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進化はどのように起こるの?

1 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/15 14:37
http://www.cc.rim.or.jp/~take-e/fish/catalog/kara68.htm
↑ブラインドケーブフィッシュという魚で目が退化しています。
有名なのでご存知の方は多いと思いますが、私が子供の頃聞いた話では
全く光の差さない洞窟で世代を重ねてきたので目よりも側線を発達させた
固体だけが生き延び、このような形態が定着したということでした。

今になってこの話を思い返すといくつか疑問が沸いてきます。
わたしが進化の過程について(というか生物全般について)全くの無知だから
かもしれませんが、なぜわざわざ目を退化させなければならなかったのかわかりません。
この魚は深海魚ではないのですからいくらか光の届く場所に行くことだって
あったはずです。
大半の時間を暗闇で過ごすのだとしたら、側線の発達していない固体が
子孫を残せなかったのは理解できます。
しかし目のある固体が生き延びられなかった(子孫を残せなかった)
理由がわかりません。
むしろわずかな光でも感知できるような高機能な目と充分発達した側線を
あわせ持った魚が生まれてくるはずではないでしょうか?

どなたかわかりやすい説明のできるかた御願いします。

597 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/28 22:02
>>596
>こんなとここないで宇宙説のスレ作ってみたら?

ついでに、科学板には立てないでね。
オカルト板へど〜ぞ。

598 :ev:02/01/28 22:12
>>596 = 子猿よ

鶏の子は鶏、牛の子は牛、進化しない証拠だらけという事に、気づかんのか?
いつどこで、親と異なる生物が生まれているのかね?

進化の挙証責任は、進化論者にあるのだから、実証しろと言っているのだよ。
おまえ=アホ猿の論理は、単なる修辞学だ。

>>597
猿が人間に進化するような、おとぎ話信じてる、進化狂徒とこそ、
オカルト板へど〜ぞ。 または、日光猿軍団へど〜ぞ。


599 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/28 22:25
>598
わしはもう、おまいさんには飽きたよ。
専門的な議論に入ったら、まったく手が出ないらしいし、他の煽りと賭けあいをしている
だけのようだからね。

ま、ev ファンがいるようだから、てきとーにまたーりとやっててくれろ。


600 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/28 22:28
典型的なトンデモ馬鹿の範疇を一歩も出られないみたいだしね。
隔離病棟へど〜ぞ。>ev

601 :ev:02/01/29 00:43
>>584
>大腸菌における実験については既に示している。大腸菌の遺伝子と他の生物の持つ遺伝子には本
>質的な差はない。用いられているコドンも同じ(ただし、ミトコンドリアDNAのコドンは少し変
>化している)。よって、多細胞生物において、絶対的な変化を抑止する機構がない以上(補修メカ
>ニズムはあるものの完全ではない)、この種の変化を否定することはできない。

コドンが同じだから、大腸菌と他の生物を同列に論じられる、というのは、
同じ英語で書かれているから、厨坊の英作文とシェークスピア戯曲が、同じだという屁理屈だ。

最も単純なウィルスにかすかに「変化」が認められるから、
最も複雑な高等生物が「改良」されるという論理が、幻想にすぎないと、
いったい何度言わせるのかね?過去レス読んでくれよ・・・
そんな糞論理はいいから、はやく高等生物で実証してくれよ。


>実験室レベルで行うことのできる種分化実験では、ある種をそのまま放置していたら、
>2つ以上の遺伝子構造を持つ系統に分かれており、しかも、それらが共存していた、という形
>のものはないように思います。
>一つの生物種が、同一環境にいながらにして、異なるニッチへ進出し、その結果として
>種の変異が行われることを示唆するようなものは、現在のところないと言えます。そして、こ
>の部分に対して「自然には種分化しない」という指摘であるのであれば、それは「現時点では」
>甘受するつもりです。

この部分の発言は、評価できる。

602 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/29 00:46
>この部分の発言は、評価できる。

コイツに評価されるようになったら終わりかも…

603 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/29 03:21
例えば人間とチンパンジーみたいに体格の似た近縁種間の生殖隔離は
どのようにして起こりえるのでしょうか。

これをすっきり説明できたらこのスレでは進化論マンセーなのですが。

604 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/29 06:18
>>603
一番簡単に説明できそうなのは地理的隔離かな。
物理的に離れて、別々に進化するうちに交配不可能に
なればいい。

同じ場所にいても、何らかの原因で交配の時期がずれた集団に
別れるとか、モデルだけなら色々考えられるよ。

605 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/29 06:24
>>598
>猿が人間に進化するような、おとぎ話信じてる、進化狂徒とこそ、
>オカルト板へど〜ぞ。 または、日光猿軍団へど〜ぞ。

猿以外の罵り言葉も覚えろ。
覚えたら、さっさと宇宙人を捕まえて、存在を実証しろ。
捕まえに出かけたら、二度と帰ってくるんじゃないぞ。

606 :187:02/01/29 10:35
>>601
だから〜 私も前にいろいろ書いてるんだけど、
あんたがレスしてくれないだけじゃんか。


種分化におけるフィールドワークに対する書き込みへの補足説明:

ある事象A、Bが起こる確率をそれぞれ P(A),P(B) とする。また、AとBが同時に
起こる確率を P(A ∧ B) とする。ちなみに、P(A|B) を事象Bが起こったときにおけ
る事象Aが起こる確率、¬P(A) を事象Aが起こらない確率。

ここで、P(A) と P(B) が十分小さく、また、P(A ∧ B) >> P(A)・P(B) である(">>"
は左辺が右辺に比べて非常に大きい)とき、事象AとBの共通要因C(1,2...)を、十分
な確信度を持って想定することができる。もちろん、事象AとBが共通要因Cを持たな
いで並存して起こる確率もあるが、これは(定義から)きわめて少ない。

これは、生物種において非常に似通った状態が並存するとき、十分な確信度を持って、
その共通祖先を仮定することができることを示している。類似の系が多く見うけられ
るのであれば、より確信度が高くなる。

以上のことから言えるのは、たとい共通の祖先を実際に詳らかにせずとも、個々の生
物種が独立して進化してきた、ないしは超越者(神あるいは宇宙人)がそのように作っ
たという言説に比べて合理的であり、はるかに説明力が高いと結論することができる。

もちろん、後者を完全に否定することはできないが。


607 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/29 11:38
後者の説明がボロボロで非合理的な箇所だらけなのも痛いね。

608 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/29 12:27
種分化がおこりうる理由は皆さんが何度も書かれたのでわかりました。

ところで、例えばマウスから新種のマウスを人為的に作ろうと思ったら、
どのような実験を設定して、何世代くらいそれを継続すればいいのでしょうか。

そして家畜やペットの品種の、生殖隔離のない分化とはどう違うのでしょうか。

609 :187:02/01/29 13:10
>>608
ブリーディングにおける人為的淘汰では、対象生物に対して新しい遺伝子プールを形成するさいに、
ヒトが選択してつがわせるので、地理的隔離を人工的に起こしているということが言えるかと思い
ます。これに対して、先にも書いたが、人為的な「地理的隔離」を行わないで、一つの遺伝子プー
ルから、複数の遺伝子プールが派生してくるような実験環境を「研究室内において」作ることは非
常に難しいと考えています。

