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◆MAPK pathway◆

1 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 01:26
様々な生物にあってしかも一つの細胞にいくつも
異なる応答に関与するpathwayがあるにもかかわらず
上手く制御されているのはどうしてですか?

厨房にも分かるように教えて下さい。



2 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 02:49
私もかねがね不思議に思っています。
私は学部二年ですが、リン酸カスケードってどうしてあんなにあるのに
こんがらがったりしないの??
誰か情報伝達を研究されている方、教えてください。。

3 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 02:52
私もかねがね不思議に思っています。

4 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 02:52
教えてください。

5 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 02:53
俺にも教えてくれ。

6 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 02:54
教えてクレー。

7 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 03:15
http://www.biocreations.com/animations/_portfolio/MAPK.html

これがお薦めじゃw

8 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 03:39
>>7
おもろい♪笑った。

9 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 04:25
つうか、細胞内シグナル伝達の研究の98%がデマだと思う。特にセルライン
に細胞内蛋白のほとんどそれになっちゃうくらいオーバーエクスプレスさせて
実験してるやつはほとんど嘘。生理条件を完全無視しとる。

10 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 04:32
ところでみなさんの好きなリン酸化カスケードは何ですか?

私はATM/AKR→chk→cdc25→cdc2→いろいろ
とか、TGFβ→Smad
が好きです。
Wnt経路も好きです。
発生とか細胞周期が好きなんです。

リン酸化カスケードがたくさんあるのにうまいこといく理由は
おそらくそのキナーゼやフォスファターゼの立体構造に
鍵があるのではないでしょうか?

1さんや2さんへの答えにはなりませんが
Cdk2が不活性化状態から活性化状態へと移行する際の
立体構造の変化についての研究はかなりおもしろいです。
“The Molecular Basis of Cell Cycle and Growth Control”
という本に書いてありました。

11 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 04:40
>10
僕は
円楽>トンペイ>うたまる>円楽>山だたかお>きくぞう
カスケードがいい。

12 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 05:04
>>9
 激しく同意なんだが、生理的条件に拘った地道な細胞生理の研究より
そういう研究の方が論文通りやすいんだよな。

13 :円楽死傷:02/03/04 05:25
おーいヤマダ君、11の座布団全部とってくれい!

14 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 05:39
むひゃひゃ。このスレ、おもろ過ぎ。
根底となるような問題を表に出している。

基本的に、生化学での解糖系のフォーマットの踏襲でしょう。
しかし、遺伝子云々ということで、細胞外のシグナルから転写までを
つなげる概念としては、有効だし、ほとんど唯一でしょう。
(例外は、ステロイド系のレセプターぐらいか)

生理条件にこだわるのであれば、少ししゃれた系をつくれば、
それなりに面白いかと思うけど。ほとんど、眼にしないね。
したとしても、MAPK系の活性化とかいって、面白くなくなるし。


15 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 06:50
なんか最近何を持ってMAPKファミリーといってるのかわからん。橋田寿賀子
ファミリーみたいに分かりやすけりゃいいけど、ある新種のキナーぜ見つけ
たら、発見者がMAPKファミリーだ!と思えば、そうだし、そうじゃなきゃ、
違う名前がついてくるってだけでしょう。そもそも最近MAPKっていわれテル
モのも純粋にmitogenに関するだけじゃないわけでしょ?もうMAPKファミリー
はいらないよ。俺、きらい。

16 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 07:38
>12
そう思う方、昆虫の分野はいかがでしょう?
脚光を浴びることはなくとも、地道に安心して
研究できます。
合い言葉は
「それって生理的条件にそってる?」
「生理的濃度じゃないでしょ?」

17 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 08:31
最近はDrosophilaの論文でも、眼や翅にoverexpressさせて解析してる
のが多いので、生理的条件を無視してる傾向が強くなってるように思い
ますが。

18 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 08:56
>>15

10年以上前からMAPKに関わってきた専門家としてコメントすると。。

MAPKファミリーとして確立しているのはERK、JNK、p38の3つです。
1)ThrとTyrの両方のリン酸化によって活性化する。
2)MAPKKK→MAPKK→MAPKの3つが同定されている。
ことが条件になります。
その他は1次構造上のhomologyが認められるだけで、MAPKファミリーとは
言えないと思います。superfamilyという表現がありますが、適切かどうか
微妙だと思います。

mitogen-activated protein kinaseという名前は歴史的経緯から「やむを
得ず」確立してしまったところがあります。80年代後半に発見された時は
MAP2 (microtuble-associated protein 2) kinaseと呼ばれていたのですが、
それではあたかもMAP2だけを生理的基質にする「つまらない」kinaseとみなされる
可能性があったので、MAP2の2を取ってMAPという略称が先にあり、それに合わせるためにmitogenを使うことになった訳です。



