティクスっていうのか?
SAR、QSAR、3D-QSARといった、統計解析手法の延長上にあるわけだろ?
そもそもバイオインフォマティクス=生物系でコンピュータ使えばなんでも含む
っていう広義の捉え方、なんとかしようぜ。

115 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/30 00:29
>>113
で、煽りばかりのあなたはカス以下ですか?

116 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/30 00:38
>114
ドラッグデザインにバイオインフォマティックスの手法を使うということだろ。

生物物理学・理論生物学・数理生物学・生物統計学・構造生物学・集団遺伝学・分子進化学と
個別に言ってもよいと思うのだが、なぜわざわざ「バイオインフォマティックス」というんだ?
…学と呼べるほど体系化されていないし、されるとも思わないのだが。

そもそも「バイオインフォマティクス」という用語を最初に使い始めたのは誰なんだろうか?


117 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/30 00:53
バイオインフォのはしりの頃には、
bioinformatics
information (-al, -tive?) biology
の二者が厳然と区別されていました。

要するに、バイオインフォは情報学の一分野であって、
生物学ではないということです。今ではバイオインフォばかりが
話題に上りますが、もともと情報学ですから、生物学に敬意を
払わないとか、生物学の興味に答えていないとかは当然といえば当然です。

118 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/30 00:56
ですから、>>116の挙げたものの中では生物統計学が比較的近いですが、
後は純然とした生物学であって、バイオインフォとは似て非なる物です。

最近のバイオインフォの学生が果たしてこれを明確に意識しているかどうか、
ちょっと疑問が残ります。

119 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/30 03:14
>>111
ab initioの蛋白質立体構造予測と薬物のドッキングスタディを一緒にしないで下さい。

>>112
>それにしても106さんの「自己満足以上の結果でなければ認めない」
>っていうのは、科学者としての態度として、何かおかしくありませんか?
私は認めないとは一言も言っていません。
自己満足だと言っているだけです。

120 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/30 12:26
だから生物情報学と、計算生物学・理論生物学・生物物理学の計算屋を
一緒に議論しないほうがいいとおもうわけでありんす。いま話題にあがっている
バイオインフォはこれらすべてをごっちゃにしているので、ちゃんと生物学
やっているひともいるわけです。あと統計薬理学、創薬なんていうのは
非常にコンピュータにみっせつにかかわっているわけですが、
名前だけで実態のほとんど伴っていない「ゲノム創薬」以外は
コンピュータを使うだけで教義のバイオインフォマティクスとはなんら
かかわりがないのに。


121 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/30 12:29
■■ということで、最も根源的な質問に立ちかえります■■

そもそも【バイオインフォマティクス】とは何か?
あと、関係者にとって、【バイオインフォマティクス】とは
どういうものであったら都合がいいのか? おまえら、おしえ
てください。で、本音と建前と理想と現実について、それぞれの意見
を述べてください。


122 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/30 13:40
生物を何らかの形で記号化して、計算機の中で何らかの処理をすればバイオインフォマティクスだな。
別に無理に生物の実験をやっている連中に役立てようとか考えなくてもいいと思う(勿論、役立ってもいい)。
だから生物板より情報システム板でスレ立てた方がいいと思うけど、
そっちで盛り上がらないということは情報屋の中ではマイナーな分野だということよ。
あと、ドラッグデザインは生物じゃなくて化学だろ。

123 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/31 23:34
121 >>122
その定義には全く賛同できない。理由は二つ、
(1)例えば配列情報や立体構造情報などは、処理する対象があくまで
アミノ酸配列や核酸配列や蛋白質座標であり、「生物を記号化している」
とは言えない。だから、122さんの言い方を好意的に補うならば、「生物を
構成しているまたは生物に関連する物質を記号化して」ということになる。
(2)そうだとしたらドラッグというのは生物・生命活動を制御・阻害促進
する物質だから、ドラッグデザインをバイオインフォマティクスから
はずそうという後半の試みは失敗。

■■30てん■■ もっとがんばりましょう。

124 :( ´,_ゝ`)プッ:02/04/01 00:37
【定義】
生命情報を扱う情報処理の理論や技術。
あるいは情報処理の理論や技術を応用した生物学・医学・薬学。

【都合の良い内容】
◆本音
予算がたくさん取れればなんでも。
◆建前
生命情報の理解と人類への貢献

【理想】
ちゃんと仕事してる人が、それなりの予算を割り当てられること。

【現実】
大法螺拭ける人、ユーザインターフェースだけ作ってるひとがたくさん予算を獲得。

125 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 01:06
「生物を構成しているまたは生物に関連する物質」以外のもので
生物を記述できるのか?
123逝ってよし。0点です。

126 :( ´,_ゝ`)プッ:02/04/01 01:42
よほど悔しかったんだね。
ま、123はちょっと理解力不足だが、
122も表現力不足だよ。

127 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 03:19
化学に量子化学(内容は分子軌道計算だ)という分野があるけど、生物学も科学の進歩によってミクロの構造を解明されうる段階になってきた。
ミクロを解明する段階では量子力学や確率論などの計算は必須になってくる。
本来、これらは生物屋が自分で対応し利用すべき領域であったけど、コンピュータを用いた量子力学の計算のできる人がいなかったため、生物外の人材に助けを求めている。
でその人達の仕事をバイオインフォって呼んでるだけのことじゃないですか?
最近は生物の学生もコンピュータや量子を学んできてることだし、数年後にはバイオインフォと呼ぶ学問が存在するかどうかは微妙だと思います。

128 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 04:27
>>127
「情報学」って何だか知っての発言?
言いたいことはわかるがきちんと押さえる
べきことは押さえてから発言するべき。

129 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 12:26
123 >126
>>122の表現力不足をあそこまで好意的に解釈してあげたのに理解力不足とは
くそー(w


130 :123:02/04/01 15:50
ですが、情報処理の技術を駆使した医療や医学、薬学はいまだかつてバイオインフォマティクスと呼ばれた例がありません。
たとえば、

(1)MRIや3D断層画像解析、超音波エコー解析の画像処理、情報処理は結構高度な情報処理が行われてノウハウも各分野で十数年の蓄積があるが、
そう言った分野がバイオインフォに含まれているとは思えない。
(2)たとえば薬学領域での副作用データベースとか、薬剤師による服薬管理のようなデータベース仕事。もちろんバイオインフォではないのは明らか。
(3)構造生物学のデータ解析の現場で使われている処理、アプリ開発、原理開発など。これらもバイオインフォとは呼ばれないことが多い。(ところが
分子グラフィクスのユーザーインターフェースはバイオインフォと呼ばれる。
NMRのスペクトルを表示するアプリやX線の回折点をインデクスするソフトの開発はバイオインフォとは呼ばれない)。
(4)イルカや鳥類の研究をしている人達の音響処理技術(DSP技術)や音声認識。これらもバイオインフォには含まれない。
(5)ドラッグデザインをバイオインフォと呼ぶには違和感があるということに関しては122氏などの意見に見られるとおり。

こうして考えると、バイオインフォの範疇にはいるものの条件には、
【明確な狭義の特定の応用先があってはいけない】のではないか?とすら思われてしまいます。つまりバイオインフォは、応用先が一般的な基
礎生物学のみを対象として、逆に特定の分野への応用的貢献がなさそうなもの、ということになりませんか?
悪いことではないと思います。

131 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 16:45
(2)はバイオインフォの領域そのものです。

132 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 19:10
人(大学や会社)によって何をバイオインフォと思ってるかが違うみたいだね。
でもデータベース管理はデータベース管理者の仕事だと思う。
これはコンピュータ業界でいうところのSEの仕事だよ。
だからコンピュータメーカーの仕事でしょう。
会社ならそういうセクションが必ずあるはず。

133 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 19:56
ゲノム解析とバイオインフォって違うの?
そもそもあれがはじまりでは。

134 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 20:04
バイオインフォってのは研究分野の名前じゃなくて予算区分の名前なんだよね。


135 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 20:11
バイオインフォマティクスとは

生命現象はDNAやRNAなどの生体高分子間の一連の生化学反応の総体として現れるもので
す。バイオインフォマティクスはこの生命現象を「情報」の立場で解明していこうとする研究です。「情
報」には単なる情報を超えた広い意味が含まれており、インフォマティクスと呼ばれています。
バイオインフォマティクスは次の分野を対象にしています。

