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splice variantって意味あるの?

1 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 11:10
RT-PCRしたらsplice variantがいくつかとれちゃったんだけど
やっぱりこれらについても機能解析しないといけないわけ?
一番長い奴だけ解析して他は無視しちゃっていいの?

2 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 11:33
それが転写因子だったとして、いちばん長いものではDNA binding siteが
無かったり、活性化(抑制)ドメインが無かったらど−すんだ。
”過剰発現させても影響ありませんでした”、で済ませるのか?

3 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 11:47
ORFの長さがちがうの?UTRの長さが違うだけ?

4 :1:02/02/02 13:44
ものは転写因子。
一番長いものに全部はいってて、短いのは途中が欠けてるのかと思ってました。

5 :1:02/02/02 13:51
今わかってるのは全長が500bpほど短いんです。
でも5', 3'のシークエンスは同じだった、ということはORFが途中で短くなってると思います。

Genebankには一番長いものだけが載ってます。

cDNAをrandam primerで作ったらartifactで途中が抜けたものがRT-PCRされるってことないんでしょうか。
RT-PCR産物をゲルに流すと一番上にほしいバンドがあってあと下にいくつかバンドがあります。
いつもはノンスペと思って下のは捨ててたんだけど今回たまたま間違えてシークエンスしたら
ORFの5端と3端がほしいものと同じだったのでびっくり。

6 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 14:39
ものが新気なら
基本形をまずくわしくしらべるべき。

そのごのことは1君がなにをしらべたいかにもよるので、
かんがえをきかせてほしい。

7 : :02/02/02 14:40
それぞれのPCR product全長シークエンスして,
塩基配列とアミノ酸配列比較しな.

そこからだ,話ができるのは
それから,template は何使ってる?
tissue によって splice pattern が異なるのはよくあることだぞ

family 釣ってきてる可能性もあるだろうな



8 :1:02/02/02 14:50
新規じゃなくて既存のgeneです。請求してもなかなかこないので自分で取っちゃおう
としてます。

tissueはbrainです。

最初20サイクルまわしてほしいバンドだけかすかに
でてきたので、nested primer作ってそれをさらに20サイクルしたらほしいバンド
がメインですが下にいくつかバンドが出てきました。
なので最初のプライマーで30サイクルしたらメインのバンドとしたにうっすら
スメアが見えるぐらいなのでゲル抜きしてさぶくろーにんぐして3コロニー
しらべたら一つだけ短いのがでてきました。

やりたいことはデータベースに載ってるgeneがほしかっただけなのですが
たまたまとれたsplice variantをシークエンスするのは意味あるのか、と
思ったので、、、とりあえず全長読んで見ます。

9 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 14:52
xenopus,zebrafishだったらpseudo variantの可能性も有るど。

10 :1:02/02/02 14:58
動物はmouseです。ratでもやってるのですがこちらでも同じような状況です。

11 :6:02/02/02 15:03
splice variantがあるっていうのが新規の発見(どのしゅでもみつかってなければなおよい)なら
論文のネタになるだろう。
その転写因子の機能を調べる方がせんけつなら、
発現量とかで、メジャーなものをピックアップし、それを使って機能解析。
splice formの構造や発現調節機構自体に的を絞ってやることもできる。

speciesがよくわからないが、brainやtestisはalternative formが多く見つかる。
しかし、大概の場合、variantの機能まではあまりしらべられてないことがおおい。
きみのやってるものはどう?

12 :1:02/02/02 15:22
うーん、実はまだ始めたばっかでよく調べてないのですがいまのところvariant
を解析してるペーパーはみてないし、variantもみてないです。他の種でも
swiss-protを見る限りはvariantはでてないです。

これで論文のネタになるなら結構うれしいです。RT-PCRしただけなのに、、、
なかなかPCRかかんなくてやる気消失気味でしたがなんだかちょっとやる気出てきました。
もうちょっと論文みてみます。

因みに僕の初めてのペーパーはRT-PCRしたらファミリーが三つも一気にとれてそれにノザンくっつけたものでした。


13 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 16:10
以前、なんかでイオンチャネル遺伝子のスプライス ヴァリアントの論文を読んだ。
(学会発表だったかも知れない。)
確かカリウムチャネルで、30位のヴァリアントがあって、
それを全部Xenopus oocyteに発現させて電流を比較すると言うものだった。
はげしく退屈な研究だった覚えがある。

しかし、詳しく調べてみると
トランス スプライシングやRNA エディティングのような発見に繋がるので
ひょっとしたら面白いのかも知れない。
まあ、運もあるしセンスも必要なのだろうが。