19 :ごり:02/03/04 09:16
>18
いるんですよ。昔からMAPKやってるっていうひと。ERK, JNK, p38とかいうけど、
その中にも色々出てくるでしょう?ERKなんて1やら2やら5やらと。んでもって、
上のほう行くとASK1とかTAKとかとかそんなのまでみんなMAPKKKKKKKKKKKKKKKKKみたいに
Kつけまくってるんだよね。だいたい昔からN田研とかでやってる人は物事みんなMAPK
にしすぎ。絶対怪しい。違う名前でもいいジャン。N田さんは認めるけど、その下にくっ
ついてる信者はいただけないやつが多い。

20 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 09:25
>>9

> つうか、細胞内シグナル伝達の研究の98%がデマだと思う。特にセルライン
> に細胞内蛋白のほとんどそれになっちゃうくらいオーバーエクスプレスさせて
> 実験してるやつはほとんど嘘。生理条件を完全無視しとる。

98%という数字の根拠は不明ですが、ちょっとオーバーでしょう。
細胞内シグナル伝達の研究者にとって最も重要なのは、「デマ」かどうかを嗅ぎ分ける嗅覚だと
思います。他のモデル生物の遺伝学的知見と噛み合うか、そのデータの再現性はあるか(論文発表
したラボ内でも再現不能という噂が入ってくることもある)なども参考になります。
細胞内だけでなく、人間の間のシグナル伝達にも通じてないと、生き残れない世界ですね。

セルラインでの実験は、個体を扱う発生屋さんから見れば、セルラインにした時点で生理的条件にある細胞
とはみなされないそうです。

基本的に、overexpressionによって得られたデータそのものは嘘ではないので(解釈に間違いがある
可能性はあるけど)、それを参考にして、より生理的な実験系を考えていけばいいと思います。





21 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 09:40
>20
解釈の間違いとそれをかぎ分ける嗅覚が大事という意見に
激しく同意します。
実験生物学者としてありがちなことは、解釈を「より論文
をとおりやすくする」「修論博論をまとめやすくするように
柔軟に解釈する」ことが横行し、あとで統一的な全体の流れを
みるとどんどん矛盾がたまってくるようなことが多いとおもいま
す。

22 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 09:56
>>19

> いるんですよ。昔からMAPKやってるっていうひと。

うーん、本質的でないところに噛み付かれても困るんだけど。MAPKが無名のころからやってる日本人は
10人もいないはずです。当方シグナルの一流研究室では知名度がありますが、2chの方々に認められたい
とは思ってませんので。


> その中にも色々出てくるでしょう?ERKなんて1やら2やら5やらと。

ERK1とERK2はisoform、ERK5は別のpathwayを構成します。ERK3とERK4はMAPK pathwayには入りません。
JNKとp38は-1,-2,-3とかalpha, betaなどありますが全てisoformです。


> 上のほう行くとASK1とかTAKとかとかそんなのまでみんなMAPKKKKKKKKKKKKKKKKKみたいに
> Kつけまくってるんだよね。

MAPKKKまでが最高です。たまにSte20/PAKあたりをMAPKKKKとしている総説を見かけますが、これらが本当に
MAPKKKをdirectにリン酸化して活性化するという明確なデータはありません。最近のTRAF6のK63を介した
ユビキチン化によるTAK1の活性化の論文はMAPKKKの活性化機構を考える上で非常に面白いと思います。


>だいたい昔からN田研とかでやってる人は物事みんなMAPKにしすぎ。絶対怪しい。違う名前でもいいジャン。

昔からN田研にいたメンバーで、今でもMAPKを研究してるのは、G籐先生を入れても2人しかいません。
何かN田研に恨みでもあるのかな。

23 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 10:29
>>2

> 私は学部二年ですが、リン酸カスケードってどうしてあんなにあるのに
> こんがらがったりしないの??