1)DNAから配列情報を読み取ったり、X線やNMR装置を使ってタンパク質の構造を決定する研究を
スムーズに行うための情報処理技術。
2)DNA配列情報をデータベース化し、それらを活用することでDNA配列情報から「生命の設計図」や
「生命の歴史」を読み取る研究。
3)「生命の設計図」に基づいて作られるタンパク質がどのような形で、どのように働いているのかを
解明する研究。
4)個々のタンパク質がどのように組み合わさって複雑、大規模な生命現象を実現しているのかを解
明する研究。
これらの研究を進めるためには、高速のネットワーク、高速・大規模コンピュータ、大容量DISKなど
の環境整備が重要です。

FROM 理研のHP(用語集)より

生物っていうと、解剖して顕微鏡で見るっていうイメージだったけど、これならおもしろそうだ。
バイオやりたいけど、なまもの触るのはちょっと・・・っていう他の理系に人にはいいんじゃないの?
自分も魅力を感じてる一人。
生命の解明には興味あるし仕事をしたいけど、解剖とか気味悪いし。

136 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 21:42
>>130=123
>(3)構造生物学のデータ解析の現場で使われている処理、アプリ開発、原理開発など。
お前凄いもの開発するな・・・原理開発か・・・恐ろしい。

137 :DSc:02/04/01 21:44
話はかわるが、
形態計測学だって、2千年間、長さや角度といった単純なものだったが、
この2−30年は数式とコンピュータを使うようになった。
でも、morphometrics とか、morphological informaticsとか
いわれてもバイオインフォには加えてもらえないようだよ。

138 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 22:34
薬剤のデータベースは単にその病院や企業のシステムの一部。
そのうち病院や製薬会社でコンピュータ扱ってる部署はすべてバイオインフォマティクスにされそう。
10年以上昔からあるのに。(笑)

タンパク質は高分子なんだからバイオだけ特別分ける必要なくて計算化学と一緒にしたらいいだけと思う。
スーパーコンピュータ使って構造解析、一緒じゃん。

139 :123=130:02/04/01 23:22
まあ打ち間違いは勘弁してもらうとして (汗

漏れが思うに、バイオインフォには二つの流れがあるような気がするのさ。
ようするにコンピュータ使っててちょっとでもどこか生物か生物学的なことに
からめば、「これはバイオインフォだ!(だから予算よこせ?)」っていっちゃう
タイプの人。
それから、薬剤DBとか構造がらみとか137さんの計測とかのように、明らかに応用に
密着しすぎている分野は「バイオインフォだとは思わない(一緒にされちゃあメーワク
だぜっ!)」って立場の人。
学問としてのアイデンティティーの確立を取るべきか、それとも予算のとりやすさを
優先すべきかっつーのは、まあ2ちゃんねらーのわれわれ(ほとんどは若手、一部厨房)
が決めなくてもいいんだけどさ。でも、やっぱ、あんましいい加減な看板で商売していると、
やってる人間が荒むから、よくないんじゃねーの? って思った。


140 :( ´,_ゝ`)プッ :02/04/02 02:46
アイデンティティ確立なんて敢えてする必要なし。
いずれ自然淘汰されるさ。淘汰されないとすれば分野として問題があるんだから
それはそれでしかたなかろ。



141 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/02 07:59
123=130=139
君は厨房?

142 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/02 12:35
>121以降を読んでいると、
大学のレポート提出を思い出す。


143 :123=130=139:02/04/02 17:03
>141
うん。
痛みを伴う改革のすきな厨房。
予算をとるためだけ、本をうるためだけ、学生をあつめるだけのための
ことばが一人歩きしている「バイオインフォマティクス」の現状に
怒り狂ってる厨房。
君はどう?

>140
アイデンティティ確立してなければ、絶対に、必ず淘汰されると思う。
まあ洩れは自分だけ生き残れればそれでもいいけれども、
このままでは数年後、バブル弾けて、バイオインフォマティク
ス・パージの嵐が吹き荒れることは必死と見た。そのときに、淘汰される
流れに巻き込まれたくないから、「洩れだけは奴らと違う」という
ポーズを今からとっておきたい(w
あ、でもどうせSEだから、職にあぶれる心配はないんだけどさ。

144 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/02 17:09
>あ、でもどうせSEだから、職にあぶれる心配はないんだけどさ。

この一文は致命的。そんな楽観主義で改革が好きなんてよく言えるな。

145 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/02 17:12
バイオインフォのみならずバイオ自体が今のはやりものって気がする。
バブル時代の電子産業みたいに。半導体の今はリストラで悲惨だよ。
あちこちの大学でバイオ関連の学科増やしてるけど大量失業の予感。

146 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/02 17:22
>>144
別の者ですが、
プロジェクトリーダレベルのSEであれば、
実際、職にあぶれる心配はないですよぉ。

自分のことだけを考えれば、当然の発言と思われ。


147 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/02 17:32
>>146
プロジェクトリーダーと限定して職あぶれ無しというのも違うと思うが、
いずれにせよSEだから職にあぶれないというのはウソと言える。
この職種に聖域は無い。

148 :143:02/04/02 18:24
>>144
じゃあ君は改革がきらいなの? それとも単にアゲアシくん?
ネタにきまってるじゃんさ。
大体さ、「自分は痛くない」っていう楽観主義がなければ
「痛みを伴う改革」なんて誰もいいださないってさ。
マゾじゃあるまいしさ。まあ実際まったく職にあぶれる心配
はしてませんけど(w アビ八"の講師とか(w

>>147
この職種ってなんの職種?いままでさんざん議論して来て
結局定義すら決まらなかったバイオインフォマティクス関係者って
ことですか? 定義すら決まらない分野だったら、そりゃ聖域なんて
ないさ。でも、洩れは、たとえ定義すら定まらなくても、「本流」と
「傍流」はある(そのうちはっきりわかるようになる)んじゃないかな、
っておもうわけです。

というわけで、みんなで本流に回帰しませんか?

149 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/02 18:28
予想通り単なる春厨か。
春だねぇ……

150 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/02 20:27
ただの頭悪いアゲアシくんは、一年中いるよね。

151 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/02 23:26
>>123=130=139=143=148
SE???
ひょっとして学位持っていないの?
あたたたたた・・・・・・
相手にしたおれが馬鹿だった。

152 :143:02/04/03 00:08
学位?理学博士か?工学博士か?
それ取ったら食えるのか?
それよかSEとしてのスキルのほうが
給料に直結すると思われ。
まあ、楽しかったっよ、
相手してくれてありがとう。

(;_;)/~~~

153 :薬学位は基本だろ:02/04/03 00:46
学位も持ってない厨房は、このスレには来ないでくださいね。
と言ってみるテスト(w

154 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/03 05:38
あーあ、追い出されるのか。
と言ってみるテスト

155 :101:02/04/03 08:11
私も追い出されるのね。
と言ってみるテスト


156 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/03 08:16
そして誰もいなくなると。

157 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/03 08:48
ってことで、仕切りなおしましょうよ。

バイオインフォの将来像と求められる人材についてはいかがか?
ソルジャーを大量にってのは、なしね。


158 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/03 10:54
ソルジャー産出はsfcに任せればいい。

159 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/03 12:24
みなさん、どんな本読んで勉強してますか?
たんぱく質の構造解析やってますが、難しくてよくわかりません。
量子化学は一通りやったつもりだったのですが・・・。
うちは化学系ですが、バイオインフォ(計算)やってます。

160 :帰ってきた143:02/04/03 13:41
んでもってSFC出身者だけが定職にありつき、他は失業、と。
5年後には業界にKO閥が完成、ますます隆盛を誇る、と。
ソルジャーを哄うもの、ソルジャーに泣く、と。

161 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/03 14:06
東大にもバイオインフォ学科ができました。
もうSFCの出る幕は無いんです。

…ご愁傷様。

162 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/03 14:32
>>161
バイオインフォ科できたって言うけど、誰が講師になるのよ。
ただでさえ「バイオインフォって何?」って輩が多いのにさ。
行政指導を渋ちんで受けて形だけ整えた内容と思われ。

163 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/03 14:37
>>162
http://www.bi.s.u-tokyo.ac.jp/

まぁ講師云々以上にさ、SFC行くよりも東大
来るっしょ、普通。
バイオインフォの登竜門なんて感じになっちゃったり
してさ。
所詮大学入るときなんて名前で選んでんだからさ、
高校生なんて。

今後SFCに馬鹿ばっかり入ってくるようになったと
してもいじめないようにしてやってくれよ。
悪いのはこんな学科を創設した灯台なんだよ。

…ご愁傷様。


164 :帰ってきた143:02/04/03 15:15
>>161 (=163) さん、頭悪いっス。大かんちがいしてます。

せっかくわざわざ東大までいった人がSEしますか?ソルジャーしますか?
バイオインフォマティクスが必要としている人材は、いっちゃ悪いけど
東大、京大以外の大学出身者のウェット生物屋(当然コンプレックスも
強い)という人たちが、自分らの意のままに操れる、でもバイオイン
フォのスキルをもった人材(だからソルジャーとかSEとか蔑まれる)
を必要としてるんです。
東大、京大など一流ラボのウェット屋さんは、たいていのことは自分で
できちゃうんで、ネットワーク管理SEくらいしか必要としないんです。
んでもって、そんな状況で、誰がわざわざ東大にいくんでしょう?
仮にいったとして、そこを出た人たちが、ちゃんとソルジャーの
地位に甘んじて、うまくやっていって、戦力(使い物)になるんでしょうか?