厳密には、フィールドワークにおいて、かなり大きな個体数を持つ種(遺伝子プール)に対して、個体
識別できる発信機をそれぞれの個体に装着し、次世代が生まれた段階で、新たな識別装置をつけてい
き、それと同時に個体がなす各グループに関してDNAの同一座標をマーカーとして、その変異距離
から系統樹を書く作業をする必要があると思います。

現在、日本サルなどでは個体識別マーカーをつけて、サルの持つ「社会」についての研究が行われて
いますが、もっと世代交代が早い種であり、また、グループを形成する、ないしは広く生息するにも
関わらず、その飛翔(移動)能力が小さいものをモデル生物として実験する必要があると思われます。

人為的淘汰:
自然淘汰で起こりうることの一部をヒトが取捨選択すること。対象生物にとっては、自らが存在する
環境への適応という観点からは、自然淘汰を加速するものでしかなく、本質的には同じとみることが
できる一方、自然には起こる確率が小さいものでも安定化できるという意味では、自然淘汰と分離し
て考える必要があると考えています。


610 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/29 15:00
>>608
「新種」とは何かによる。
体のサイズによる生殖隔離だけなら、チワワとグレートデンの分岐に要した世代数程度と思われ。

611 :608:02/01/29 17:00
できれば体のサイズじゃなくて、
例えば染色体の数が違うことによる生殖隔離が
哺乳類ではどのくらいの世代を重ねることで成立するか
みたいなので考えて頂きたいです。

犬はたくさんの品種があって姿も大きく異なるのに、
そのどれもが(物理的なものは除いて)生殖隔離されていない
一つの種の中に収まるということは、
遺伝的にはあまり大きな差がないということだと思います。
しかし、187さんの言う人為的な地理的隔離を
この後もタイムスケールは分かりませんが継続していけば
遺伝的な生殖隔離が成立する程の差異は蓄積するのでしょうか。

612 :187:02/01/29 18:49
>>611
染色体数が倍数化する変異というのはかなり容易に起こりうるようです。私は不勉強
ゆえ、自然界ではどのようなきっかけで倍数化するのかは良く分かりませんが、一つ
の例としては、その昔、種無しぶどうをつくるさいに薬品(コルヒチン)にさらしてい
ました。

染色体が倍化した場合、倍化した個体同士を掛け合わせると、倍化した染色体を持つ
個体が再生産されます。ここで、例えば、2本の遺伝子対の遺伝子プールがあって、
これが倍化して4本になった個体グループがあったとします。この二つのグループか
を掛け合わせると、3本の遺伝子を持つ個体が生まれますが、これは不稔となります。
よって、この二つのグループ間に種分化が起こったということができるかと思います。

ちなみに、倍数体は小麦類など、植物の進化(種分化)に重要な働きを担っているよう
です。


613 :187:02/01/29 18:53
>>612
私はモデル屋の方なので、実例を挙げるということができません。
あと、時間的スケールの見積もりも、この場ですぐにできません。
すみません。


614 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/29 22:48
中型犬が絶滅すれば、大型犬と小型犬は事実上別種になりそうな気配。

615 :608:02/01/29 23:38
>>187さん
こっちこそ聞いてばっかりですみません。

でもまた聞いてしまいます。
例えば人間とチンパンジーの染色体数の違いは倍化ではなくて
数個の違いだったと思います。
このような変化もまた簡単に起こりうるのでしょうか。

616 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/29 23:39
sage忘れた・・・

617 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/30 01:00
>615
違いは遺伝子の数で数パーセントだった筈。(たしか3%くらい)
DNA上のジャンク量がどれくらい違うかは不明。

618 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/30 01:42
染色体数は確かに違うよ。
人間は23対の46本
チンパンジーは24対の48本


619 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/30 02:03

飯の種。

by 忘れた。

620 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/30 03:06
>>615
チンパンジーゲノムにおけるどっか二つの染色体がヒトの祖先で合体した結果、
ヒトの2番染色体に相当するものができたそうで。

あと哺乳類の場合、分岐から数百万年レベルの差であれば
種ごとに染色体数の違う例は頻繁に見られます。

621 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/30 05:45
>>620
この手の研究で有名なのはこれですね
www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=10521336&dopt=Abstract
とにかく、染色体がちぎれたりっくっついたり部分的に移動したり、
進化の過程ではしょっちゅう起こっていることです。

622 :59:02/01/30 06:00
>>615
例えば人間とチンパンジーの染色体数の違いは倍化ではなくて
数個の違いだったと思います。
このような変化もまた簡単に起こりうるのでしょうか。

 たとえば、染色体の欠失・転座・逆位等がそれに対応した現象だと
思います。それぞれ、染色体のある部分がなくなること・別の染色体
に移ること・ちぎれて逆向きにつながることを指します。これらの現
象で染色体数の変化は説明できませんが、転座が2回起これば染色体
数が減ることに対応します。
 特定の生物種で特定の転座が起こりやすいといったことが観察され
ています(例は思い出せませんが)。つまり、同じ転座が雌雄同時に
起こることがありえるわけで、そういった事が起こればそれらの生物
は元の生物種と生殖隔離を起こし、別の種として固定されていくこと
になります。

623 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/30 06:33
染色体がちぎれたり均等に配分されなかったりするのは珍しくも何ともない。



624 :59:02/01/30 06:33
>>586

>私は、遺伝子のこのような動きを数理的なモデルを通してしてみてみたとき、実際
>に「進化(種分化)」といわれる現象が起こるために特別なダイナミクスを必要とし
>ていない、と見られることから、「進化(種分化)」が起こりえたことを否定するこ
>とはできないと見ています。

 このあたりの議論で、種分化と、いわゆる、大進化を別々に議論
する必要があるように感じます。種分化は確かに進化に必要な事象
ですが、種分化だけでは進化を説明するには十分ではないのではな
いでしょうか?このあたりが次に議論できればと思います。私とし
ては、ダイナミックな何かを考えてみたいです。種分化に特別なダ
イナミクスが必要ないという部分は、賛成です。

>>606
>ここで、P(A) と P(B) が十分小さく、また、P(A ∧ B) >> P(A)・P(B) である(">>"
>は左辺が右辺に比べて非常に大きい)とき、事象AとBの共通要因C(1,2...)を、十分
>な確信度を持って想定することができる。もちろん、事象AとBが共通要因Cを持たな
>いで並存して起こる確率もあるが、これは(定義から)きわめて少ない。

 このように数理的に何か結論付けられるのは、興味あるところです。
もう少しわかりやすく説明していただけませんか?

625 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/30 06:56
ある種のネズミで同種内でも染色体数が違っている例
があるらしいんだけど、誰か知らない?