1つのモデルとしてscaffolding蛋白質の存在があげられます。
特定のMAPK pathwayに属するMAPK、MAPKK、MAPKKK全てに結合することにより、そこを足場として
リン酸化カスケードが「こんがらがらない」ように進行する、という考えです。
PMID: 11818078
が最近の総説としてお勧めです。

あと、少し話がずれるかも知れませんが、MAPKKとMAPKは単に酵素と基質として相互作用するだけでなく、別の部位で
dockingすることが知られています。このdockingが細胞内での効率的な反応を促進し、さらには「こんがらがる」
のを防いでいる可能性もあります。MAPKKのN末端にある塩基性アミノ酸のクラスターとMAPKの酸性アミノ酸の
クラスターがdockingする訳ですが、あの炭疽菌の毒素はMAPKKのこのN末端を切断することで毒性を発揮します。

24 :マッタン:02/03/04 11:12
初心者なので、くだらない質問かもしれませんがよろしくお願いします。

MAP経路を活性化させる大元の原因はなんですか。
また、p38の役割はなんですか??



25 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 11:12
>19
>N田さんは認めるけど、その下にくっついてる信者はいただけないやつが多い。

そうは言うけど、N田研出身者の有名研究室への就職率はすごい。
助手だと灯台医、鏡台医、KO医、灯台分生研(A山さん)、名大理(M本さん)など、、、
N田さんの力も確かだけど、学生の優秀さも確か(その生意気さが反感を買ってるようだが)。
T市、Y田先生が退官寸前なので、生命科学研究科ではダントツで入るのが難しいそうな。

26 :>25:02/03/04 22:43
MAPKごときに魅力を感じるようでは
京大生も落ちたものじゃ。
おわりだね。

27 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 23:03
>26

分かってないなー。
京大生を甘くみてるようだが、MAPKに魅力を感じているからN田研に
人気がある訳ではないのだよ。(ちなみに自分は京大生ではありません)


今後はこのスレの主旨にそって、初心者にもわかりやすいよう、MAPK pathwayや
その他のリン酸化カスケードについての学術的な議論の場にしませんか。

28 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 23:05
>>27さんに同意。

29 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/04 23:50
>>23
ありがとうございます。2のものです。
23さんがおっしゃる話では、それはリン酸カスケードには常に
シャペロンみたいなのがついて回っていて、
そのためにこんがらがることなくリン酸化のシグナルが伝わるということで
解釈してもよいのでしょうか??

あと、炭素菌の毒性とうのもは、MAPKとドッキングすることで制御されている、
換言するならばMAPKに解毒作用のようなものがあるのでしょうか??

30 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/05 00:15
「こんがらがる」の定義にもよるが、一過的には合目的的でないように
思える反応も起こっているみたいです。どこかに神様がいて、この経路
はこの反応、あの経路はあの反応という風にデザインした訳ではないの
で当然といえば当然ですが、全体としてまったりとふさわしい反応が起
こる、ってのが実情のようです。

31 :?2?e`:02/03/05 00:40
だからMAPKはいいから、スズキ胸尾さんのこと教えてよ。あれだって、
魅力的なカスケードだと思うよ。
旨尾>砂糖(主任分析感)>旨尾(活性化型)ぐおらーーー>シゲイ
絵>小町>田仲牧子>小町>しげいえ>旨尾>。。。。


32 :?2?e`:02/03/05 00:41
たびたびすみません。
どうしても、スズキ旨尾あたりのシグナルカスケード知りたい。
わかりやすく、お願いします。

33 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/05 01:37
>>30さん。その一過的に起こっている反応について
解説しているpaperか本があれば教えてください。

34 :23:02/03/05 04:26
>>29

> それはリン酸カスケードには常に
> シャペロンみたいなのがついて回っていて、
> そのためにこんがらがることなくリン酸化のシグナルが伝わるということで
> 解釈してもよいのでしょうか??

シャペロンという言葉は適切でないです。シャペロンとはタンパク質の正しいfoldingを
助ける分子のことです。scaffolding蛋白質は複数のキナーゼと結合し、そのリン酸化反応の
「足場」となる分子のことです。

また、リン酸化カスケードに常にscaffolding蛋白質があるかどうかは疑問だと思います。
酵母でSte5というSte11 (MAPKKK), Ste7 (MAPKK), Fus3/Kss1 (MAPK)全てと結合する
分子が同定されていて、遺伝学的にもSte5が他のMAPK pathwayと「こんがらがる」のを
防いでいることが明らかになっています。哺乳類にも幾つかscaffolding蛋白質の報告がありますが、
本当に「こんがらがる」のを防いでいるかどうかは、遺伝学が困難な系ですので証明はされていないと
思います。

> あと、炭素菌の毒性とうのもは、MAPKとドッキングすることで制御されている、
> 換言するならばMAPKに解毒作用のようなものがあるのでしょうか??