165 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/03 16:01
SEになりたい人は東大行かないでしょう。
東大なら普通に研究職に行くのが一般的だと思う。
大手の製薬会社なんかがすぐほしがると思うが。

>東大、京大以外の大学出身者のウェット生物屋(当然コンプレックスも
強い)という人たちが、自分らの意のままに操れる、でもバイオイン
フォのスキルをもった人材(だからソルジャーとかSEとか蔑まれる)
を必要としてるんです。

すくなくともこういう人たちのために理研や東大・京大が人材育成
してるわけではないと思うよ。
物理や化学にも計算主体の学科ってあるじゃない。
量子力学は半分数学の学問だから究めようとするとどうしても計算に
行ってしまう。
生物もようやく現代科学の波にのったと思ってこういう学科ができる
ことは望ましいと思うのだが。
なぜ否定派が多いのだろうねえ??

166 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/03 17:25
SFCみたいな調子に乗った厨房がでないでほしいよ。。
あれは特異例なのかね?

167 :海外在住情報系院生:02/04/03 18:26
久々に覗いてみました。相変わらずの対立には一瞬ひきましたが(藁
まあ産みの苦しみってことでいいのかな?

さて、暫く前にMIT PRESSから出たこの本
http://www.amazon.com/exec/obidos/ASIN/0262024810/qid=1017825522/sr=8-1/ref=sr_8_3_1/104-9783520-6995168
結構面白いなーと思いつつ読んでる最中なんですけど、生物学の
中では、こういったモデリングってどんな位置付けなんでしょう?キワモノ系?
それとも熱いトピック?あるいは時期尚早?

168 :海外在住情報系院生:02/04/03 18:48
上の方でバイオインフォマティクスの定義について議論がありましたが、
確かに今はあやふやですね。アメリカの院も
Bioinformatics
Computational Biology
Biomedical Informatics
などとこの周辺にはいろんな名前の学科があります。
一番下のになると(Stanfordだったかな?)医療関連の情報処理なども
含まれて、狭義のバイオインフォからは外れると思いますけど、人によっては
それも含めてる場合もあるようです。

誤解を招くのを覚悟で言ってしまえば、
「確率論、統計などの数学をベースにやってるゲノム・タンパク関連
の研究」がComputational Biology、そのスーパーセットとして
「Computatinal Bioを含む、データベース技術等も含めた研究分野」
がBioinformaticsといった印象をもってるのですがいかがでしょう?

M. Watermanとかあの辺の著書なんて完全に「応用統計学」って言った立場で
書かれてるもんなあ・・・。

169 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/04 01:24
もともと分子をいぢくる方ではコンピュータ使ってたけど、
あれらはバイオインフォマティクスとは言わなかったんだろうから
呼ぶようになったあたりで何を指してバイオインフォと言ってたかが
鍵になるのかなあ。

別にコンピュータ使ってれば、バイオインフォマティクスになるわけじゃ
ないですよね。計算を肩代わりさせるだけの話で。

・サイエンティフィックな結果を出すのに知恵を借りてくるor知恵を出す
・実験結果の評価や整理に使う
・サイエンスとしては面白くないけど、役に立つプログラムを作る
・お金儲け

とか、分野とは違った見方なら簡単に類型化できるかも。
で、案外仕事の好き嫌いはそこらへんだったりなんかして

170 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/04 01:24
Computational Biology とBioinformatics の定義が逆じゃありませんか?

171 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/04 08:51
>>169
・サイエンティフィックな結果を出すのに知恵を借りてくるor知恵を出す

PubMed OMIMをつかって、
情報かき集めてくるのもBioInformaticsになるのなら、
みんなそうじゃない!

データマイニングもBioInfoなんでしょ?


172 :海外在住情報系院生:02/04/04 09:44
>>170
そうですか?私は上に書いた包含関係で理解してるんですけど、どの辺りに
問題あると思われます?無論、両者の定義は私の思い込みも多分にあり、
厳密に使い分けることはかなり難しいと思いますけど。

>>171
今の生物学は、生産されるデータがとてつもなく多く、それを効率的に管理する
という部分だけでもある意味Bioinfoだと思います。この辺りは生物系の人から見ると
そんなもん研究でもなんでもない、とお叱りを受けそうですが、コンピュータサイエンス
自体、ある意味手法の研究でもあり、情報の総体が手作業で扱える臨界点を超えたとき、
その情報殻から加価値のある情報を生産、管理するのも立派な研究になりうると思うのです。

現在の問題は、情報科学者がとりあえず手をつけやすい情報管理システムや
既存のアルゴリズムに基づくシステム構築といった方面に重きを置いているという点でしょうか。
そして、バイオインフォという言葉が一人歩きしている、と。

無論、そんなレベルを通り越した面白い研究をやってる方も世界のあちこちにいらっしゃいますが・・・。

173 :海外在住情報系院生:02/04/04 09:54
あと最近思うのは、アラインメントやホモロジーサーチといった
それなりに役立つシステムが比較的初期に数学者や計算機科学者
によって作り上げられて、次のステップを皆模索しているんだと思うけど、
タンパク質の立体構造予測にしろ、生化学的、遺伝的なネットワークの
解明にしろ物凄く難解な問題であると同時に、生物学的な理解が
MAやHSといった問題よりはるかに要求されるので、情報学者がなかなか
適切な計算モデルを提示することが出来ない、という状態に陥ってる
かもしれないなあ、といったことです。

174 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/04 10:14
ふーん

175 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/04 10:23
>>172-173
あなたの話、中々面白い。興味深く読ませてもらったよ。
私は172にある様な生物屋と共に歩む情報屋だけど、そうした考えを持ってくれる人が
ちゃんと居るとわかっただけでも嬉しいよ。感謝。

176 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/04 10:54
>>172-173の発言に安心
海外在住情報系院生氏のご活躍を心待ちしております。

で海外在住情報系院生氏は卒業後日本に帰ってくる気有る?

177 :143:02/04/04 16:52
>>172-173 さん
日本と海外では科学のレベルもそうだけど、そもそもバイオインフォをとりまく
状況が違いすぎるという気がします。
海外では、IT関連ベンチャーやバイオインフォ関連ベンチャーの起業が相次ぎ
この業界の活気そのものを支えているという気もします。日本との差異
にかんして、何かコメントをお願いできませんか?

178 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/05 02:54
>>171

その意味ではなくて、情報科学とか数学とか、外の分野の
知恵と言いたかったんだけど。

まあ、でもそういったみんなが日常的にやってるようなこともテーマとして
打ち立てればバイオインフォになるんじゃ?実際、そういうのを
使うってことは検索屋の成果に浴してるわけだし。

>>171
そうそう、でもそれって、サイエンスというよりエンジニアリングに
なっちゃうからその筋なジャーナルに載るわけもなく、研究者としては
努力したところで業績にならんだろうから、従って賢い研究者なら
近寄らないんじゃないのかなー
給料と雇用で報われるならそれもアリだけどさ。

しかし、今やそこかしこで手作業が臨界だからねー。
きっとどこも退屈な割に厄介な臨界点が多そうだし。

179 :178:02/04/05 02:55
フォロー先間違えた。下は172だ。
鬱ダ。死ノウ

180 :( °._> °)プゥ:02/04/06 00:13
この板はへなちょこばかりだな。厨房が一匹いるけど、それを叩いてるやつらはまさしくへなちょこDQNだな。所詮は業績もなく、業績をあげる予定もないやつらばかりだな。戸三田研と50歩100歩だな。

181 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/06 04:27
>>180
お前が一番ヘナチョコだよ。毎度こんなカキコしか出来んアホは氏ね(´∀`)

182 :( °._> °)プゥ :02/04/07 23:31
ヘナチョコ

183 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/07 23:40
おれがヘナチョコならお前はうんこだ。

( °._> °)プゥなんて便器に流されればいいんだ!
そうだ、流されちまえ!