しばらく前に何かで読んだんだが、元ネタが見つからない。

626 :59:02/01/30 07:09
>>620
 べつに転座が二回でなくても、二つの染色体が結合するだけで染色体数
は減りますね。DQN なレスで、スマソ(>>622)。言いたかったのは、染色
体の変化が偶然でなく、ある一定の確率を持って必然的に起こりうるとい
うことです。

627 :ev:02/01/30 09:34
59氏、187氏。
どうした、もう、交換日記メールはやめたのか。
それとも、見られてないとダメか。
ageてやろうか?

>>620
進化論的に言えば、
ヒト遺伝子のもとになったのは、チンパンジーの遺伝子じゃないぞ。
ヒトとチンパンジーの共通先祖の遺伝子だろうが。
ま、いいたいことは分かるけど、な。

628 :187:02/01/30 10:25
>>627
59氏が欲する情報があって、私がそれを提供するさいに、デムパを排除するために行っ
たものです。

一時的にアドレスを取得し、本人確認を行った後、情報提供を行いました。
それだけですよ。どうでもいいけど、突込みどころがちがうよ。

| 進化論的に言えば、
| ヒト遺伝子のもとになったのは、チンパンジーの遺伝子じゃないぞ。

反論するにしても、反論対象に対する十分な知識と理解が必要です。やればできるじゃ
ないですか。


>618
| 人間は23対の46本
| チンパンジーは24対の48本

単純に考えると、生殖細胞が減数分裂すると、ヒト:23本、チンパンジー:24本。
F1 が生じたとして、23+24本で奇数となるため、F1 が減数分裂を起こせない。よ
って不稔となりますね。あくまで単純に考えてですけれども。

>625
遺伝子数が異なることがそのまま種分化に繋がるわけでもないと思います。あまり
良い例ではないのですが、性の決定において、ヒトの場合はy染色体(詳しくは SRY
遺伝子)の存在によるもので、例えば XO(対になる遺伝子が欠けている)型では、女
性形に発生します(不稔)。ちなみに yO は致死です。

で、XO 型で性決定をしている生物が存在していて、精子には性染色体がないものがあ
ることになります。単純には、奇数本だと減数分裂ができないから不稔となる、という
ことがいえるものの、常染色体において対になる染色体のいずれかが奇数本となる場合
においては、減数分裂ができないように思います。

もし、これについての反例を知っている人がいれば、教えてください。


629 :187:02/01/30 10:31
ttp://nature.cc.hirosaki-u.ac.jp/lab/1/plantbrd/riclass2001.html
からのコピペ

コムギの祖先がそれぞれの個体で遺伝的に分化し,染色体数を2n=14としたまま,染色体上に逆位などの
変異を蓄積することでもはや減数分裂時に対合できないほどわかれてしまったものが,AA,BB,DDゲノム
を有するとされる1粒系コムギです.これらはそれぞれ祖先を同じくする7対の染色体を持っています.
しかし,それぞれの遺伝子は同じアルコール脱水素酵素でも別々の変異を蓄積しています.

AA,BBが交雑して新たな植物を生み出したときがおよそ1万年前です.それだけではA,Bの染色体同士が
かなり変化しているので組み換えができないので後代が不稔となるので,Aゲノムの7本が倍に,Bも倍
になったのです.そこで2粒系といわれるマカロニコムギが成立しました.これは栽培において大きな
粒をつけるので畑で栽培されるようになりました.大きくて自然の野原でも目を見張るほど収穫量が多
いと,そこを通りかかった採集者の眼に写ったのでしょう.

それでもパンには適さなかったのでしょう,Dゲノムの中にある製パン性の遺伝子が次に付加されるこ
とになりました.これは自然に行われたもので,たまためAABBゲノムのコムギ(マカロニがつくれるふ
くらまないもの)の近くに雑草化していたタルホコムギが交雑して,また倍数化してAABBDDとなりまし
た.これをマカロニコムギのはたけでみつけた人が大きいので(倍数化は植物体や粒を大きくするので
農業上役立ち,また目立つので選抜の対象となり得ます)引き抜いて,それを多く育ててついにパンコ
ムギとして利用することを思いついたのでしょう.

つまり,
1)異なる進化をした遺伝子を組み合わせることで進化のスピードをあげる
2)余分な遺伝子が増える(Aゲノムだけでも生きられるので,B,Dにある同じ遺伝子が別の機能を持て
  るようになる)ので進化の余裕が生まれる.(A,B,Dももとはおなじコムギの祖先からきているので
  同じような遺伝子セットを持っており,染色体数は7です.しかし,すでに染色体構造が逆位など
  で変化して減数分裂時に対合できなくなっています).
3)倍数化で植物の大きさや穀粒の大きさが大きくなる
などが生じたのでしょう.


630 :187:02/01/30 11:00
(雌雄で)生殖する生物の場合、減数分裂を行うことによって生殖細胞を作っています。
つまり、減数分裂を行うためには各染色体は対を形成する必要があって、染色体の変異
において、これが起こりうる要因を挙げて検討すれば良い事になります。これらは、

・染色体のどれかが倍化する
・複数の染色体がくっついて、元の染色体数より少なくなる
・染色体のどれかが複数の染色体に分かれる
・染色体のどれかのどこかで起こった(欠損/)転座/逆位が蓄積し、対形成ができなくなる

遺伝子は染色体の上に乗っかっているような構造を取っており、転座や逆位では、その機
能が著しく変化することはないと考えられます(プロモーター領域との位置関係によっては、
発現頻度などに影響が出るようにも思われるし、染色体の立体構造の違いによる発現量の
変化もあると思うけど)。

そして、このような変化は、当該生物種の生存には直接マイナス要因にはならないため、速や
かに淘汰されてしまうことはないと考えられることから、かなり容易に起こり得ると同時に、
有効な遺伝子プールの隔離に繋がるといえます。

遺伝子プールが分かれたあと、個々の遺伝子プールにおける淘汰圧の方向が違う場合、それ
ぞれの方向への適応が速やかに行われるのではないでしょうか。

ここで新たな問題が生じます。なぜ、生物システムが「性メカニズム」を利用しているのか、
です。これについても、遺伝子資源を有効に使うことができるため、などの理由付けがなされ
ているものの、議論の余地はあるかと思います。


631 :187:02/01/30 11:12
>630 は、ev の意見
「遺伝子の変異は多くの場合、致死になる。種分化は起こりえない」

に対する、(雌雄で)生殖する生物の場合における、致死を伴わない遺伝子プールの分離
が起こることによる、種分化過程の説明ということが言えるかと思います。

雌雄2対で生殖を行う以外の生殖方法をもつものもあります。ただし、これは単細胞生
物のある種類についてであって、多細胞生物については、その例を知りません。


632 :187:02/01/30 11:14
>>627
ev が故意に荒らし行為をしないならば age るのはいいんじゃないですか?


633 :59:02/01/30 11:20
>>632
 >>627 の後半部分とかね。まともな論議だね。

634 :ev:02/01/30 11:34
> 当該生物種の生存には直接マイナス要因にはならないため

染色体不安定性は有害だ。

635 :187:02/01/30 12:06
>634
| 染色体不安定性は有害だ。

なぜ?