いえ、通常のMAPK pathwayの活性化において、MAPKKのN末端とMAPKのdockingが効率的な
MAPKの活性化に重要だと考えられています。
炭疽菌のlethal factorはMAPKKのN末端を除去してしまうので、MAPKとdockingできなくなり、
従って、正常なMAPKの活性化が起こらなくなると考えられます。MAPKの生理的重要性を考えれば、
MAPKがちゃんと活性化できなくなった場合、致死的になるのは容易に想像できると思います。

35 :23:02/03/05 04:40
>>30
> 「こんがらがる」の定義にもよるが、一過的には合目的的でないように
> 思える反応も起こっているみたいです。

私もその例についての論文に興味があります。是非教えて下さい。

少しずれた話になるかも知れませんが、MEKKというMAPKKKの同定の論文は
cell lineにoverexpressさせた実験系での解釈の誤りにより、不適切な
名前がついた例です。当初はMEK→ERK1,2の上流にいるのではないかという
ことでMEKK (MEK kinase)と命名された訳ですが、その後の解析により、
MKK4→JNK or p38の上流にいることが分かりました。MEKKをoverexpress
させてしまうと生理的基質でないMEKもリン酸化、活性化するようです。

やはりoverexpressionの実験系には注意が必要ですね。


36 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/06 00:28
リン酸カスケードって例えばMAPKKKにリン酸化されて
活性化したMAPKKはその受け取ったリン酸をMAPKに
渡すんですか?

もし違うとしたら不活性化はどのように起こるのですか?

37 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/07 01:48
ここの話はさっぱりわからん。
細胞内シグナルの論文ってバンドばかりで、よくわからない。
っていうか、バンドばかりのfigureって再現性あるの?詳しいひと教えてヨ。

38 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/07 02:04
>>36
例えば MAPK の場合は、特異的なホスファターゼが存在して、
リン酸化されたMAPKを脱リン酸化することによって不活性化します。
MAPKKKとかMAPKKの場合はどうだか、私は知りません。
ホスファターゼがあるのかもしれないし、なにか阻害因子が結合するのかも
しれないし、キナーゼが分解されるのかもしれない。誰かおしえて〜

39 :ごり:02/03/07 02:14
>37
同感。バンドより、やっぱコンフォーカルのカラフル写真がいいよな
あ!表紙にもなりうるし。

40 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/07 02:19
APPの細胞室ドメインにくっつくJIP-1はどうよ?
またあのラボからだが。

41 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/07 02:22
バンドが表紙になった雑誌きぼん

42 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/07 02:36
>>39

> 同感。バンドより、やっぱコンフォーカルのカラフル写真がいいよな
> あ!

再現性に関しては、バンドの方があります(バンドにも色々あるけど)。
免疫染色の写真とかだと、都合のいい視野をデータにする傾向があるので、
疑惑のデータが存在しますね。特にコンフォーカルはRGBそれぞれを
Photoshopでいじれるし。

43 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/08 20:32
>>30さん、そうおっしゃる根拠を教えて下さい。

44 :Sage:02/03/09 01:48
シグナル伝達経路がこんがらがらない(?)理由って
簡単に言ったらタンパク質(酵素)の基質特異性でしょ。

45 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/09 12:50
そんなに単純じゃないでしょ。
A酵素はBとCを基質とする。BとCはそれぞれ異なる
刺激に対するcellular responseの経路にあるタンパク質。
A酵素は刺激によって基質とする相手をBとC区別している
ことになる。ではこのメカニズムは?ってことだから。

46 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/11 13:20
WNTもえー。

47 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/14 22:08
新発見!!MAPKの概念を根底から覆します!!
1年後くらいのCNSをお楽しみに!!

48 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/15 00:02
N田研からJBCに出たMLTKってあれなに?

49 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/15 00:06
a novel MAP kinase kinase kinaseですがなにか?

50 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/15 01:11
MLK、ZAKとどう違うの?

51 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/15 08:54
そんなもん自分で勉強しなさい。

52 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/15 20:33
このスレは厨房にも分かるように説明する
優しいスレを目指しているのでそう言わずに
教えてあげて下さい。

53 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/16 00:18
MLTKまで初心者が分かろうとしたら頭の中がこんがらがるので、
やめといた方がいいです。
シグナル伝達に詳しい人なら、多数のMAPKKKの中での特徴を知るには
やはり原著論文をよく読むべきです。

54 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/16 01:55
そこを分かるように説明できるのが本当にデキる奴だと思われ

55 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/17 19:25
原著は見たんだよ。
でも、MLTKとZAK,MLKって同じタンパクじゃん。



56 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/17 20:47
ということはMpk1/Slt2と同じ意味ってことだろーよ。

57 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/17 22:14
>>55
おいおい、ほんとに原著を読んだのかい?