184 :( ´,_ゝ`)プッ:02/04/08 08:45
まあなんていうか・・・バイオインフォマティクスってのは、
学問として確立されているものじゃなくて、これから確立していくものでしょ。
分子生物学は、制限酵素やベクターといったツールが出現したことで発展した。

バイオインフォマティクスにおける、制限酵素やベクターはなんだろう?

185 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/08 08:52
>>184
SE

186 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/08 13:07
>>184

残念ながら、ツールが出そろって行き詰まったので、
Bioinformaticsという看板が出てきたというのが正しいかも。
直接に明快に役に立つことがわかるツールはもう作れないので、
それならツール開発やデータベースそのものを学問にしてしまえと言うことだ。

187 :143:02/04/08 15:50
看板だけではいけないと思うのですが。
いいかげんな看板を掲げて無責任に延命と予算獲得を謀っては
いけないと思うのです。
ましてや、科学と技術、学問とインフラ整備をごっちゃにしていいとは
思いません。
Spring8の建設に携わったからといって、コンクリを塗る左官屋の
現場監督が大学の先生になったっておたがいに不幸になるだけでしょう?

188 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/08 20:28
spring8もあれもツールだね。
でも放射光の専門家はいるし、その分野の教授だっているだろ。
最近生物界ではツールの方が本体の学問より高度な能力を要求する現象がおきている。
分子レベルの研究は物理屋や化学屋にまかせてあとは医学部ががんばればいい。
生物の知識のないものも生物にかかわる時代になってきた。
純粋に生物の知識しかない人は・・将来はバイトしかないと思われ。

189 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/08 21:38
で、生物学からの発想しかない人間が、Bioinformaticsの発展を
妨げているな。日本の場合、特に。大御所制度、ってのかな、こ
いつをつぶさねば。昔から議論になっている研究費の分配制度で
Bioinformaticsもだめになりそうね。
南無阿弥陀仏。

190 :( ´,_ゝ`)プッ:02/04/08 23:48
情報科学からの発想すらない情報化楽屋もね。

191 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/09 01:15
両者潰し合って停滞決定。
だから日本じゃ根付かないって逝ってるじゃん(w

192 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/09 03:34
話題を変えて

みんなデータ管理にせよ、構造予測解析にせよ、どんなソフトどんなシステム使ってますか??

193 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/09 03:39
ここに書き込んでいる情報屋はどうしてこんなに幼稚なんだ?

194 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/09 09:21
それは生物屋にも言える事>幼稚
結局、反目しあってる限り何も始まらないし出来ないという事だよな。

195 :143:02/04/09 09:35
だからツール屋はツール屋の一流をめざし、SEはSEの一流をめざせば
いいといっているのに、なんで「新しい学問」とか「学位」とかいう
発想が出て来るのか俺にはさっぱり分からん。
煽りあっているだけ、叩きあっているだけ。
大体なんでSEだとばかにされるんだ?
それも分からん。よほどSEにコンプレクスでもあるのか?
スキルさえあれば誰でもなれるのに。
ただし一流への道は遠いが。
「bioinformaticsとは何か」という問いに意図的に答えないようにし
ているようだが、それに各個人が答えを見つけられなければ、停滞は
解消しないだろ? 生物の発想しかない生物屋の悪口は,言ってもいいけど
いまのこの現状では全然まとはずれだと思う。
自分が何をやりたいか、何が出来るのか、何をやるのかわからないで、
他分野の人間と意味あるコミュニケーションできるわけない。


196 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/09 12:32
>>194
同じとは言い難い・・・
明白な差があることがわからないようで・・・

197 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/09 13:18
>>196
幼稚というのは人格に言える事。何に携わっているかは関係無い。
そんなことも分からないとはねえ。学生にしてもお粗末過ぎる。

198 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/09 21:34
> そんなことも分からないとはねえ。学生にしてもお粗末過ぎる。

こういうこと言うから幼稚だと言われるんだよ。
そんなことも分からないとはねえ。社会人としてお粗末すぎる。

って、漏れもか・・・。

199 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/09 21:40
>>197
「ここに来る」と限定してあるのもわからないようで・・・
本当に幼稚さがきわまっているようですね。

このスレを覗いて勉強になったことが一つある。
自らを規定するのに「バイオインフォ」を喜んで使う人々とは
どうやら一緒に仕事をしてはならないようだということ。

己を見つめ直して、なぜ一流紙に論文が出ないのか、徹底的に考え直す
必要があると思うが、そういう思考レベルには達していないようで。

T研の草創期の学生は、生物学の知識が少ないことを自覚しつつも
なんとか良くしていこうと言う努力が見えて、好感が持てたのだが。
そういう姿勢は今はもう期待するだけ無駄なのか。

何も自ら首を絞めている人間を罵倒されてまで無理して助ける必要も無かろう。

200 :( ´,_ゝ`)プッ:02/04/09 21:43
そんじゃ、バイオインフォマティクスについての議題に戻ろうか。
定義から入ろうとすると小メンドクサイ話になるから、
どんな各論が行われているかをあげてみよう。
人の意見に対して建設的な意見の付け足しはOKだが、
「そんなのはバイオインフォマティクスじゃない」とか
「そんなの科学として認められない」といった否定的な発言をしないこと。
否定的な発言をどうしてもしたい人は、代替案を挙げること。

こういう感じでどうですか?

201 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/09 22:24
>>195
お前の発言は矛盾していると思うね。
立場をはっきりさせてくれ。
学問として捉えたいのか、技術として捉えたいのか。
ちなみに、学問として捉えるのであれば学位は足の裏の米粒として重要だぜ。
特に海外行ったら学位持っていないと研究者と見なされないからな。

202 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 00:16
もう止めたら?
これまでの展開通り、ここの住人に何話してもムダでしょ。
反目しあう気持ちがある限りは、前向きな意見なんて出ようハズも無い。
それは今までの堂々巡りを見れば、おのずと分かる事。

結局、人種が違うという事だよねえ。お互い相手の事を認めようとしない人種の壁。
それじゃあ、この方面での有意義な議論など出来ようハズも無いわなぁ。
まあ、諦めてどんどんと海外に追い抜かれればいいんじゃないの?
ムダと分かれば、その方面にムダな投資をする事も無くなる訳だしさ(w

203 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 00:19
>>201 あんたもう発言しなくて良し。
>>202 そんなことはない。しかし自分がやっている事に関して勉強する気がないのは問題だよ

204 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 02:10
慶応義塾大学環境情報学部が下記の要領で、人材を募集中だ。

大学院生募集
慶應義塾大学政策・メディア研究科 修士課程・博士課程
(バイオインフォマティクス・プログラム)

プログラムに関しての情報はこちらをご覧ください。
http://www.ttck.keio.ac.jp/Bioinformatics-program


入試に関してはこちらをご覧ください。
>http://www.sfc.keio.ac.jp/visitor/nyuushi_info/seisaku.html
2002年9月入学 出願期間 5月10日(金)〜14日(火)
http://biotech1.nikkeibp.co.jp/cgi-bin/ws.exe/websql.dir/news/detail.hts?newsid=SPC2002040717865


205 :海外在住情報系院生:02/04/10 06:48
>>176
正直、仕事があれば日本でもアメリカでもどっちでもいいんですけど、まだ決めてないです。
両方に住んでみると、どちらにもいい点、悪い点があって、かなり迷います。
どう転んでも、こっちじゃ私は「ガイジン」ですからねえ・・・

>>177
私は単なる院生ですから偉そうな事は言えないんですが・・・
とにかく、アメリカがおいしいところを持っていってしまって、立ち上げが遅れた
日本が追いつくのはかなり厳しいかもしれないと思っています。
そもそも製薬など、お金が流れるところの体力が日米では違いすぎると感じてます。
なんだかんだ言っても、ビジネスとしてバイオインフォやるには、情報屋は
研究機関を相手にしなければならないんですが、市場規模は言われてるほど
大きくないといった印象を持っています。

>>178
そうですね。エンジニアリングの対象として面白いテーマと、サイエンスとして
面白いテーマの間には微妙なずれがあるかもしれないです。
IEEEな学会誌目指してる人とScience、Nature目指してる人が入り乱れてる
わけだから、ある意味仕方が無いのですけど。

206 :海外在住情報系院生:02/04/10 07:15
また対立が復活してきてるようですが・・・

正直なんでそこまで対立しあうのか良く分からないです。
こっち(アメリカ)で能力のある連中は、それこそ学部時代から(多少時間かかっても)
ダブルメジャーでMol. BioとCSやって、院ではそのバックボーンの上にBioinfo
な教育を受けるわけで、そんな連中と日本は競ってかなければいけないわけですよね。
アメリカでもCSとBIOのカルチャーの違いはあれ、ここまで対立する関係には
無いと思うんですけど?