遺伝子とは何で、染色体とは何か知ってますか?
また、DNAとは何か知ってますか?
開始コドンって知ってますか?
疑似遺伝子って知ってますか?

説明してください。


636 :187:02/01/30 12:10
あと、
終止コドンは何か知ってますか?
遺伝子座って知ってますか?

説明してください。


637 :ev:02/01/30 16:37
>なぜ?
じっさいにおきている欠損/転座/逆位の多くは、DNA損傷が
原因になっていると思われている。
その極端な例は、ガン細胞(体細胞だけど)。

>遺伝子は染色体の上に乗っかっているような構造を取っており、
>転座や逆位では、その機能が著しく変化することはないと考えられます
滅多に起きない点突然変異の大部分は中立的だ考えてもいいが、
それより頻繁に起きる転座や逆位の大部分は有害だよ。
プロモーターDNAなんか持ち出さなくても、
表現形と塩基配列は1対1対応じゃないことを考えればすぐ分かる。

>説明してください。
コピペしてやるよ。今、科学用語辞典が手元にないから、後で。

638 :187:02/01/30 16:49
そらで言えないのか。


639 :187:02/01/30 16:52
みなさ〜ん。
みんなで >>637 にある間違いを指摘しましょう。



640 :187:02/01/30 17:28
>637
| じっさいにおきている欠損/転座/逆位の多くは、DNA損傷が
| 原因になっていると思われている

誰が思っているの?
あと、私は「欠損」については書いてないよ。

「プロモーターDNA」って何?
私は「プロモーター領域」と書いた。


| 滅多に起きない点突然変異の大部分は中立的だ考えてもいいが、
| それより頻繁に起きる転座や逆位の大部分は有害だよ。

以前に、ある変異が最終的に有害かどうかは、その変異が起きる場所によることを指摘してい
ます。遺伝子領域ではない場所に対する変異の挿入(欠損)は、それがかなりの長さになっても、
有効な転写(蛋白質合成)がなされないことから、淘汰に対して中立になります。また、(複数)
遺伝子を中に含むDNA領域がまとまって、転座や逆位したとしても、その接合部分において
遺伝子が損傷を受けない場合においては、当該生物の生活にとって必要な遺伝子群のいずれも
変異を受けていないので、変異前と同様の蛋白質合成を行うことができます。

あと、トランスポゾン(動く遺伝子)というのがありますが、これは、真核細胞生物内のDNA
上において繰り返し見られる配列で、領域の両端に特徴的な塩基配列を持っています。そして、
この特徴的な塩基配列を用いて、自らのコピーをDNAの別の位置に挿入します。挿入位置に
遺伝子がない場合、この挿入による蛋白質合成には影響を及ぼしません。

また、トランスポゾンの種類の中にはイントロンを構成するものがあり、たとえ、遺伝子内に
自らのコピーを挿入したとしても、成熟 m-RNA の段階でスプライジングされてしまうため、
最終成果物としての蛋白質は同じものになります。ただ、私の感覚としては、本当に影響がな
いのかどうかについては疑問を持っており、発現量などへの影響を与えるような気はしていま
す。だからといって、致死変異にはなりませんが。

トランスポゾン
ttp://www.nig.ac.jp/museum/history/kindai/kindai-39.html
ttp://members.jcom.home.ne.jp/biology/QA/items/seibutu69.html

私見としては、同一細胞内に感染する、外殻のないウィルスというイメージを持っています。

がんばれ、理解まであと一息だ。


641 :ev:02/01/30 17:48
>>640
>誰が思っているの?
君以外の皆さ。

>あと、私は「欠損」については書いてないよ。
「染色体のどれかのどこかで起こった(欠損/)転座/逆位が蓄積し、
対形成ができなくなる」と、書いてある。

>「プロモーターDNA」って何?
googleで検索してみ。

>遺伝子領域ではない場所に対する変異の挿入
そりゃたしかに中立だ。したがって、種分化には直接関係ない。
ここで問題にされているのは、機能的な部分だと思ったがな。

>変異前と同様の蛋白質合成を行うことができます。
ではやはり、種分化には直接関係無いな。

>トランスポゾン
転移因子はトランスポゾンだけじゃないぞ。

>がんばれ、理解まであと一息だ。
進化論的な意味合いにかぎっても、
種分化について、よく理解してないのは君のほうだ。
だから、今までなるべく無視してたのに…。

642 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/30 18:10
何十年か前、日本中の工場が排水を海に垂れ流しまくってたころ、
東京湾や大阪湾ではむちゃくちゃな奇形魚がしばしばとれたそうな。
でも、奇形魚とはいえ、一応は成魚にまで成長していた。
つまり、脊椎が捻れまくったり骨格がでたらめでも大きくなるまで生き残ることができた。

このことから、自然界において、不利な突然変異が必ずしも即、死滅を意味するものではないといえよう。



643 :ev:02/01/30 18:18
>>642
で、累系繁殖した畸形の魚たちが、いまでも川底でうごめいているって、
あらての都市伝説か?

644 :187:02/01/30 18:22
>641
(欠損/) これに関しては謝ります。

私が「プロモーター領域」と書いたのに対して君が「プロモーターDNA」と書いてきた
ので、このように書いたのです。「TATAボックス」など、転写開始に関わる配列について
ではなく、これよりも上流に存在しているDNAパターンのある種のものに関しては、転
写開始に影響を与えているのではないか、という示唆がされており、私はこの部分につい
て「領域」と呼びました。君が混乱てしまったようなので、これについても謝りたい。

| >遺伝子領域ではない場所に対する変異の挿入
| そりゃたしかに中立だ。したがって、種分化には直接関係ない。
| ここで問題にされているのは、機能的な部分だと思ったがな。

「染色体が対形成できないとき、減数分裂ができないことから不稔となる」と書いてあり
ます。そして、染色体が対形成できないようになる変異として、DNAにおける転座や逆
位を例に挙げています。そして、これらの変異が遺伝子を破壊しない場合、蛋白質合成機
能としては、変異前と後とでは同じと言っています。

DNAレベルでの致死ではない変異によって生じる不稔化によって、遺伝子プールの隔離
が分岐することを示しています。君の中で話がごっちゃになっているのではないですか?

| >トランスポゾン
| 転移因子はトランスポゾンだけじゃないぞ。

例として出したまで。

| 進化論的な意味合いにかぎっても、
| 種分化について、よく理解してないのは君のほうだ。

じゃあ、どこがどのように理解していないか指摘して欲しいので、説明をおねがいします。
ただし、進化論的な話に限って欲しい。もしかしたら、私がとんでもない思い違いをしてい
るのかも知れないので。


645 :187:02/01/30 18:25
>644
誤:遺伝子プールの隔離が分岐する
正:遺伝子プールの隔離が生じる


646 :187:02/01/30 18:27
>644
欠損があった場合でも、欠損するDNA領域に遺伝子が無い場合については、変異前
と後とでは、蛋白質合成の面では影響がないことを付け加えておきます。