58 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/17 22:33
ということは全く違うものってことだろーよ。

59 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/17 23:54
>>31
> だからMAPKはいいから、スズキ胸尾さんのこと教えてよ。あれだって、
> 魅力的なカスケードだと思うよ。

では、MAPKとスズキ胸尾のクロストークについて。

「北方領土不要論」という禁句のために自己分解した胸尾だが、それを言わせた
当時欧亜局参事官(現経済協力局長)は、MAPKのN田先生のお兄さんです。

60 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/18 00:38
on lineで入手可能な原著論文でおすすめは何ですか?

61 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/18 22:13
すこし横レス気味で申し訳ないですが。
フォスファターゼについて質問させてください。
ある細胞にオカダ酸を作用させて、フォスファターゼがその現象に関与して
いることまで証明できたと仮定してください。そこから具体的にどの分子が
その活性を担っているのかを知りたいのですが、どのようなアプローチが
考えられるでしょうか?培養系での話ですので、自由度はかなり広く、いか
なる方法でも考慮したいのですが・・・
よろしくお願いいたします。

62 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/18 23:33
MLTKとZAK,MLKは全く相同です。
それをnovel MAPKKKと呼べるのかよ。
違いをわかるように教えてくれよ。

63 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/19 00:15
>>62
くどいね。
何をそんなにこだわってるんだ。
違いをいくら説明しても、「その程度でnovelと言えるか」
と文句を言われるに決まってるんだから、誰も教えてくれないよ。
N田さんに直接聞いてみたら。

64 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/19 00:36
説明できないなら答えなくていいよ。
わからないんだろ、あんたも。
なんで同じタンパクが別の名前でのってるのかと。

ZAKを見つけたチームにいたんだよ。

65 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/19 01:01
>>64
> ZAKを見つけたチームにいたんだよ。

そんなことだろうと思ってたよ。君、台湾人?
BBRCのcloning paperなんて、MAPKの世界では吹き飛ぶということだよ。
ZAKなんて名前は絶対残らないよ。御愁傷さま。

MAPKの世界では同一分子に複数の名前がつくのは日常茶飯事。
現在p38に収束している分子に、一時は何種の名前がついてたか知ってる?

66 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/19 01:22
そう言えば、p38のScienceでの発表とほぼ同時期にNature Articleでも
別の名前で載ってたなあ。今では忘れられた名前。
それに比べれば、MLTKとZAkなんて、目クソ耳クソ。

67 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/19 01:45
だってだれもMLTKっていてないじゃん。

68 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/19 10:03
君がいまMLTKっていってる(書いてる)じゃないか。
僕も今いったけど。
少なくとも計2人。

69 :DQNがくせい:02/03/19 10:13
c-fosやc-junを基質とするMAPKの名前、どなたか知りません?
できれば、ソース(論文)も添えて。
ERK1/2かな?


70 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/19 10:21
>69
CSLのカタログ見れ

71 :DQNがくせい:02/03/19 10:38
訂正
c-fosを基質とするMAPKの名前に。
c-junはいいっす。お恥ずかしい・・

72 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/20 23:33
>>63
オイオイ、同じタンパク質に違う名前が付いてるのに、違いがあるはず無かろ
う。65で慌ててフォローしたって遅いぞ。

73 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/20 23:59
CKII

74 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 00:01
>>47 CNSの概念を根底からひっくり返さないようにな。

75 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 00:33
シャア専用ZAKとかないの?

76 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 00:59
赤いのか?

77 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 08:24
>>72
では簡単に。
文句ばっかり言ってないで、少しは勉強してくれよ。

MLTKにはalphaとbetaがあって、片方がZAKと同一。
alphaとbetaの機能の違いはJBCを読んでくれ。
MLKsとはhomologyが他のMAPKKKより高いという程度で、同一ではない。

もうMLTKの話は終了にしょうよ。
今のところ、そんなに重要な分子とは思われてないんだから。

78 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 09:17
点変移のせいで、活性が150%ー200%
ただし安定性は悪い?


79 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 22:41
MAPKKじゃなくて、MAPK自体のconstitutive active mutantってデザインできる
んでしょうか?

80 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/21 23:42
>>79酵素だから簡単だよ。でもLethalになる。

81 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 00:10
あれ?そうなんですか?例えばどの残基をどう変えれば活性化するんで
しょうか?MAPKKなら被リン酸化部位を酸性アミノ酸に置換しますよね。
さらに、なぜ例えばERK2の活性化型でlethalになるんですか?