自分は高校時代(日本です)も生物やってなくて、まったくゼロから生物やってる
わけですが、面白いというのと同時に、広大な知識量の中から如何に自分に必要な
情報を取捨選択してゆくべきなのかということの難しさも感じてます。
また、実験の経験が全く無いというのも感覚のズレを産む原因になるかもしれない
とも感じています。この辺は率直に生物な人と話して、物凄く馬鹿げた質問(だろうと思う)
でもぶつけてみて、そして調べる、という地道なことでカバーするしかないと
思っています。その分、計算機系のことはどんな初歩的なことでも出来るだけ
丁寧に答えるようにしてます。

極めて当たり前のことですが、これくらいしか協力関係を築いていく方法は
思い浮かびませんので。

207 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 07:50
小さい頃から生物を見ていないと、生物のセンスもなにもあったもんじゃないと思う。
生化学者でも生物を全く知らない学者さんがたくさんいるしね。

バイオインフォは外から生物の分野にはいってきているわけで、
それはもうよほど覚悟を決めないと生物学的センスを身につけるのは難しい。
コンピュータの世界は所詮人間がルールを決めたもの、アーキテクチャも
既知の物から出発しているが、生物は全く逆でそこに一般的なルールが
あるかどうかさえわからない。

バグだらけで途中で放り出された他人の長大なBASICコードを
解析することを考えてみたらいい。
「これは全くなってないソースコードだから、解析に値しない」
と平気で言い放ちかねない人が何と多いことか。

208 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 08:03
一つ根本的な問題がある。

協力したら何か良いことがあるかどうか、だ。

バイオインフォは、情報屋の中でははっきり言って下に見られているから、
できることなら生物業界に入って無能な生物学者を出し抜いて大成功を
おさめたい、と思っているはず。基礎科学でも、応用分野でも。

だが、生物学者は今本当にバイオインフォを必要としているだろうか?
そこそこのツールはもうあらかた手にはいるし、そもそも買えば済む、
外注すれば済む次元のことを、わざわざ共同研究にする必要もない。
結局何も期待していないし、短期的にはバイオインフォに協力しても
失う物ばかりで得る物が何もない、と見ている人が多い。

この現状を打破するには、バイオインフォが明確な計画性を持った
実現可能な夢を提案しなければならない。官僚は騙せても、一線で
働いている学者を騙すのは難しいぞ。

それが最低限必要なこと。それすらせず、実験がどうこう逝っている
場合ではない。

それがイヤなら、モリヘオカエリ。

209 :176:02/04/10 09:00
>>207,>>208
決め付けた発言を読むのはもう飽きた。

うちは情報屋とうまくやっている。
情報屋と仕事をするのは今後欠かせないとも思っている。
少なくともうちの研究所(医科研じゃないよ)で開いたセミナーでは、
情報屋の話は大いに好評だった。
その人とは今後も仕事をするつもり。

うちの研究所(理研じゃないよ)の計算機はアルファもあり、SGIもある。
みんな計算機をちゃんと使ってWetの人間がペーパーを出している。

実験屋が取るだけ取ってほったらかしにした貴重なデータは山ほどある。
今後それを計算機で解析し直した仕事はいっぱいでるでしょう。
あなたらが思っているほど、
生物学会が多様性に欠けているとは思えません。

ところで、>>206
海外在住情報系院生氏
あなたのメインワークはなんでしょう?
HumanGeneticsに興味ある?

210 :175:02/04/10 09:33
>>209
同意。>>207>>208の様な対立カキコがしたいなら別スレ立ててやってくれ。
ウチは製薬系だが、同様に情報屋とは上手くやっている。かなり古くから
入ってくれているので、Bioinformatics絡みのプロジェクトを立ち上げつつあ
る現在、協力体制の確立がスムースに出来ているのが大きい。これを何も
無いところから始めると考えたら正直ゾッとするよ。
どんな事でも、やはり人ありきだと思うね。

あと、研究で入っても「情報に興味があるので、そちらをやらせてください」と
名乗りを挙げてくれる社員が増えてきているのも心強いなと最近は思うね。
両者の橋渡しとなる存在は、プロジェクトをより円滑に進める上で欠かせない
と感じている。最も、それはその人の力量によるところが大きいんだけどね。

それにしても、真面目な人が多くて本当助かるよ。社内で一番の不良は
朝からこんなカキコしているオレだけだな(^^;)

211 :海外在住情報系院生:02/04/10 09:59
>>207 208
貴方のような考えをお持ちの方がいてもいいと思います。
現状のツールで対処可能で、それで結果が出せるならばそれでいいのではないでしょうか?

しかし、そうでない人がいることもまた事実。

ただひとつ指摘しておきたいのは、情報屋だといって、生命システムの
アーキテクチャを計算機のような単純なものと同一視している人はほとんど
いないと思いますよ。

そもそも貴方のアナロジーである「他人の書いたBASICのコード」という
のもちょっと?です。より的確な表現をすれば、生命情報は「バックグラウンド
の情報が与えられていないマシン語のHEX DUMP」みたいなものです。可読性
もなにもあったもんじゃない。
そこに人間が作ったシステムのように統一性(まあそうでないのが結構あるのが
頭の痛いとこですが(藁))を期待している人はまずい無いでしょう。
だからこそ、確率論的モデルを持ち出してきて、そういった「揺らぎ」
を吸収するようにシステムを構築するわけでしょう?
ANNを使ったProteinのSecondary Structure予測しているある研究者も
最終的に100%は達成できないと認識した上で問題に取り組んでるし、
貴方が思ってるほど硬直した考えの人ばかりではないと思います。
もしそういう人にしか出会っていないのならば、それは不幸な事です。

>>209
私はまだ一年目ですから、まだ模索中といったほうが良いかも知れません。
ただ、学部の頃からツールとしての人工ニューラルネットとか興味があった
ので、それを応用できる分野を希望しています。学部時代私がプログラミングの
下請けやってたラボがそっち方面だったせいもありますね。

まだまだ勉強中ですが、私が上の方にあげた本("Computational
Modeling of Genetic and Biochemical Networks," MIT Press)
の内容にはかなり惹かれます。物凄くハードな問題だと思いますが・・・。

212 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 11:01
昨今のバイオロジー(に限らないが)で、一人でなんでもやろう、というのは無理。
異なる分野の人がどう知恵を持ちよって、
問題を解決するか?というのが今は大事だと思う。
というわけで、生物系は情報科学、情報系は生物を勉強してもらって、
コラボしていかんとだめね。
情報系院生さんの206なんかは非常に真摯な姿勢だと思うよ。


213 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 11:08
>>209-210
それってBioinformatics?ただの解析じゃないでしょうか?