647 :187:02/01/30 18:39
>644
ちゃちゃを入れられる前に。

| DNAレベルでの致死ではない変異によって生じる不稔化によって、遺伝子プールの隔離
| が分岐することを示しています。

変異によってその個体が不稔化するというのは不正確で、変異が生じたグループと生じてい
ないグループとの間で交雑が起こった場合、交雑第一世代は不稔となるということを言いた
かったのです。

あと、モデルの穴としては、雌雄両方において同時に都合よく、この手の変異が起こるのか
についてですが、これについては、後ほど考察する予定です。


648 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/30 20:24
>>643
当時の奇形は遺伝子レベルの変異であるかは不明。
変異によって多少の不利が起きたとしても、それが即死滅ではないということだよ。

649 :sei:02/01/30 21:42
なんだか急に読みやすいスレになりましたね。ちょっと質問なのですが、種分化というのは遺伝子起源であるといえるのでしょうか。
例えば、生物が適応進化していく上で種を保つことが有利である場合、それは遺伝子の隔離を待つまでもないように思うのです。
まず種が分かれて、時間とともにランダムな遺伝子変異の蓄積により結果として不稔化していくものかと。

亜種間雑種由来近郊系統における繁殖力の低下
っていうんですか、検索するといろいろでてきますが、種を保つための巧妙なメカニズムのように思うのですが。


650 :sei:02/01/30 21:48
ちょっと質問が変でしたが、良心的に解釈していただきたく

651 :59:02/01/31 05:38
>| じっさいにおきている欠損/転座/逆位の多くは、DNA損傷が
>| 原因になっていると思われている
>
>誰が思っているの?

に対して、>>641

>>誰が思っているの?
>君以外の皆さ。

か?俺はそう思ってない。っていったら、187 と 59 以外の皆さって言うんだろうな。
ここでいってる、DNA損傷って、なんなの?転座・逆位は、DNA の非相同的組換え、
または、短い領域での相同的組換えで起こる。欠損については、それ以外にテロメアの
保全不良等が考えられるだろう。転座はDNA損傷のひとつの例であり、「転座が
DNA損傷によって起こる」という表現は間違っている。何が言いたいのか、不明だ。

>>637
>滅多に起きない点突然変異
>それより頻繁に起きる転座や逆位

 この記述の情報源を示されたし。Apoptosis の機能を失ったガン細胞などでは、
かなりの頻度で点突然変異が見られると思うが。言っていることが理解できている
かどうか、疑問だが。

 「プロモーターDNA」という表現方法は、やはりおかしい。ここでいっている
「プロモーター」はすべてDNA上に存在するから(例外があれば挙げてほしい)、
その言葉とDNAをくっつけるのは、redundant だな。みな、"promoter" もしくは、
"promoter region" と言っている。

読んでいて混乱する人がいるかもしれないので、参考までに。

652 :59:02/01/31 06:12
>>647
>あと、モデルの穴としては、雌雄両方において同時に都合よく、この手の変異が起こるのか
>についてですが、これについては、後ほど考察する予定です。

に対して、

>>622
>特定の生物種で特定の転座が起こりやすいといったことが観察され
>ています(例は思い出せませんが)。つまり、同じ転座が雌雄同時に
>起こることがありえるわけで、そういった事が起こればそれらの生物
>は元の生物種と生殖隔離を起こし、別の種として固定されていくこと
>になります。

 なんて、どうでしょうか?

>>649
 おっしゃってることは最も基本の部分で、多くの種分化はそのように
起こると考えてよいと思います。いまの議論は隔離されていない同一の
プール内で種分化が置きうるかどうかというところです。最新200レス
ほどを見ていただければわかると思いますが。

653 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/31 10:00
ヨシノボリは川の同じ場所に何種類か住んでるんで、物理的には隔離されてないかと。
(常駐する場所が違う可能性もあるが、論文読んでないので不明)
ナガウニ、チョウチョウウオ類も物理的隔離とは程遠い状態ですな。

654 :59:02/01/31 11:32
>>653
 で、ヨシノボリでの種間のゲノム相違性はどのようになってるんで
しょうか。

655 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/31 12:53
>>654
こんなんでいい?
http://homepage2.nifty.com/PhD-mukai/Trees/Rhinotree.html

ウェブ上にはあんまり細かい情報はない模様。
ただ、結構専門書や論文出てるみたいなんで、そちらを見れ、ということかと。

656 :ev:02/01/31 13:02
>DNA損傷って、なんなの?転座・逆位は、DNA の非相同的組換え、
>または、短い領域での相同的組換えで起こる。
組替えの「ときに」起きるのであって、組替えそのもの「によって」
転座・逆位を引き起こすわけじゃないぞ。
他人に厳密さを求めるときは、自身が気をつけろ。
ふつうは、染色体異常が「何らかの」DNA損傷によって起きるのだろうと
考えられていると思ったが、そうじゃないのか?

>この記述の情報源を示されたし。
ttp://www.jst.go.jp/pr/announce/19990513/iden/umezu.html

>みな、"promoter" もしくは、
>"promoter region" と言っている。
細かい人だね。君がそうだというなら、それでいいよ。
でも、その前に、googleで「promoter DNA」を検索してみな。

>なんて、どうでしょうか?
精子と卵子では、対合のチェックの度合いが違うという研究もある。
転座を起こしやすければ、雌雄で同じ転座も起きやすいとは、
ちょっとご都合主義的すぎるぞ。
まさに、この点で、染色体異常による種分化の可能性は棄却されなきゃ
いけない、と思うんだが。

>隔離されていない同一の
>プール内で種分化が置きうるかどうかというところです。
なにも染色体異常を持ち出さなくても、性選択で充分じゃないか。
あ、ゴメン、ゴメン。それだと可逆な変異だよな。

657 :187:02/01/31 13:26
>>651
59氏へ。私の記述があいまいだったせいで、ev氏を混乱させてしまったのです。
「TATAボックス」に関しては ev氏の言うように「プロモータDNA」という表現を
することができます。RNAポリメラーゼが結合部位を認識するDNAパターンとし
ては、他にもあります。私が先のレスで言いたかったのは、それ以上の上流部位に、
転写活性を(転写量の)コントロールを行っているのではないか、と示唆される部位が
存在しており、この部分の明らかなDNAパターンが無い(特定されていないだけかも
知れないが)ので、単純に「領域」という表現が使われていると理解しています。

また、このような(上流に存在する)プロモーター活性は、DNAの三次元構造の違いに
よって変化するのではないか、という論文を読んだ事があったため、蛋白質をコードす
る部分(開始コドンと終了コドンの間に相当する)のみが転座/逆位の前後で保存された
としても、その変異の影響がそれなりに出てくるのではないか、ということを思ってい
たりします。とはいうものの、RNAポリメラーゼが転写領域を認識するための「TATA
ボックス」との相対位置が保存されている場合においては、合成しなくなる(疑似遺伝子
になる)ということはないと考えられます。

ttp://www.nig.ac.jp/museum/genetic/C/tencho-03.html
より

| 真核生物のRNAポリメラーゼIIによって転写される遺伝子は、多くの場合転写開始点の
| 上流にTATAという配列をもち、これがひとつのプロモーター構成要素となっている。