82 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 00:59
48からのやりとりは
実は専門にしてる奴が厨をよそおった質問をしたのが悪いのか。
その質問にこのスレの趣旨を分かってない奴が
適切とはおもえないレスをしたのが悪いのか。

83 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 01:26
>>68=71
は勉強足りなくない?学部生かい?
要するにc-fosのexpressionをregulateするMap Kinaseは何か聞きたいんで
しょ?それはERK1/2でよし。ERK1/2がEts-binding proteinの何かと結合して、
そいつをリン酸化して、リン酸化されたそいつが何やら転写因子を掻き集めてc-fosをactivateする。そのEts-binding proteinの候補がElk-1,Sap1a,
Sap2/ERP/Net。この辺のスペシフィシティーはいまいちわかってないけど、多分Elk-1がメイン。

この系統の話に強いのはトレースマンとかシャーロックとかかね。
(スペルくらいは自分で調べてね)

>>79,80,81
ERK1/2のconstitutive active formは今のところ存在してないと思う。
代用としてERK2-MEK1 fusion がある。論文はCobbとかで検索してみて。

久々マジレスしたぞ(藁

84 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 11:55
>>83
僕の知識と少し違うので以下に記します。転写の方はあまり専門でないので、
僕の方が間違ってるかも知れません。

c-fosのpromoter上にはSRE (serum response element)があって、そこにERK1/2
によってリン酸化されたEts-domain(bindingではないと思う) proteinである
Elk-1などとSRF (serum response factor)が複合体を形成して結合する。
その結果c-Fosが発現する。

> この系統の話に強いのはトレースマンとかシャーロックとかかね。
> (スペルくらいは自分で調べてね)

この分野でpriorityがあるのはやはりR. Treismanでしょう。少し古いですが、
Curr Opin Cell Biol. 1996 Apr;8(2):205-15.
が総説としてお勧めです。

> ERK1/2のconstitutive active formは今のところ存在してないと思う。
> 代用としてERK2-MEK1 fusion がある。論文はCobbとかで検索してみて。

ERK2-MEK1 fusionでconstitutive activeにしているのは西田研の方だと思います。
Biochim Biophys Acta. 1999 Sep 21;1451(2-3):334-42.
PMID: 10556587

M. H. Cobbの方はE. coliに2-plasmid bacterial expressionでactive MEK1とERK1を
共発現させることで活性型のMAPKを得ています。
J Biol Chem. 1997 Apr 25;272(17):11057-62.
PMID: 9110999

を参考にして下さい。

85 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 20:36
>>84
よう知っとるやん。
もっと正確にいうとElk-1にはDNA binding domainとSRF binding domainと
Activation domainがある。だからElk-1は直接c-fosのpromoterにつくよ。
c-fosのSREのちょっと上流にEts-binding siteがある(Ets domainは
タンパク側だった、鬱)。で、SRFとコンプレックスをつくって転写活性化する
からElk-1,Sap1a,Sap2/ERP/NetはTCFs(Ternary complex factors)と呼ばれる。

>ERK2-MEK1 fusionでconstitutive activeにしているのは西田研の方だと思います。
Biochim Biophys Acta. 1999 Sep 21;1451(2-3):334-42.
PMID: 10556587

それだったらCobb方が早いよ。Cobbの肩持ってもしょーがないけどさ。
Robinson MJ, Stippec SA, Goldsmith E, White MA, Cobb MH. Related Articles
A constitutively active and nuclear form of the MAP kinase ERK2 is sufficient for neurite outgrowth and cell transformation.
Curr Biol. 1998 Oct 22;8(21):1141-50.
PMID: 9799732

86 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 21:03
83-85の中で誰が一番IFの高い論文をもってるでしょうか?
自分の論文紹介したらすごいよな

87 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 22:02
>>86
まあ待ってな。今にオレが出すから。
そのネタ書きたくて仕方ないんだけど、
ここで書いたらアウチだからな(藁。

88 :86:02/03/22 22:10
>>87
おっ!Cell級ですか?それともNature級?

