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SYBR Goldのメリットなど教えて下さい

1 :彩婆Gold:01/12/23 02:26
SYBR GoldはEtBrよりも感度が良くて、一本鎖DNAやRNAまで
検出できる優れた核酸染色色素らしいですね。

現にラボで使っているという人に是非聞きたいです。
SYBR Goldを使ってみたいのですが、それを使うために
新たに用意しなければならない装置などありますか?

一本鎖DNAにも結合するとの話ですが、SYBR Goldを使えば
1塩基置換が存在するかどうかとかもチェックできるのでしょうか?
(DNAを熱変性してからNative PAGEにかけて銀染色みたいに)

PCRの反応チューブに直接入れて、反応産物をダイレクトにゲルに
アプライするとかもできるのでしょうか? できたら楽ちんなので。

ちなみにうちのラボではTOYOBOのFAS(トランスイルミネーター)と
BIO-RADのMAX-Sっていうイメージアナライザーで主にエチブロを
見ています。

実際に使っている(或いは身近に使っている人がいる)方、
宜しければお教え下さい。 宜しくお願いします。

2 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/23 11:02
Sambrook(旧Maniatis)の最新版にもエチブロの次に取り上げられて
ますよね。
PCRに直接入れるのはSYBRGreenの方が勧められますね。
(リアルタイムPCRなどではよくやってますよ)
Goldの方は当方も実際に見たことないので、他の方教えて。

3 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/24 00:23
>1
MolecularProbesのHandBookか、フナコシのその翻訳版(ダイジェスト?)を
良く読みましょう。
SYBR Greenよりかなり安いけど、なぜかバックが高かったような。
EtBr用のフィルタ(レンズの前に付けるヤツ)のままだと、感度イマイチ。
UV励起より、480nmくらいで励起するとなほ良い。
ってことで、FASならフィルタを換える。
MAX-Sなら、、、フィルタ換えれるのかなああ???

4 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/24 00:36
ドキュソな質問だが、SYBRって何の略?

5 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/24 00:44
S そこは
Y やめて
B バカぁ
R ロリコン!

6 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/27 23:25
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7 :彩婆Gold:01/12/28 21:15
いろいろと書き込みありがとうございます。
ちょっとした都合でアクセスできていませんでした。すみません。
とりあえず、どの程度いけてるのか知りたくて、買ってしまいました。
しかもセコく20マイクロリットル(2000円)。

SYBR Goldの性質は、
励起光:300 nm, 495 nm
蛍光:537 nm

3さんの指摘のとおり、
特に495 nmが最適なようですが、UVでEtBrに対してどれくらい有利かを
調べてました。

結果は、EtBrに対して5倍ぐらい感度が良いぐらいかなといった感じ。
うちのFASはUVのみ。
PCR反応はサイクル数を2サイクルは落とせるかなといったところです。
MAX-SもUVかWHITEのライトで励起するので、
いくら500 nmぐらいの光をシャットオフできるフィルターを使っても、
495 nmの最適な光を提供できそうにありません。
青い光を出すトランスイルミネーターが良いらしいですけど、
金かかるだろうし、それだけの価値があるのかわからないのがイタイです。

8 :彩婆Gold:01/12/29 05:38
追伸

このペーパーに、SYBR GOLDがPCRにも使えるって書いてあったので
試してみました。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=10075818&dopt=Abstract

Mg2+が少ない場合、或いはSYBR GOLDが濃すぎる場合にはTaqの機能が阻害
されるらしいので、Mg2+を4 mMにしてSYBR GOLDを1:50000濃度で加えて
通常のPCR反応を行ってみたところ、通常のサイクルより3サイクル少なくても
通常のサイクルで反応を行ってEtBrで染めるのと同じぐらいのバンドを
検出することができました。

これで、定量的PCRの定量性が向上するかなと思われ。
リアルタイムPCRの機械があればなお良しなんですが。
1:10000希釈で使ってくれという試薬を1:50000希釈で使えるのも良いです。
2000円分でも10000サンプルに使えます(PCRを25 ulでやれば)。

9 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/29 16:44
貴重な情報ありがとう。
さっそく年始に注文だ!

10 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 00:22
age

11 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/22 01:48
SYBRはいろんな色で励起できるから便利。
でも他の染色剤と同時に使うのは厳しいこともある。

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