658 :187:02/01/31 13:37
雌雄による生殖を行う生物では、欠損/転座/逆位は減数分裂時に起こります。

相同的組替えが起こったとしても、切断される場所が遺伝子領域に来る可能性は否定
できませんし、また、このときに、いくつかの塩基の過不足が起こる場合もあること
と思います。このような場合、「元の遺伝子が損傷を受けた」ということが言えると
思います。

もちろん、総DNA長における遺伝子領域の割合がそれほど大きくないので、確率的
にはかなり小さいものになるのかも知れません。もしかすると、私が知らないだけで、
相同的組替えが起こるDNAパターンというものがあるのかも知れません。

すいません。仮定だらけになってしまいました。


659 :187:02/01/31 13:39
ev氏へ

間違いやあやふやな点に対する指摘はありがたく受け取ります。
できうれば、揚げ足とりにならないよう、お互いに気をつけるようにしませんか。
その方が有効な議論になると思います。


660 :187:02/01/31 13:48
>>622
における 59氏の仮定は、ev氏の指摘(>656)にあるように、都合が良すぎるように
感じます。

現在考えているのは、地理的隔離が伴わない種分化の説明として、減数分裂に伴う
染色体対の形成が阻害されうるようなDNAの変異の固定化が可能なのかどうかに
ついての私見の検討を行ってもらっているという位置付けだと認識しています。

現実はこのようなダイナミクスを用いていないのかも知れませんし、繁殖期をコン
トロールする遺伝子(群)が存在していて、これらが参照する内部タイマーの同期ポ
イント(ないしは同期対象)が変化することによって、元の遺伝子プールとは繁殖期
が異なうようになり、よって隔離が行われるのかも知れません。

後者のモデルより、「染色体の倍化等に伴う雑種第一世代の不稔化」というストー
リーの方が、まだ手に届くような気がしています。


661 :187:02/01/31 13:50
>656
「性選択」でいいと思うんだけど、
昔の ev氏はそれでは納得行かなかったのと違いますか?


662 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/31 15:55
ところで、交雑といえば、同じ種であるところのピーマンとトウガラシは交雑できるんだろうか?

663 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/31 21:41
話が専門的になるとevも宇宙説を出しづらいようだ。こっちも質問を
出しづらいが。

664 :59:02/02/01 05:44
>>656

 面白い指摘をいくつか、ありがとう。まず、いくつか misleading が
あるようなので、それについて取り上げたい。

1)染色体異常の原因
 まず、逆位等の染色体異常がDNA損傷のひとつであるので、ev 氏が
言っているのは二重鎖切断・塩基の欠如等と考えていいね。これらは
DNA組換えのトリガーになりうる。結果的に相同的組換えにより染色体
構造の変化がおきていることは、ev 氏が取り上げた梅津さんのページ
に述べられているとおり。

2)プロモーターDNA
 一般に、「プロモーターDNA」という言葉を使うと、「試験管内でプロ
モーターDNA(プロモーター領域を持つ、精製されたDNA)が転写因子に
結合する」といったような使い方をするはずです。もう一度調べてごらん > ev 氏

以上の話、皆さんが混乱するといけないので(前にもそう書きましたが)、
もう一度述べておきました。

 ところで、上記で挙げた二重鎖切断は細胞の内在的機構でも起こるし、
むしろそのような内在的な機構が染色体異常(染色体変化というべき?)
の原因になっているのは、梅津さんのページで述べられているとおりで
あることを指摘しておきます。

>>この記述の情報源を示されたし。
>ttp://www.jst.go.jp/pr/announce/19990513/iden/umezu.html

 よく調べてきたね。ここで述べられているのは比較的新しい情報だ。
ただし、扱っているのは出芽酵母で、真核生物のひとつではあるが、
イントロンがほとんど無いなどの特徴がほかの真核生物とは少し異
なっている。私としては、ここで述べられていることが真核生物全般に
当てはまるのかどうか、多少疑問があることを指摘しておきたい。

続きは、あとで。

P.S. なんでsageでやってるの?

665 :59:02/02/01 06:16
>>655
 うーん。というか、今の議論である、転座等の染色体の変化と
何か対応付けられないかと思ったのですが。

>>657
 プロモーターDNAという表現は、上で述べたように in vitro の
実験系にのみ使ったほうが賢明かと思います。TATA を promoter
DNA と呼んでいる記述は目にしません。現在の議論とは関係ありま
せんが、参考のため。
 真核生物の転写制御領域は、かなりの長さがあるようです。この
領域が分断される形で転座等が起こればおっしゃるように発現量が
変わったり、極端な場合発現しなくなったりします。ただ、イント
ロンを含む遺伝子全体の何%が転写制御領域なんでしょうね。数%
のレベルだったように思います。

>>658
>相同的組替えが起こるDNAパターンというものがあるのかも知れません。

 減数分裂時の相同的組換えのホットスポットが存在します。これが
いかに進化と関係あるかは、非常に興味あるところです。こういった事を、
>>622 で述べたことに関連付けています。一定の確率で起こる必然的な転
座と種分化を結びつける証拠を挙げることができないので、「都合が
良すぎる(>>656)」のは承知のとおりです。一つの可能性として考えてく
ださい。ここで言っている「一定の確率で起こる必然的な転座」は、
別々の個体でまったく同じ場所で起きます。
 ただ、可能性のひとつが否定されるから、染色体異常による種分化
の可能性は棄却されるべき(>>656)という考え方は納得しかねます。

>>660
>後者のモデルより、「染色体の倍化等に伴う雑種第一世代の不稔化」という
>ストーリーの方が、まだ手に届くような気がしています。

 動物では、カエルでしょうか?実験によく使われるアフリカツメガエル
では多くの遺伝子が2つづつあって、比較的最近に染色体の倍加が起こった
と考えられているようです。             (あげときます)

666 :59:02/02/01 08:32
 ある特定の決まった転座が一定頻度でおきる例を挙げておきます。今
web サーチで調べてきた内容ですが、私が記憶していたものと同一だと
思います。ev 氏が言うような害をもたらす転座(ガン化)なのですが、
同様な、害をもたらさない転座も起きうるかと思うのですが。

ttp://www.noto-hospital.nanao.ishikawa.jp/~ketunai/0105%20CML.html

667 :187:02/02/01 10:42
>>665
プロモーターDNAの件、了解しました。私の不勉強です。

転写制御領域が思いのほか長いというのは感じています。それにしても、有効部位は何パーセントくらいな
のでしょうね。転座や逆位(や重複)が起こる場合、切断の影響が出る場所はたかだか2個所なのに対して、
大きな範囲でこれが生じた場合、染色体が対形成を行うための類似度が低下する割合の方が大きくなるとい
えるかと思います。