>>211
>そもそも貴方のアナロジーである「他人の書いたBASICのコード」という
>のもちょっと?です。より的確な表現をすれば、生命情報は「バックグラウンド
>の情報が与えられていないマシン語のHEX DUMP」みたいなものです。可読性
>もなにもあったもんじゃない。

予想通りの答えです。私が込めたメッセージを読みとれませんでしたね。
なぜわざわざ今更誰も使わない”BASIC”といったのかです。
私が指摘したとおりの「思いこみ」があなたの答えになったのだと思います。
非常に残念です。

この件に関しては、いわゆる情報屋さんと生物統計学・進化学を昔からやってきた
人々の間の認識のギャップを端的に表しています。非常に大切な問題なので、
是非考えてみて下さい。

私としても、情報専攻の方がマシン語とのアナロジーを考えていらっしゃることに
とても興味があるところです。

その他の点については基本的に同意しますが、私の論点は話をわかりやすく
するためにはっきりと物を断じたような論調になっているわけで、
もちろん100%そうだというわけではありません。ですが、そのような傾向が
あると言うことは事実ですし、私は対立を煽ると言うよりは現状を認識せずに
勝手な書き込みを繰り返している一部学生に対して書いているのですから、
その点は誤解無きよう。

214 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 11:11
>>212
>生物系は情報科学、情報系は生物を勉強してもらって

具体的に、例えば発生学をやっている学生が、
どのような「情報学」を学ぶべきだと思いますか?
具体的な内容が欠けたままでは、生物学全体と情報学が
対等な内容を含んでいるとしか読みとれません。
現実を見ればそれはあり得ないことがわかると思いますが?

215 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 11:18
そもそも次の二つのポイントを誤解していませんか?

生物学をやる人間で、興味がある物は情報学を学べばよい。
恐らく分野によっては必須になるであろう。

生物情報学を学ぶ者は、否応なしに生物の基礎知識および
関連の専門知識を身につけるのは必須である。

自明だと思うのですが、これについて何か疑問がありますか?
現在情報学が答えを与える生物学分野は思ったほど多くはないですよ。
情報学関連の方はそういう分野しか目に入らないので、大勢が
そうであるという印象を持つのではないですか?

もちろんどこまでを情報学と呼ぶかによります。
基本的なツールまで突然生物情報学に含めますか?

216 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 11:26
>だからこそ、確率論的モデルを持ち出してきて、そういった「揺らぎ」
>を吸収するようにシステムを構築するわけでしょう?

ここも面白い問題です。stochasitic errorだけが生物の本質ですか?
揺らぎを吸収すればそれで良いというのはなぜでしょうか?
そもそも生物学的現象を見落としていれば、それ以前の問題です。

例えば、あるRNA機能を解析していたとして、sense strand だけを
解析対象にしていたために、antisense strandの昨日を全く見落として
いたら、その解析は全く意味をなさない結論に陥るでしょう。


217 :212:02/04/10 12:01
>>214
生物系の僕がちゃんと理解しないといけないな、と思うのは、
配列解析の基礎です。
バイオインフォマティックスの本を手に取れば、
ほとんどの本が取り上げてると思いますが、
生物だけ勉強してきた浅学な僕では読みづらくてしょうがないです。
で、これは、生物系も、少しは情報科学を勉強しなくてはいけないな、
と思ったわけです。
もっとも、僕の場合は統計学から、きっちり叩き直さないといけませんが。。

「生物学全体と情報学が
対等な内容を含んでいるとしか読みとれません」
これは、僕が日本語が弱いからでしょう、意味がよく分かりません。
英語か、ドイツ語で書いていただけますか?(ウソ)

ま、ともかく、一人でなんでもやるのは無理、と書いたばかりですが、
コラボするには、人の土俵も少しは知らないといけないと思ったので、
「生物系は情報科学、情報系は生物を」と書いた次第です。

あ、ちなみに、僕のラボは、細胞生物学と発生学のラボでした。

218 :216:02/04/10 12:15
自分のバックグラウンドは書いていた方がいいですね。
強制遺伝子発現系のラボワークと、いわゆるバイオインフォの
関連(に今ならなるであろう)解析の仕事をしています。
解析の仕事はもう12年になるでしょうか。

219 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 12:20
生物系は物理関係弱いから、コンピューターや統計学使いこなす
バイオインフォーマティクスに劣等感を感じるんだろう。
んで、「やらなきゃいけないと思ってるんだけど・・・」。

英会話やらなきゃ、とかと同じ次元の気がするのは俺だけ?

220 :216:02/04/10 12:35
>>217

そうですね。遺伝子解析ツール(アラインメントや遺伝子予測)
がどういうアルゴリズムに則っているかを知ることは重要です。
勉強する価値が十分にあると思います。
日本でも学生を対象にしたセミナーが大学研究所関係で結構
開かれますので、そういう場で講師に質問をするのが一番の
理解への早道ではないかと思います。本だけ読んで・・は確かに辛い。

221 :216:02/04/10 12:42
検証実験が不要になったら生物情報学も本物ですが。

222 :216:02/04/10 12:44
というか、本来情報学が目指すところは生物学とは違うはずですが。
ではでは

223 :海外在住情報系院生:02/04/10 14:41
>>213
私は、「一見しただけでは(人間には)判読不能。そこから意味を拾い出すには
機械の力を借りた方が手っ取り早い(この場合はリバースエンジニアリング)」、
というものの一例としてダンプリストをあげました。それ以上の意味はありません
が、私はどの辺を誤解していますか?(無論、生命情報の場合は、逆アセンブル
するためのルール自体から見つけなきゃいけませんけど)

もし、ただ情報の羅列からのみ意味を拾い出そうとする姿勢を指しているならば、それは
誤解ですよ。(バックグラウンドの情報が欠如したという注釈をつけたのはそのためです)
私だって、稼動するシステムとしての生命を理解するのに、その情報から
生み出されるメタなレベルでの働きを観察、理解せずに上手くいくなんて思ってはいません。
(だからこそ分厚い生物学の本と戦ってるわけで・・・)

生命情報処理も(私が理解している範囲では)、手作業による解析が事実上無理で、
機械を使った方がうまくいく場合が多い、というのがモチベーションになったと
理解していますが、どの辺が私の思い込みなんでしょう・・・?

224 :海外在住情報系院生:02/04/10 15:09
>>216
うーん、ここでもなんか誤解があるようですね。
確率的なエラーが生命の本質だとも思ってませんよ。しかしながら、
「人間の作ったシステム」のように、シンプルな一般性、統一性が無いからこそ
それを理解したうえで確率論的モデルを引っ張り出してきて、それに対応できる
ようなシステムを作っている、というだけです。

バイオインフォで一般性を求めれば、確率論的なモデル+生物学者の知識をモデル化
したハイブリッド・エキスパートシステムみたいな感じを目指せばいいのかな、なんて
漠然と思ってるのですが(AIやってたんでこういうの好きなんです(藁))、知識ベース
の構築がどの辺まで厳密に出来るか、という点でかなり高いハードルがあるかもしれません。

それから、生物学全てが計算機を必要としているなんてノー天気な考えは持ってませんよ。
ただ、そこにどさりと詰まれた大量のデータがあれば、それを処理するシステムを
創りたくなるのは情報屋の性・・・?

>>217
おっしゃるとおりですね。
生物学の人向けに書かれた本は、ツールの使い方に終始し、情報・数学の人向けに
書かれた本はいきなりハードコアなアルゴリズムの解説から始まって、あまり中間
といった本が少ない気がします。

最近翻訳されたオレンジ色の表紙の本は、アラインメント関連の解説が
比較的分かりやすく書かれててお薦めです。あと、それにアルゴリズムの基本
が解説された本が一冊あれば、予備知識なしで何とかなると思います。
アルゴリズム関連では、「Introduction to Algorithms」という分厚い本が
リファレンスとしても役立つと思いますので、お薦めです。確か日本語版も
出てたはずです。原著は第二版が出ています。

上記のオレンジ色の本は確率論的モデルにはあまり言及されていないので、
あわせて

"Biological Sequence Analysis: Probablilistic models of protein and nucleic acids"
"Algorithms on Strings, Trees and Sequences"

辺りを手元において置くと役立ちます。

225 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 15:10
>>223
ベーシックでプログラムを組んだ経験があれば、
またはそれを他人と交換して改変を試みたことがあれば、
変数の定義から、文法から、あるいは構造から、
全く一貫性がなく、部分的には全く機能しないはずのソースが
それでもなんとか動いていたりするわけですが、
これを解釈しなおしてきちんと自分のところで動くようにする
のは大変な苦労です。組み直した方が早い、こともしばしばです。

最近の構造化言語でかなり厳密に用法が規定されているプログラム
との違いがそこです。ソースの作者のローカルルールや思いつき、
場当たり的な変数の定義、下手をすると二重定義、等が頻発します。

そういう点(隠された情報は必ずしも美しくない!)を感覚的に
分かってもらえると思っての先の発言です。もしその感覚が伝わ
らなかったのであればもう仕方がありません。それだけのことなので、
それについて反論される必要もありません。

ですから
>もし、ただ情報の羅列からのみ意味を拾い出そうとする姿勢を指しているならば、それは
誤解ですよ。
という意味では全くありません。

情報系の方にはぜひおぼえておいて欲しいことが、
生物の進化は場当たり的で、一貫性がなく、
ゲノムの中に全て同じルールが適用されていることは
ないと言うことです。「例外」が実は最も重要な
determinantであることもあります。

例えば、RNAエディティングを無視しては、
一部の遺伝子の発現は正しく認識できません。
もしあなたがゲノム解析をするとして、このような
遺伝子をどう扱いますか?