14 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 16:13
splicing variantの機能的意味を示した論文ってあるの?
特にUTRの違いとか。

15 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 16:16
抜けてる部分がDNA結合ドメインだったりすると、decoy的に
働く可能性もあるので面白いでしょうね。ただ、PCRだけじゃ
証明にはならんとおもうので、protection assayで脳の部位に
よる差異ぐらい見せないと論文は苦しいのでは?
後は、今やろうとしてることと比較して、あまりにも枝葉に
なるようじゃ無視してもいいんじゃない?
実は漏れも120個の遺伝子に対してRT-PCRしてて、1さんの
ように転写因子のvariantを何個か発見しましたが、それに
どれだけの意味があるのか疑問でドロップしました。気には
なってるんだけど。

16 :1:02/02/02 16:20
と、トランス スプライシングなんてあるのですか。
ちょっと勉強してみます。

RNA reseachのバイブルといえば何がよろしいでしょうか、師匠。

17 :  :02/02/02 18:33
そもそもbrainソースにしてノザンするとバンドが複数本出てくるのか?
話はそれからだな。

18 :1:02/02/02 19:12
ごもっとも。
in situはされてるけどnorthernで引いても論文検索されずなので
自分でやらないといけないのね。

19 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 19:27
これはどうですか?
http://www.media-0.com/www/smile/jpm.html

20 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 19:48
>19
なにげにクリックしたら・・。
あわてた。

21 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 20:32
>20

もれも慌てた。エロサイトの誘導だったけど。

22 :17:02/02/02 21:01
>18
もしノザンでその最大長のバンドしか検出されないんだったら、やる意味無いだろうな。
northernで検索じゃなくてその遺伝子のクローニング関連論文片っ端から見ていかないと。
余分な実験やっちゃ時間がもったいないよ。

23 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/03 11:16
以前自分がnorthernした遺伝子は二つバンドが出てきたんだけど
コーディングのスクリーニングではバリアントがなくて結局discussionで
複数バンドが見えた、とだけ書いて通したんだですけどこれはnon-codingの
splicing variantだったのかなあ。なんか腑におちないままかれこれ五年。
引用はされるもだれからもこの点についてご指摘なし。

24 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/03 17:52
>23
コーディングに差が無いんだったらそれ以上つきつめる事ではないと思うな。

25 :23:02/02/03 20:42
noncodingの違いって全然意味ないのかなあ。
ペーパー出すときも結局上の先生に
「そんなときもよくある」と言われただけで納得したしなあ。
natureなんとかで3'のUTRにneuronでのlocal localization signal
同定したペーパーは読んだことあるけど。

26 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/03 21:12
>25
大部分の人が24が言っているように考えているわけだから
意味を見つけたら大発見があるかも。

神経細胞でのRNAの局在については、本当なのかな?
だれか詳しい人いない?


27 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/04 05:25
>1

もしかしたら重要な機能を担っている可能性もあると思われ.
抗体とかCD45とかalternative splicingが重要なgeneもあるし.

でも,まずはnorthernかRNase protection assayだね.



28 :25:02/02/04 21:02
>>26
UTRに意味あるという意図であってsplicingが局在に関係ある
というろんではないです。すみません。

29 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/04 21:50
UTRのスプライス、翻訳制御機構って
ちょっと未開拓の分野でしょ?
テーマには困らないね!あとは結果が出るかどうかだね!

30 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/06 09:12
>9
pseudo variantってなんですか?
medlineでは引っかかってきませんでした


31 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/06 12:15
>30

偽四倍体の生物(X.laevisとかzebrafishが有名)では良く似た遺伝子が
発現している。ファミリーじゃなくて。機能的にも同じ。アミノ酸で
比べると100%一致も珍しくない。

でもここでの話題では的外れでした。混乱させちゃった?ごめんね。

32 :30:02/02/06 15:13
>31
ありがとうございます
参考になる論文はないものでしょうか?
でも、機能的に全く同じものが発現しているとは、考えにくいような気がするのですが、、、
発現部位が異なるのでしょうか?
それとも、2倍発現していることが進化上有利なのでしょうか
タンパク質には翻訳されないのかな?

33 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/06 17:46
>30

PubMedでひくといくらでもでてくる。
タンパク質にも翻訳される。機能も一緒。違ったら別の遺伝子だ。
Genbankで調べると同じ遺伝子で何個か報告されているものがある。
純系じゃないから個体差に由来するものもあるけど。
カエル、ゼブラを使っている人には常識。





34 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/17 22:56
意味あるやろ 

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