相同的組換えのホットスポットについて興味があります。ある塩基パターンの繰り返し領域では、染色体と
しての構造の脆弱性が生じることは予想していましたが、そういう領域があるのですね。よろしければ、そ
の領域における塩基列へのリンクを示してもらえないでしょうか。

それならば、同時に同じような変異が生じるというのはありえますね。あと、染色体総てが2倍体になると
かの変異ではなく、それほど大きな変異でなければ、対形成を行うことができる確率は低くはないと考えら
れますので、>>649 で sei さんが指摘しているような「亜種間雑種由来近郊系統における繁殖力の低下」
に類するものが起こるとすると、

1.親のどちらかの性細胞の遺伝子に変異が生じ、子が生まれる(ヘテロ)
2.元の種との亜種交配で、繁殖率が少ないものの子が生まれる(ヘテロ)
3.ヘテロ同士が親になり、子を生じる
4.この子達の中に変異を持つ遺伝子をホモで持つものが生じる(1/4 の確率)
5.ホモ同士における繁殖率がヘテロのそれより大きい(>>649)
6.ホモの遺伝子プールが形成されていく
7.亜種交配時の稔性が低いことから、遺伝子プールが再び混ざるより、それぞれにおいて変異の蓄積が進む
8.遺伝子プールの分離が進む
9.分離が進んだ結果、亜種間交雑は不稔となってしまう

という流れで、遺伝子プールが(地域的隔離無しで)分離することが可能といえます。ヨシノボリあたりで
これを支持するような結果があればいいのですが。

無理はないですか>all
確認して欲しいので age ときます。


668 :187:02/02/01 10:43
>666
前後してしまいました。ありがとうございます。
見ておきます。


669 :187:02/02/01 10:44
別スレで ev 氏の評価が上がってきてます。
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/979740642/419

直接関係無いので sage


670 :202:02/02/01 15:58
>>669
本当、evさんは「物凄い勢い」で進化していますよね。


671 :sei:02/02/01 23:04
  関係のない話ですが、>>1からずっと読んでみました。evさんは言われているような宇宙人ではなく
ちゃんとした知識を持った人であるような気がしてきました。あやふやな進化論を唱えるものに対して
的確なアドバイスをしているようにも見えなくはないです。宇宙説を持ち出すのは、「おまえが言って
いる進化論より宇宙説の方がましだ。」という皮肉が込められているような気がします。
 このスレも本当はevさんが立てたものでは?そして、「進化はどのように起こるの?」に対して>>1
では退化についての質問がでているのはちょっと怪しくありませんか?ひょっとしたら、「進化、進化
言う前に退化について説明しろ」といっているような気がします。考え過ぎかもしれません。デムパに
あてられてしまったのかもしれません。関係のない話でした。

672 :59:02/02/02 04:48
>>667 >>649
 ふむふむ。今ようやく、>>649 の意味が分かりました。勉強になります。
デジタル思考でなく、アナログ思考で考えるわけですね。
 やはり、ヨシノボリ等のフィールドワークで得られる、ゲノム構造の
種間相違が気になるところです。187 さんの言うようなダイナミックな
(染色体の倍加等)変化があるのか、sei さんの言うような静的な変化の
連続なのか?前者なら、顕微鏡で細胞を見るだけで違いが分かるはずで
すが。

>相同的組換えのホットスポットについて
 真核生物では、ホットスポットに対応付けられる塩基配列がまだ明ら
かになっていません。ホットスポットを含む領域が数 kb 位に絞り込ま
れているだけです(最近ではもう少し進んでいるかも)。大腸菌では
組換えのホットスポットがとっくの昔に分かっていて、生化学的な解析
もかなり進んでいるのですが、真核生物のホットスポットとはまったく
別物です。

673 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 08:20
>>671
それならばもうちょっと筋の通った反論をしていたと思われ。

最近は悪くない論も出しているけど、初期の頃は
箸にも棒にもかからないトンデモさんだったからなあ。

# 気を悪くしたらスマソ>ev

674 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 12:57
一見、どれほど学習したかのように見えても、
デムパさんは突然振り出しにもどったりするので油断がなりません(w
いやマジで。

675 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/05 02:35
>>674
ほんと、そうだよね。
根本的に最初の思い込みを捨てることは、なかなかないように思う。

676 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/06 10:26
age

677 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/06 16:04
>>675
ほんと、そうだよね。
進化論者が根本的に最初の思い込みを捨てることは、なかなかないように思う。


678 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/06 16:11
>677
ev の取り巻きなのだろうか、それとも、
先祖がえりした ev なのだろうか。


679 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/06 16:24
なんかevっぽい書き込みが、生物板以外にも物理板や
天文・気象板にもあるんだが・・・

文体やら言ってる内容やら、別人とは思えん。

680 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/07 03:53
>>679
該当スレッドおしえてくらさい。えvヲチやっとりますので

681 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/07 06:34
>>680

天文学はオカルトと混同されている!?
http://mentai.2ch.net/test/read.cgi/sky/1011374123/
NASAは何故月に人を送らなくなった?
http://mentai.2ch.net/test/read.cgi/sky/968912045/

物理板の方は見つからなかった。勘違いだったかも(スマソ

しかし、それらしいスレを探しているうちに、「アポロは捏造」
ネタが5〜6本も見つかって鬱。

682 :59:02/02/07 11:04
追加情報です。

ttp://peach.ab.a.u-tokyo.ac.jp/~tatsuta/main-j.html
バッタ染色体の進化(日本、ポーランド、ロシア)
(略)
サッポロフキバッタの一部集団で染色体構造が変化していることが新たに
判明しました。染色体変異には2タイプあり、一つはアクロ染色体の2つ
がロバートソン型転座(Robertsonian translocation)により1つのメタ染
色体に変化し性決定する染色体が変化していること、もう一つは相同染色
体が逆位によって動原体の位置が変化して、集団間、集団内で多型が生じ
ていることです。これまでのところ、染色体構造の変化が形態形質に与え
る影響は小さいことがわかっていますが、これらの染色体変異がどのよう
な過程を経て形成、固定されていったのかについてはまだ明らかになって
いません。(略)


ttp://www.iias.or.jp/research/res_seimei/seimeikouen.html
琵琶湖産カワニナ類ににおける核型の驚くべき変異
(略)
カワニナは、染色体数に種内変異のあることが報告されている。核型の変
異について詳細な研究を行ったところ、本属の全ての種において、著しい
種内変異があり、核型がほとんど個体ごとに異なるという驚くべき多様性
を示すことが分かった。これらの核型の変異は基本的には転座、逆位、縦
列融合(開裂)の組み合わせによるものと考えられ、減数分裂像では多数
の多価染色体が観察された。(略)なお、本属のカワニナは有性生殖を行
っており、核型の著しい変異を維持しながら、正常な配偶子形成をする機
構は不明である。(略)

683 :187:02/02/07 12:08
>682
おー、この結果は >>667 の可能性を強く示唆していると考えられますね。

>681
ev はこのスレを見限って、放浪の旅に出たのでしょうか?