89 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 22:26
>>88
君はこんなとこで人を茶化してないで、
勉強してウンチク語れるようになって下さい。

cnsには届かんと思うが、その下くらいには出せるだろう。

90 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 22:28
89の言う通り。このスレはウンチク語れる奴が
厨房に分かりやすく説明するスレ。

ただし、ここまで見る限りやや難易度高め。

91 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 22:42
>>84
>M. H. Cobbの方はE. coliに2-plasmid bacterial expressionでactive MEK1とERK1を
共発現させることで活性型のMAPKを得ています。
J Biol Chem. 1997 Apr 25;272(17):11057-62.
PMID: 9110999

これが今市販されてるActivated MAPKってやつだね。

92 :茶化してます:02/03/22 22:50
>>89
っていうか、ここに大層書き込んでいるあなたも、そうとう暇では?
CNSの一つ下ってことはモルセルあたりですか?
あまり人をばかにしないほうがいいかも。

93 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 02:50
>>92
ばかだね君は。>>85は昼飯食い終わって食後のコーヒーでマターリしながら
書いてたの。いま培養終わって次にとりかかるとこ。意味分かるよね?

君は横で先輩がサイエンスの話してるのを盗み聞きして、自分の糧にしない
の?「先輩はセル何報持ってるんですか?」とか聞いて話を中断させるのが
趣味なの?
大学何年生か知らんけど、もっと表面的には謙虚にならんと損するよ。
ま、俺は御希望に答えてもう一切MAPKの話はしないけどね。

94 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 03:26
>>93さま、

84の者です。ついでに20, 23, 34, 35, 53も私の書き込みです。
専門の方による真面目な書き込みが少ないので、そう言わずにこのスレを無視しないで下さい。
初めてまともな議論ができて嬉しく思っていますので。

95 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 08:26
>93
藁。お前こそ大学院の何年だよ。
もうこの板に来るんじゃねえ。



96 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 08:39
あのー、MAPK pathwayを中心としたシグナル伝達に関する文献は極めて
多く、全てをフォローするのは大変だと思います。特に他のシグナルとの
クロストークとなると、相当な知識と理解が必要になります。

このスレを有益な情報交換の場とするべく、最低限の礼儀ある文章で議論
するようにしませんか。「タンパク質の精製」なみの優良スレを目指しましょう。

皆様のご協力をお願いします。

97 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 15:24
>>96がいいこと言った!!

俺も協力します!!

98 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 16:29
今度修士になる者ですがまずこれ読むといいよというのが
あれば教えてください。よろしくです。

99 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 18:59
かなり若い方なので、日本語総説がいいと思います。
1)生化学 66, 232-243 (1994)
 歴史的経緯を踏まえて分かりやすく西田先生自身が執筆しています。
2)細胞工学 13 (6), 1994
 JNK, p38が発見される前までの総説として適しています。
3)実験医学 14 (19), 1996
 JNK, p38が登場してます。名前が混乱してるので正確に覚える必要は
 ないと思います。
4)実験医学 17 (2), 1999
 比較的新しい総説としてお勧めです。少し難しいかも知れません。

図書館には全てあると思います。
1)は読んだ方がいいと思います。あとは手に取って読むかどうか判断したら
いいでしょう。



100 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 19:13
多くの(というか殆どの)抗体メーカーが
anti-active ERK Ab
anti-active JNK Ab
anti-active p38 Ab

を販売していますが、どこのメーカーのが優れていると思いますか?
ERKについては、Sigmaのmouse monoclonal Abがいいように思うのですが。
Western, 免疫染色等でのデータを得ている方がいたら教えて下さい。

101 :98:02/03/23 19:47
>>99さん。ありがとうございます。
早速、図書館に探しに行ってきます。

102 :名無しゲノムのクローンさん会社で学位:02/03/23 22:07
>>100
ERKはCELLSIGNALのが良いです。
p38は何処のが良いか是非教えてください。

103 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 23:01
細胞系でp38 pathwayをアクチベートさせるのに
どんな刺激をどんな条件で与えてますか?
UVとかHypoxiaとか試したひといますか?

104 :名無しゲノムのクローンさん会社で学位:02/03/23 23:13
HYPOXIAは難しいです。
LPS、オカダ酸、アニソマイシン
が良いと思います。

105 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 23:38
hypoxiaは再現性が・・・。

106 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 23:46
>>104
ナチュラルインデューサーってのがあまりないですよね。
個体を使ってヴィヴォの現象を反影させるような実験系が組めると
いい雑誌に持ってけるのですけどね。
例えばWound healingなんかはどんな感じなんでしょうかね。
ERK1/2系が動くのは当然として、JUNK、p38も動いてるように
思えますけど。

107 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 23:49
というか、なんか厨房向けじゃなくなってきたような(笑

108 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 09:56
>>90, 107さんおっしゃる通りです。
厨房の漏れには敷居が高い。