そういうメッセージです。
私から見ると、外在住情報系院生さんは未だ「汎用ルール」
を信じすぎているように思えます。

「間違える、エラーが出る可能性がある」ことを覚悟するだけではやはり不足で、
個別の知識を集約していくことしか現状では正しい理解に結びつく方法はありません。
そこが生物学の非常に特殊な一面で、それを果たしてどの程度具体的に
理解されているかどうかが疑問なわけです。

226 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 15:14
> バイオインフォで一般性を求めれば

要はここがポイントではないかと。

これは分子生物学者のコンセンサスではありませんが、
一般性を求めることは必ずしも生物学のテーマではないということです。

極論に聞こえますか?

227 :海外在住情報系院生:02/04/10 15:27
>>226
生物学で例外が多いのは承知しています。
私が「生物学者の知識」と書いたのはまさにそこです。
そういったものも含めてのシステム構築でなければ上手くいかない場合が
多い、だからこそ生物学を勉強してそれをフィードバックさせて行かなければ
だめなんじゃないか、と感じてます。

しかし、コンピュータは時に例外と思われていた現象に一般性を見つける
のに役立つ場合があります。果たしてどの程度が真にランダムな現象で、
どの程度まで一般性を発見することが出来るのかは分かりませんが、
分子生物学の根幹に「ドグマ」なんて言葉が使われているように(まあ、これも
大きな例外がありますが(藁))、かなり広い一般性を持ちうる部分がある
限り、一般性の追求もひとつの方向性としてはあっていいんじゃないかと思います。

228 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 15:29
>>227
貴殿の冷静な対応に頭が下がります。

229 :225,226=216:02/04/10 15:30
生物はそれ自体が複雑な境界条件を持った超並列(分子)計算機なわけです。
それを再構成して、1−数百のMPUで処理し直すというのもどうかとは思いませんか?

生体分子を使った超並列計算機を使って計算させること
=生物学実験、でもあるわけです。

どこまで計算機が進歩すれば細胞レベルの計算に追いつくでしょうか。
直感的にはかなり困難に思えます。

230 :海外在住情報系院生:02/04/10 15:36
>>225
貴方のおっしゃる「隠された情報は美しくない」というのはその通りだと思います。
でも、だからこそ美しくない羅列から学ばせる機械学習のアプローチなどが
用いられていると思うんです。しかしそういったクラシファイアーでは
扱いきれないほど統一性などが欠如している場合に「例外を発見」し、
それを実験の方にフィードバックする、という共生関係は成り立ちませんか?

231 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 15:40
>>227

>一般性の追求もひとつの方向性としてはあっていいんじゃないかと思います。

それはもちろんです(笑
一般性については、ある程度それがあることは当然ながら前提です。
そんなレベルの議論ではないでしょう。

また一般論に集約させようとしているようですが、
例外は全て同じではありません。一般論として今あなたが
述べていることを具体的にどう実装しますか?

私の論点は、ここの「例外事象」は非常に重要だと言うことです。
免疫グロブリンの体細胞組み替えはとりあえずどうでも良い問題ですか?
あるいはそれをどう実装しますか?

私の論点は、例外をどう取り入れるかが生物学を情報からアプローチするときに、
最も難しい問題になるということ、またそれは既知のデータだけから
では予測不可能なものが多いと言うことです。

例外が大事なのは分かっています、とおっしゃいましたが、
どう分かっていらっしゃるのか、疑問です。
生物学者はその扱いに答えを見いだしていないですから。

一般論を述べることは一見第三者的で公平に見えるかもしれませんが、
真に本質的な問題をそらすこともあります。
>>228さんは、ただの煽りの書き込みになりかねません。
具体的な意見を述べて下さい。

232 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 15:42
>>230

可能性だけを語るなら何でもあり得ます。
具体例が必要です。

将来的にそのような共生関係を持てることが望ましいわけですね。
そのためには、情報系の方はもっと生物の現状認識を厳しくしないと
その実現がかなわないのではないかというのが私の危惧です。

233 :231, 232=216:02/04/10 15:46
>統一性などが欠如している場合に「例外を発見」し、
それを実験の方にフィードバックする、という共生関係は成り立ちませんか?

それがバイオインフォの成果として私が最も楽しみにしていることです。
頑張って下さい。私もそれを目指しています。

234 :海外在住情報系院生:02/04/10 15:49
>>229
それはシミュレーションのことをおっしゃっているのですか?
はっきり言って、それはまだ早すぎると思います。
ただ、限定的な部分での解析には(ノイマン型コンピュータは)十分使い物になるツールだと思っています。

こちらもまだエンジニアリング的に実現が難しいのですが
(しかし、ラボレベルでは成功している)DNAコンピューティングとか
量子コンピューティングといったNPハードな問題もどうにか扱える
新しい計算パラダイムも出現しつつあります。DNAコンピューティングはまさに
その生体分子そのものを使って計算を行うもので、一番基本になる原理は
DNAの相補性です。そうなったときにはまた新たなブレイクスルーも出てくると
思いますね。

235 :216:02/04/10 15:54
>>234

単に比喩的な表現だと受け止めて下さい。

DNAコンピューティングを念頭に置いての発言です。

236 :216:02/04/10 16:03
そもそもの私の発言はここで不穏当な発言を繰り返す一部
の学生に対するものであったのですが、海外在住情報系院生さんの
ように前向きに考えていく姿勢があれば何かしらのブレークスルー
がやってくるでしょう。

生物学から学ぶことは想像以上に多いです。取捨選択というより、
今は全てを取り込むつもりでいないといけないかもしれません。
アンテナを張って、生物学から知識を吸収して下さい。
それなしでは自己満足に陥ってしまいます。

ウェットが俺達の言うことを聞かない、等との発言がだれかから
ありましたが、未だそういうレベルには達していないと言うこと
は認識すべきですよと言ったまでのことです。
(もちろん 海外在住情報系院生さんへではありません)

では。また後ほど時間ができれば戻ってきます。

237 :海外在住情報系院生:02/04/10 16:04
> またそれは既知のデータだけからでは予測不可能なものが多いと言うことです。

まさにこの部分です。>例外が大事
基本的に機械学習のアプローチは、トレーニングセットを与え、
それに基づいた判断(分類)を行います。このトレーニングセットが
既存のデータを用いている以上、大きく外れた特異点(=例外)には
上手く対処できないんです。

例えば、タンパク質二次構造予測における人工ニューラルネットは
PDBから引っ張ってきたデータでトレーニングします。だからこそ、
それがそのシステムの限界でもあるわけです。

238 :216:02/04/10 16:12
おお、また面白い話題が。

まさにそのトレーニングセットで得られる情報が問題であるわけです。
この点についてはもう議論する必要もないでしょう。

データベースに入っている既知のタンパクの種類と機能、構造は、
かなりバイアスがかかっています。すなわち、今までに研究されて
きた延長線をどうしても行ってしまうわけですね。

ブレークスルーは未知の現象から来ることもあるわけですから、
これには問題があります。

同様のことはゲノムからの遺伝子推定からも言えるわけです。
知っているものに近いものは分かるけれども、それ以外は分からない。

分からないものに切り込むときに、大まかな指針を与える
情報系の仕事が、実は実験系には一番重要なわけですから、
そういうクライテリアをうち立てていくことも大事だということは
先におっしゃられたとおりです。

239 :216:02/04/10 16:14
個々の遺伝子機能はユニークなわけで、そのユニークな機能を
予測することができれば一番役に立つわけですが。

「全てのホメオドメインの機能は同じ」というのではちょっと・・

240 :216:02/04/10 16:15
ホメオドメインといえば、natureに非常にいい仕事が出ていましたね。

241 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 17:40
バイオインフォマティクスとシステムバイオロジーは
別物ですか?それともどちらかがどちらかに含まれるような
関係ですか?