下がり気味なので age ときます。


684 :59:02/02/08 05:27
 さらに追加情報です。減数分裂機組換えのホットスポットについて。
2kb の範囲内にホットスポットがあるようですが、その中のどの配列が
ホットスポットとして機能しているかまだ解明されていないようです。
個人的には、10-20 bp の領域までは絞り込めず、fulll activity を
出すには 2kb 全領域が必要だと思います。つまり、2kb の中に散ら
ばった複数の塩基配列が必要かと。
 理研で酵母を使ってやっているはずですが、今 web ページがつなが
りません。あとでアップしておきます。

ttp://www.nig.ac.jp/labs/nenpo-95j/F/F-a-2.htmlより抜粋。

マウス MHC クラス領域での減数分裂期の組換えは任意ではなく,ある
特定の領域で頻繁に起こることが知られている.組換えが頻繁に起こる
領域のことをホットスポットと呼ぶ.抗原分解を担うプロテアソームの
サブユニットの一つである Lmp2 遺伝子の下流にある Lmp2 ホットス
ポットは約 2 kb の非常に狭い DNA 断片であり,この範囲内で約 2%
の高頻繁で組換えが起こる.


>>683

 大筋としては >>667 の可能性でいいような気がしますね。専門家の
意見をお伺いしたいものです。いずれにせよ、逆位等の染色体の変化が
起こっても致死的では無い例があるという意味では、ev 君の質問に答
えたといえるでしょうか?
 ev 君はいまごろ、「細胞の分子生物学」でも読んでいるのかも?そう
いうリアクションをちょっと期待したりもする。

685 :59:02/02/08 05:31
↑自分自身でちょっと勘違いしてしまったのですが、2kb の
範囲内で組換えが起こるというだけで、組換えを起こさせる
塩基配列はその外側にある可能性があります。だとすると、
ホットスポットを形成する領域は2kbよりももっと大きい
かも知れません。酵母のほうがこのあたりの情報が多いと思
いますので、後ほど。

686 :59:02/02/08 08:13
酵母の組換えホットスポットについて、英語ですが。こんなところ
でしょうか?2つ目のリンクは掲載されている図が必見です。

ttp://www.cx.unibe.ch/imb/res/kohli/khome.html
"Hotspots" locally increase recombination frequency. M26 is one
of the best-studied hotspots of meiotic recombination. We
showed years ago that the heptanucleotide ATGACGT at the
ade6-M26 gene is required for hotspot activity. Other groups
identified proteins (transcription factors) that bind to
ATGACGT. In collaboration with the group of K. Ohta and T.
Shibata at the RIKEN institute near Tokyo we study the relation
between chromatin structure dynamics and recombination hotspot
activity (see Mizuno et al 1997). In addition we are studying
another recombination hotspot in fission yeast: ura4-aim.


ttp://derisilab.ucsf.edu/publications/pdfs/Gerton.pdf
In the yeast Saccharomyces cerevisiae, meiotic recombination is
initiated by double-strand DNA breaks (DSBs). Meiotic DSBs occur
at relatively high frequencies in some genomic regions (hotspots)
and relatively low frequencies in others (coldspots). We used DNA
microarrays to estimate variation in the level of nearby meiotic
DSBs for all 6,200 yeast genes. Hotspots were nonrandomly associated
with regions of high G 1 C base composition and certain
transcriptional profiles. Coldspots were nonrandomly associated
with the centromeres and telomeres.

687 :187:02/02/08 17:24
>685
酵母の方はあとで読みます>って時間があるのだろうか、自分 (w

自分が単純に考えたのは、トランスポゾンの例のように、その領域の端に特徴的な
塩基パターンがあるというものです。組替え時に、この塩基パターンによって同定
された部位に関連する部分が変異を起こすのではないかと考えています。

遺伝子の持つ変化のメカニズムを考えると面白いのですが、だれかモデル屋さんを
雇ってくれませんかね(爆)

ev は >>681 にあるように、他の板へ放浪の旅に出ているんでしょうかね。


688 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/09 21:47

月面着陸の疑惑について語ろう
http://mentai.2ch.net/test/read.cgi/sky/1011435196/

名前を変えて時々書き込んでるみたいです。>ev氏

主張は相変わらずですが、多少は角が取れたみたい。
(フォボスってハンドルの人がそうだと思う)

他でも2カ所のスレで、ev名義で一つ二つレスしているのを
見かけました。


・・・・いや別に、evストーカーってわけじゃないですが、私が見る
スレにはいる事が多いような・・・・鬱だ死のう。

689 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/12 09:38
議論がちゃんと進んでいるのだから、
evのことはもう忘れようよ。

690 :59:02/02/13 07:31
>>677
 この書き込みが少し気になりますね。何の前提もなしに議論が開始できて、
かつ進化をサポートする事実っていうのは、どれくらいあるものでしょうか?
数学の公理みたいなものです。化石はそのひとつだと思いますが。種分化に
関しては少し考えていることがあるので、後ほど取り上げてみます。

691 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/20 21:26
age

692 :59:02/02/21 13:31
久々の書き込みです。種分化に関する、可能な実験について。

 まずはじめに、遺伝子発現に異常をきたさない染色体異常がどれくらい
の頻度で起こるかですが、先に取り上げたカワニナを考えてみます。

1)まず、性染色体以外の染色体構造が一致している雌雄を一匹づつ得ます。
2)その雌雄および、それらの子同士を掛け合わせることを繰り返します。
3)何世代か繰り返した後に、染色体構造の変化がおきているかどうかを見
  ます。

 ここで染色体構造の変化が見られれば、このスレで考えるような染色体構造
の変化になります。ただ、カワニナでは減数分裂で染色体が完全に対合しなく
ても大丈夫であるような変異が入っていると思われます。その他の生物では
おそらく不稔になるので、この手の実験は難しいかもしれません。

4)同様の実験を、隔離した別の雌雄で行う。このときおきた染色体異常を、
  上記のものと比較する。

 もし、3)でも4)でも同じ染色体異常が起きれば、その染色体異常は
ある一定の頻度で、必然的に起こることになります。つまり、同時期に雌雄同時
に同じ染色体変化がおきることが可能で、そうなるとそれら同士の子供は不稔に
なりません。
 専門家の方、「そんな実験ならすでにあるよ」という事ならば教えていただけ
れば幸いです。

 ところで、ROM している方、どれくらいいますか?なんか私の独り言みた
いな気がして、寂しいのですが。「age」があったので久々に書き込んでみた
のですが。
 ROM ってる方、「ROM ってます」と書き込んでいただければ幸いです。

693 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/21 15:01
定期的に目を通しているage。

694 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/21 19:12
ev がいなくなって、燃料不足 age

あちこちのスレをさまよったのち、現在は↓に出没しているらしい
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/1007476778/l50


695 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/21 21:15
age

696 :89454:02/02/21 21:19
どんなにスゴイんだ?
韓国でも翻訳して発売されるらしい。
http://www.puchiwara.com/hacking/
うにゅ。

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