109 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/24 11:30
どの辺を難しいと感じるの?
書いてある内容は、初歩的じゃないかもしれないけど、基礎的だよ。
わからないところを分解して聞いてみよう。


110 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/25 23:01
IL-1、TNFによるp38を活性化するのに最適な細胞を教えて下さい。

111 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 06:10
>110
質問が間違ってます。
「かくかくしかじかの細胞現象が知りたいので、どの細胞株が一番生命現象に近いか教えてください」とするべき。
そうでなければ、それは「生化学の、生化学者による、生化学者のための」遊びに過ぎません。

112 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 22:13
>>111
残念ながら間違っていません。
あなたにはわからないかも知れないが、そういう現象を自らの手(系)
で再現しないといけないひともいる。
生命現象を追うという事は重要ではあるが、それがすべてではない。
ということを知っておくべきだ。
私に言わせればあなたこそ
『アカデミアの、アカデミアによる、アカデミアのための』遊びに過ぎません。

113 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 22:23
ほほう、生化学者はアカデミアにあらずとおっしゃる。
それは言い過ぎじゃないかい?

114 :名無しゲノムのクローンさん :02/04/01 22:41
>>113
ちがうよ。
アカデミア過ぎて視野が狭いっていってんだよ。

115 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/01 23:29
MAPK の話に戻してくださいな

116 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/02 00:21
>112
うざい。

117 :名無しゲノムのクローンさん :02/04/02 01:26
>>116
こういう有り難い話に耳を傾けられないなら、
MAPKのことなんて知ってても、ただのうんこたれだよ。
どうせ学振も当たらないし、しょうもない学会と
しょうもないジャーナルにしか発表できなくて、
自分は立派なサイエンティストと思っていても、
全然だれにも認識されちゃあいないのさ。
そいでもってDをとるのに五年も十年もかかるんだよ。

きみのリン酸化部位は変異が入っていてインアクティブだ。
(うまい落とし方だ!)

118 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/02 02:48
いいね、時が自賛。

119 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/02 03:15
おれは111の言ってることの方が正しいと思うよ。
生理学的な意義を調べるために、生化学があるのに、
論文を出すために、生理学的条件をあえて無視した仕事は、
後を切らない。
そんな「paperのための実験」をくり返したところで、
君の生活の維持こそできるかもしれんが、
人類の科学の進歩にはまるで貢献しないアーティファクトにすぎぬ。
(それが次のステップへのヒントになった例はあるけどね。)

120 :111:02/04/02 04:04
昨日酒に酔って書いたことが(まずスレからはずれてるし)物議をかもしているようなので、とりあえずすまそです。
書いた内容は勿論私自身の反省から来ており、その理由は119さんに賛同するものです。

121 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/02 09:14
それって他の分野にも当てはまるね。
哲学を持たない(名目)PhDが増えすぎちゃったのかなあ・・・

122 :119:02/04/02 10:15
だけどさ、生理的濃度なんか気にしていると、
人が驚くような凄い結果はなかなか出ねえんだよな。
生物ってのはいろいろうまい具合に調整、調節できる
様になってるから、ちょっとくらいの強制発現では、
打ち消されちゃうんだろな。


123 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/03 03:18
>>111の言ってることは原則的には正しいけど、>>122が現実。
だから>>110のような質問が生じる。
秒単位で変化する微少な変化を生理的条件で追っかけていくことに無理がある。

聞いた話では同じ研究所で働いてるボスが、以前に脳でのストレスレスポンシブル
なカイネースのリン酸化を見るのに、マウスの手を熱湯に漬けて、直後に首を叩き
切って液体窒素に放り込んで、セクションを作ったそうだが、そんなんでちゃんと
有為な差が出せるのか、再現性あるデータが取れるのかどうか。。。
(わかると思うけど、日本人じゃないですね、こういう系を組むのは)


124 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/07 21:19
>>123
基本的にMAPKの仕事はこんな感じでいいんじゃないか?
ていうかこれで普通じゃない?
ビトロでは強制発現とかが基本だし、ビボでは123の人みたいなのばっかりだしね。

125 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/09 21:41
>>124
そこを何とかしないとレベルがあがらんのだよ。
いいアイデアきぼんぬ。

126 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/10 05:14
>125
株化された培養系を使わないのが基本でしょうね。
PC12とかP19使ってる論文はあきまへん。
ではどうしろって?それはもうちょっと内緒にしとこ・・・

127 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/11 02:32
ひゅーべっくとかはどうどす?
めふとかはあきまへんおすやろか?

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