242 :143:02/04/10 19:34
「広義のbioinformatics」が並列であるところの
「狭義のbioinformatics」と「system biology」を
包含している。

243 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 20:52
わけわかめ
それにしても今日は日中のカキコがすごかったのね。
みんな仕事中じゃねえの?



244 :212:02/04/11 02:15
>>224
情報系院生さん、本を紹介してくださってありがとうございます。
もっとも先述したように、僕は統計学から、きちんとやらないといけませんが。。。

生物はどのように勉強されているのですか?
ご承知とは思いますが、216さんが言われるように、
網羅的に取り組む必要があると思われます。
範囲が広いですから
それに、たとえば、蛋白質の立体構造予測、なんてのも、
最低限の物理化学の知識も必要になりますし。。
テキストその他アドバイスできることがあれば、聞いてください。
僕がわからなくても、ここにいらっしゃる人でわかる人がいるでしょうし。

ちなみに僕は、在米生物系院生、です。

245 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/11 02:22
別に順番なんて関係ないよ。
統計学をやるべきなのは確かだけど、
必要な前提知識というわけじゃない。
とにかく、興味を持てるところで、
できるところからやっていくのが良い。

246 :212:02/04/11 02:52
ご助言ありがとうございます。
実は、興味を持った分野で、人に薦められた本を読んだところ、
統計学の知識が必要だったから、統計学をやる必要性を感じてる、
と、そういうわけであります。
フィジカルサイエンスの弱い院生ですので、基礎からゆるりとやろうかな
と思うとります。


247 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/11 02:59
>>243
春の厨房シーズンだと言うことでしょう。
だから、一々まともに受け止めちゃあ、だめyo

248 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/11 04:48
>>247
もしかして頭悪い?

249 :本スレ黄金パタン:02/04/11 07:25
>>
お前ガナー


250 :海外在住情報系院生:02/04/11 08:53
昨日はコーディングの合間に、と思いつつ書き込みすぎた(藁
日本語使えるマシンでプログラミングしちゃだめだなこりゃ

>>244
さて、生物学ですが、やはり基本的にクラスを取らせてもらってやってます。
ただ、時間もそんなに無いので、Molecular Bio, Genetics辺りのみですが。
後は自分でおいおい本を読んでいくしかないです。先端部分はセミナーに出て
面白そうな部分を拾い読み、といった感じですね。

生物系の本棚はまだまだ貧弱なのですが、
Introduction to Protein Structure
The Cell 3rd ed.
Molecular Cell Biology (Lodish)
Genomes
An Introduction to Genetic Analysis
この辺を教科書的に使ってます。この辺りは日本でもポピュラーなんでしょうか?
あと、さらにGene Regulation Network、そして物理化学辺りをもうちょっと読むのにお薦めな本などありますか?

それから、院レベルの統計学は定義、証明がギチギチに詰まってると思うので、
本当によく使われるDistributionなどをツールとして使いこなせるように
本を拾い読みするのもアリだと思います。

後はもう使われてるかもしれませんが、S-Plus, MATLABはこういったものの勉強にも
役立つ良いツールです。

>>241
年末に日本でシステムバイオロジーの本を一冊買ってきましたが、
読んでる限りでは、どちらかがどちらかのスーパーセット、といった包含関係では
ないような印象を受けます。生命を理解するために、一つのシステムとして
の生命という視点からモデリングを行い、シミュレーション、そして解析
といった野心的な試みのようですが、著者自身も認めているように
実験技術、そしてその結果としてのデータが絶対的に不足している
というのが現状のようです。(読んでる限りでは、20年後ぐらいに
散々叩かれている"e-cell"みたいなものを完成させたいようです。
この20年という時間が妥当かどうかは私には判断しかねます。)

北野氏は物凄く野心的なキーワードをポンポン出すので、かなり叩かれる事も
多いようですが、あの何でも貪欲に取り込もうとするエネルギーは見習いたいです。

251 :212:02/04/11 09:56
>250
あげられたテキストはスタンダードな良著ばかりだと思います。
がんばって全部読んでください。特に細胞生物学の2冊は広範囲をカバーしていますから
これらだけで、ずいぶんと役立つと思います。
一応生物専攻の立場から言えば、お持ちのテキストで、
十分すぎるほど、と言っていいと思います。
テキストをこれ以上増やすメリットはあまりないと思います。
生物系でも、全部きっちりと理解して覚えている人間は、
そんなに多くはないと思います。
ですから、お手持ちのテキストを熟読されることをお薦めします。

物理化学は、The CellやMCBにある内容をひとまずおさえてもらって、
本格的なのは、先まわしにしてかまわないと思います。

言い忘れましたが、一冊だけ、
キャンベルなり、LIFEなりの、一般生物学のテキストを
購入されるとよいと思います。
分子生物学と遺伝学以外の知識も必要になる場合があるでしょうから。

では、がんばってください。

252 :海外在住情報系院生:02/04/11 22:27
おはようございます。
>>251
お返事ありがとうございます。
そうですね。言われてみれば一般生物学のまともな本を持ってませんでした。
もしよろしければその二冊の正式な書名を教えていただけますか?

あと、MCBはまだ未消化の部分も結構あるので、時間が自由になる来月から
また取り組んでみたいと思います。

253 :212:02/04/11 23:47
>>252
こんにちわ。
Biology
by Neil A. Campbell, Jane B. Reece
Benjamin/Cummings
0805366245
Life : The Science of Biology
by William K. Purves (Editor), Gordon H. Orians, H. Heller, David E. Sadava
W H Freeman & Co.
0716738732
です。うちの大学では、前者を使ってます。
僕は後者を利用してます(TA等で)。
どちらも非常によくまとまったテキストです。

ちょっと話題がスレ違いになってしまったので、このあたりで。
皆様失礼いたしました。



254 :143:02/04/12 12:05
LewinのGenes 「遺伝子」第4版日本語版新訳でましたね。
いままでprokaryote中心だったのが真核にかなりのウェイト
を裂くようになりましたね。まだ少ししか読んでいないですけれど
すごくよいと思いました。
SEの私にはありがたいです。
あとTAブラウンのゲノムの日本語版もわかりやすいです。


255 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/12 15:37
教えてください。
生物でなく化学の分野かもしれませんが、
量子化学でタンパク質のような高分子レベルまで記述してある
本をご存知ないですか?
そういう仕事(構造シミュレーション)に異動になったので
勉強したいんだけど。

256 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/12 16:23
linux上で動くab initio(?)の蛋白質立体構造予測プログラムを
探しています。試しに動かしてみたい、程度なのですがいいソフトは
ありますでしょうか?

257 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/12 16:31
こんなのあるよ。フリー。
HPの中探せばどっかあるんじゃないかな。
http://genamics.com/software/index.htm

258 : :02/04/12 16:33
三人の女が映ってるんだが
誰がかわいいかお前ら答えてみれ
http://www.zakzak.co.jp/midnight/gal/2002_04/g_20020412-b.html


259 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/12 21:19
>257
genamics社のリンクがこんなに充実してるとは。。。盲点でした
ありがとう!。

260 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/13 11:40
>>258
三人ともナシ


261 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/13 12:18
>>254
第四版ですか?
確か、第六版まで出ていたと思いましたが。

262 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/13 12:54
>257
探したけれども、2次構造予測はありましたが3次構造・topologyシミュレーションは
ありませんでした。


263 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/13 17:30
ある配列のトポロジーを予測するソフトで
Linux用のバイナリ―かソースコードが入手可能なものを探しております。
いろいろtuneして、野望は学内の勉強会からのCASP参戦。データベース
的なアプローチはとらずに、simulationで正面突破したいです。
いいソフトあったら教えてください。

264 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/14 17:30
(・∀・)イイ!

http://itoshi.tv/Linux/index.html

http://www.mahorex.com/wiki/yukiwiki.cgi?[[4C428376838D83578346834E8367]]


265 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/14 17:37
(・∀・)イイ!

http://www.geocities.co.jp/Technopolis/7075/

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